More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1984 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1984  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.440019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3673  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.36 
 
 		 198 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.157915 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5901  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.28 
 
 		 198 aa  266  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.399589 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3426  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.24 
 
 		 198 aa  265  4e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.278995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3743  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  62.18 
 
 		 201 aa  262  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1306  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  62.03 
 
 		 198 aa  255  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1960  isopropylmalate isomerase small subunit  49.46 
 
 		 204 aa  192  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 		 200 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 200 aa  185  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 200 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 200 aa  186  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  45.81 
 
 		 216 aa  185  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 200 aa  184  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  46.11 
 
 		 216 aa  184  7e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  46.11 
 
 		 216 aa  184  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  45.64 
 
 		 201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4440  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.7 
 
 		 196 aa  183  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 		 201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  45.64 
 
 		 201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  44.67 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  45.64 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  45.64 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  45.96 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  45.41 
 
 		 200 aa  182  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  45.13 
 
 		 201 aa  181  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  43.84 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  47.28 
 
 		 204 aa  180  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1876  isopropylmalate isomerase small subunit  48.37 
 
 		 192 aa  180  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  48.68 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.94 
 
 		 195 aa  180  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.68 
 
 		 201 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  47.15 
 
 		 217 aa  179  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  49.47 
 
 		 211 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  46.39 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 		 215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  45.13 
 
 		 201 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  45.6 
 
 		 216 aa  178  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  178  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  49.47 
 
 		 201 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  47.62 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  46.11 
 
 		 216 aa  178  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  47.15 
 
 		 215 aa  178  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  47.37 
 
 		 200 aa  178  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  44.33 
 
 		 217 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  43.63 
 
 		 214 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  43.56 
 
 		 214 aa  177  8e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  47.09 
 
 		 201 aa  177  8e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  45.6 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 		 217 aa  176  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  43.14 
 
 		 214 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  43.14 
 
 		 214 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.6 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  47.18 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  47.09 
 
 		 201 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  43.35 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  47.09 
 
 		 201 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.16 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.83 
 
 		 215 aa  175  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 		 216 aa  174  6e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.81 
 
 		 212 aa  174  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3271  isopropylmalate isomerase small subunit  46.99 
 
 		 208 aa  174  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 		 217 aa  174  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.65 
 
 		 216 aa  174  9e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.63 
 
 		 213 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  46.88 
 
 		 201 aa  173  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  46.32 
 
 		 201 aa  173  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  42.36 
 
 		 212 aa  173  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  43.14 
 
 		 215 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  43.68 
 
 		 201 aa  173  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  46.12 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  42.19 
 
 		 200 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.6 
 
 		 201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1979  isopropylmalate isomerase small subunit  44.68 
 
 		 191 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  42.36 
 
 		 216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  44.56 
 
 		 201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  41.58 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  43.28 
 
 		 213 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1899  isopropylmalate isomerase small subunit  43.62 
 
 		 191 aa  171  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  43.62 
 
 		 191 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  42.72 
 
 		 216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  47.09 
 
 		 209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  43.28 
 
 		 214 aa  171  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  46.32 
 
 		 201 aa  171  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  42 
 
 		 212 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  43.14 
 
 		 214 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  44.56 
 
 		 216 aa  171  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  43.88 
 
 		 722 aa  171  6.999999999999999e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>