More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1533 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
202 aa  403  1e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  63.92 
 
 
195 aa  234  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  60.31 
 
 
195 aa  231  5e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.63 
 
 
195 aa  229  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.82 
 
 
195 aa  229  3e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  61.34 
 
 
195 aa  226  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  58.79 
 
 
197 aa  222  3e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  55.9 
 
 
198 aa  203  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  57.22 
 
 
195 aa  201  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.08 
 
 
203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.82 
 
 
198 aa  199  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.02 
 
 
202 aa  198  6e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.52 
 
 
201 aa  194  5.000000000000001e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  53.57 
 
 
195 aa  194  6e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.45 
 
 
197 aa  194  7e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  51.55 
 
 
195 aa  191  8e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  49.02 
 
 
212 aa  190  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  48.76 
 
 
200 aa  190  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.93 
 
 
213 aa  190  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.39 
 
 
212 aa  188  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  55.15 
 
 
195 aa  188  5e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  50.5 
 
 
197 aa  187  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  47.26 
 
 
200 aa  187  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  50.5 
 
 
197 aa  187  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.76 
 
 
202 aa  187  9e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  48.11 
 
 
215 aa  187  9e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
197 aa  186  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  48.53 
 
 
214 aa  186  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1960  isopropylmalate isomerase small subunit  47.72 
 
 
204 aa  186  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  45.97 
 
 
214 aa  186  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.72 
 
 
199 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  47.76 
 
 
200 aa  185  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  47.26 
 
 
200 aa  184  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 
201 aa  184  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  47.26 
 
 
200 aa  184  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 
216 aa  184  8e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.25 
 
 
195 aa  184  8e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.48 
 
 
201 aa  184  9e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  46.77 
 
 
201 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  46.01 
 
 
214 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  46.77 
 
 
201 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 
201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.03 
 
 
222 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  46.77 
 
 
200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  45.33 
 
 
215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.96 
 
 
204 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  49.48 
 
 
212 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.24 
 
 
203 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  46 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  44.08 
 
 
215 aa  181  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 
200 aa  181  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 
201 aa  181  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 
201 aa  181  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  44.6 
 
 
212 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  45.02 
 
 
212 aa  181  8.000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 
201 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  45.02 
 
 
215 aa  181  9.000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.45 
 
 
195 aa  180  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.48 
 
 
197 aa  180  1e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  46.53 
 
 
200 aa  180  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 
212 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
201 aa  179  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  45.41 
 
 
212 aa  179  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 
201 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
218 aa  180  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
197 aa  180  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.55 
 
 
216 aa  180  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.21 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.72 
 
 
213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  45.02 
 
 
215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.45 
 
 
197 aa  178  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 
216 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  46.04 
 
 
200 aa  178  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
201 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 
215 aa  178  5.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 
201 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
201 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 
201 aa  177  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  47.69 
 
 
200 aa  177  7e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.85 
 
 
240 aa  177  8e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.21 
 
 
200 aa  177  9e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  43.06 
 
 
216 aa  177  9e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  43.06 
 
 
216 aa  177  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  46.08 
 
 
216 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  45.02 
 
 
216 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  43.78 
 
 
216 aa  176  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  43.78 
 
 
216 aa  176  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1876  isopropylmalate isomerase small subunit  48.97 
 
 
192 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
201 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
201 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  45.63 
 
 
204 aa  175  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
201 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  44.39 
 
 
215 aa  175  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  43.54 
 
 
212 aa  175  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>