More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1382 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  99.53 
 
 		 215 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 215 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  70.14 
 
 		 212 aa  311  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  67.14 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5021  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.09 
 
 		 214 aa  293  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.447275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  66.04 
 
 		 218 aa  293  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.09 
 
 		 240 aa  292  3e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  64.93 
 
 		 214 aa  289  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  64.79 
 
 		 214 aa  288  6e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.88 
 
 		 212 aa  288  6e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  64.45 
 
 		 214 aa  287  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  62.56 
 
 		 215 aa  287  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  61.97 
 
 		 215 aa  286  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  63.98 
 
 		 214 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  64.95 
 
 		 212 aa  286  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  65.88 
 
 		 212 aa  286  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  65.71 
 
 		 215 aa  286  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  64.45 
 
 		 214 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.45 
 
 		 213 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  64.93 
 
 		 212 aa  285  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  63.98 
 
 		 213 aa  284  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  63.98 
 
 		 214 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  65.4 
 
 		 212 aa  281  5.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  63.68 
 
 		 216 aa  281  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  64.32 
 
 		 215 aa  281  7.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  63.98 
 
 		 212 aa  280  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  64.29 
 
 		 215 aa  280  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  63.51 
 
 		 212 aa  278  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.14 
 
 		 213 aa  279  3e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  63.38 
 
 		 215 aa  277  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  64.79 
 
 		 215 aa  275  3e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.51 
 
 		 215 aa  273  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  63.26 
 
 		 216 aa  272  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  59.72 
 
 		 214 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  60.56 
 
 		 216 aa  272  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  63.26 
 
 		 216 aa  272  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  62.86 
 
 		 216 aa  272  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  60.56 
 
 		 216 aa  272  3e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  60.38 
 
 		 212 aa  272  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  63.33 
 
 		 216 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  63.33 
 
 		 216 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  61.32 
 
 		 216 aa  271  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  63.03 
 
 		 215 aa  270  9e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  63.03 
 
 		 215 aa  269  2e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  60.66 
 
 		 216 aa  268  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.72 
 
 		 216 aa  268  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  61.03 
 
 		 216 aa  268  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2731  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.61 
 
 		 212 aa  268  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.413417  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  60.85 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  60.56 
 
 		 216 aa  266  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  61.5 
 
 		 216 aa  266  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  61.5 
 
 		 216 aa  266  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  61.4 
 
 		 216 aa  265  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.66 
 
 		 216 aa  264  8e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  60.95 
 
 		 216 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  60.48 
 
 		 216 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  61.14 
 
 		 217 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  60.48 
 
 		 216 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.43 
 
 		 215 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  60.48 
 
 		 216 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  61.14 
 
 		 217 aa  262  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  59.62 
 
 		 217 aa  261  6e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  60.95 
 
 		 216 aa  260  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  60.56 
 
 		 217 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  59.62 
 
 		 216 aa  257  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  60 
 
 		 216 aa  255  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3040  isopropylmalate isomerase small subunit  59.07 
 
 		 216 aa  252  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  59.05 
 
 		 216 aa  250  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  58.88 
 
 		 217 aa  246  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.57 
 
 		 216 aa  245  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2521  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.14 
 
 		 210 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0949356 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0776  isopropylmalate isomerase small subunit  55.92 
 
 		 207 aa  235  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0626  isopropylmalate isomerase small subunit  55.92 
 
 		 207 aa  235  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.86 
 
 		 201 aa  231  5e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 201 aa  231  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4656  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57 
 
 		 200 aa  231  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 201 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  55.17 
 
 		 200 aa  225  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 201 aa  225  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 201 aa  225  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  55.28 
 
 		 201 aa  224  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  55 
 
 		 200 aa  224  5.0000000000000005e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  55.17 
 
 		 200 aa  224  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  55.28 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  55.28 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  55.28 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  54.77 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  55.28 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  55.28 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  55.28 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  53.96 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  55 
 
 		 200 aa  222  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  54.77 
 
 		 201 aa  221  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>