More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1548 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 204 aa  423  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1960  isopropylmalate isomerase small subunit  87.75 
 
 		 204 aa  374  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1246  isopropylmalate isomerase small subunit  67.98 
 
 		 204 aa  278  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1899  isopropylmalate isomerase small subunit  58.76 
 
 		 191 aa  240  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1979  isopropylmalate isomerase small subunit  58.76 
 
 		 191 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  58.25 
 
 		 191 aa  238  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1876  isopropylmalate isomerase small subunit  57.81 
 
 		 192 aa  237  9e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4440  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.93 
 
 		 196 aa  231  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  48.77 
 
 		 212 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  48.77 
 
 		 212 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  49.75 
 
 		 197 aa  198  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.26 
 
 		 201 aa  197  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3335  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.97 
 
 		 192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  47.29 
 
 		 214 aa  195  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.51 
 
 		 195 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  49.74 
 
 		 213 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  48.54 
 
 		 215 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.85 
 
 		 195 aa  194  7e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  47.42 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  46.8 
 
 		 214 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  46.8 
 
 		 214 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0284  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.74 
 
 		 195 aa  193  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0044602  normal  0.569445 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.79 
 
 		 207 aa  192  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  46.8 
 
 		 214 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2590  isopropylmalate isomerase small subunit  48.47 
 
 		 197 aa  191  4e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000283256  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 		 216 aa  192  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  46.91 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  51.96 
 
 		 197 aa  192  4e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  47.78 
 
 		 215 aa  191  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  45.69 
 
 		 200 aa  191  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  46.6 
 
 		 201 aa  191  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  50.79 
 
 		 200 aa  191  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  50.79 
 
 		 200 aa  191  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.43 
 
 		 202 aa  191  9e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  50.79 
 
 		 200 aa  191  9e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.29 
 
 		 213 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  45.81 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  47.06 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  47.57 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  45.81 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  48.77 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  47 
 
 		 216 aa  189  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  48.53 
 
 		 216 aa  190  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  46.31 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.69 
 
 		 215 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  46.35 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  46.39 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  50.53 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  46.88 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  46.07 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  188  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  48.95 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.95 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  48.95 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  48.95 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  48.95 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  46.07 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  48.95 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50 
 
 		 198 aa  188  5.999999999999999e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  45.32 
 
 		 214 aa  187  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.64 
 
 		 201 aa  187  8e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  47.34 
 
 		 211 aa  187  9e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  48.22 
 
 		 201 aa  187  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  46.91 
 
 		 201 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  47.55 
 
 		 216 aa  186  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  48.95 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  45.03 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 212 aa  186  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  48.42 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  48.42 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  45.23 
 
 		 202 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  49.47 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  47.4 
 
 		 201 aa  185  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  48.42 
 
 		 201 aa  185  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 		 212 aa  185  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  46.77 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  45.31 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 		 215 aa  185  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 		 201 aa  185  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  48.42 
 
 		 200 aa  185  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  49.01 
 
 		 195 aa  184  6e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.33 
 
 		 213 aa  184  7e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.81 
 
 		 215 aa  184  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  50.52 
 
 		 202 aa  184  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  49.75 
 
 		 195 aa  184  8e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  46.07 
 
 		 201 aa  184  9e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.81 
 
 		 215 aa  184  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  46.84 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  48.98 
 
 		 195 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  44.78 
 
 		 216 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  44.72 
 
 		 202 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  46.7 
 
 		 200 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47 
 
 		 212 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  45.69 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.79 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  46.84 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>