More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1114 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 195 aa  388  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  88.72 
 
 		 195 aa  343  8e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  72.16 
 
 		 195 aa  295  4e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  72.68 
 
 		 195 aa  292  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  72.68 
 
 		 197 aa  284  7e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  73.71 
 
 		 195 aa  282  2.0000000000000002e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  69.07 
 
 		 195 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.46 
 
 		 199 aa  266  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.51 
 
 		 198 aa  265  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.13 
 
 		 204 aa  261  4e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  66.49 
 
 		 198 aa  261  4e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  68.39 
 
 		 203 aa  261  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  67.18 
 
 		 195 aa  261  4.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  68.91 
 
 		 195 aa  253  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  62.37 
 
 		 212 aa  248  4e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 		 200 aa  247  8e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  61.86 
 
 		 200 aa  247  9e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  61.34 
 
 		 212 aa  246  1e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.98 
 
 		 195 aa  245  3e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.34 
 
 		 213 aa  244  4.9999999999999997e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.09 
 
 		 202 aa  241  6e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.82 
 
 		 222 aa  239  1e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.31 
 
 		 201 aa  237  6.999999999999999e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.92 
 
 		 202 aa  234  4e-61  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.76 
 
 		 195 aa  234  7e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.79 
 
 		 197 aa  234  8e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  60.82 
 
 		 197 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  59.79 
 
 		 197 aa  231  5e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.73 
 
 		 200 aa  231  5e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  59.79 
 
 		 197 aa  231  5e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  59.28 
 
 		 197 aa  230  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.73 
 
 		 201 aa  228  5e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.25 
 
 		 197 aa  228  5e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2136  isopropylmalate isomerase small subunit  59.79 
 
 		 197 aa  228  5e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.7 
 
 		 195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13002  isopropylmalate isomerase small subunit  57.22 
 
 		 198 aa  214  5e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1597  isopropylmalate isomerase small subunit  54.4 
 
 		 230 aa  207  6e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  51.26 
 
 		 200 aa  204  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  202  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  201  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  201  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  50 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  50.49 
 
 		 217 aa  197  6e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  49.04 
 
 		 214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  51.23 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 		 214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  49.76 
 
 		 214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.6 
 
 		 216 aa  195  4.0000000000000005e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  50.74 
 
 		 216 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  48.77 
 
 		 217 aa  194  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  50.74 
 
 		 216 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 214 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.03 
 
 		 195 aa  194  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  48.48 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 		 218 aa  194  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  48.24 
 
 		 200 aa  194  9e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 		 216 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 		 216 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 		 216 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 216 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 216 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  47.74 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  48.82 
 
 		 213 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  48.08 
 
 		 216 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 212 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  50.74 
 
 		 215 aa  191  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.45 
 
 		 197 aa  191  5e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  51 
 
 		 215 aa  191  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.08 
 
 		 213 aa  191  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  49.26 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.82 
 
 		 213 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  48.77 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  46.73 
 
 		 200 aa  190  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  49.05 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  47.98 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>