More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1359 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
201 aa  405  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  72.96 
 
 
200 aa  310  6.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  75 
 
 
222 aa  308  4e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  72.96 
 
 
200 aa  306  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  73.47 
 
 
213 aa  304  6e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  71.43 
 
 
212 aa  297  7e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  73.47 
 
 
212 aa  297  8e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  68.88 
 
 
197 aa  290  9e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.07 
 
 
200 aa  286  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  68.37 
 
 
201 aa  286  1e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.35 
 
 
197 aa  286  2e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  68.37 
 
 
197 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.53 
 
 
195 aa  282  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  68.02 
 
 
204 aa  280  1e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.01 
 
 
195 aa  276  1e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  66.67 
 
 
199 aa  276  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  67.01 
 
 
197 aa  276  1e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2136  isopropylmalate isomerase small subunit  66.33 
 
 
197 aa  276  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  66.5 
 
 
197 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  66.5 
 
 
197 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.17 
 
 
202 aa  275  3e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  66.49 
 
 
197 aa  269  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13002  isopropylmalate isomerase small subunit  65.31 
 
 
198 aa  267  7e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  64.43 
 
 
195 aa  266  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.86 
 
 
195 aa  257  9e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  66.5 
 
 
198 aa  257  9e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  66.15 
 
 
195 aa  253  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  62.37 
 
 
195 aa  252  3e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 
195 aa  245  3e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  63.21 
 
 
195 aa  244  4.9999999999999997e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  60.61 
 
 
198 aa  242  3e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.21 
 
 
203 aa  241  6e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 
195 aa  237  8e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1597  isopropylmalate isomerase small subunit  61 
 
 
230 aa  232  3e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  59.28 
 
 
195 aa  228  6e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.96 
 
 
195 aa  191  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.31 
 
 
195 aa  190  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.48 
 
 
202 aa  184  9e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  47.6 
 
 
217 aa  184  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 
200 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  45.18 
 
 
201 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 
200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  45.18 
 
 
201 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  46.41 
 
 
217 aa  182  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  45.18 
 
 
201 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 
200 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  45.18 
 
 
201 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.29 
 
 
216 aa  181  7e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 
216 aa  180  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 
216 aa  180  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 
216 aa  180  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 
200 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.67 
 
 
216 aa  179  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.85 
 
 
197 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  45.19 
 
 
216 aa  178  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 
200 aa  178  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  45.19 
 
 
216 aa  178  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 
216 aa  177  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  177  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  177  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 
216 aa  177  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  43.27 
 
 
213 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  45.19 
 
 
216 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  44.98 
 
 
217 aa  176  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  45.81 
 
 
218 aa  176  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 
216 aa  175  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  45.93 
 
 
217 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  45.93 
 
 
217 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  43.65 
 
 
201 aa  176  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 
216 aa  174  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  46.04 
 
 
762 aa  173  9.999999999999999e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  42.79 
 
 
214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  44.67 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  43.19 
 
 
214 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  42.42 
 
 
200 aa  172  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  44.83 
 
 
215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  43.27 
 
 
216 aa  171  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  44.16 
 
 
201 aa  171  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  42.31 
 
 
214 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.75 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>