More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1259 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 195 aa  391  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  85.57 
 
 		 195 aa  318  3.9999999999999996e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  67.88 
 
 		 197 aa  267  5.9999999999999995e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  67.88 
 
 		 195 aa  266  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  66.15 
 
 		 195 aa  265  4e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  68.75 
 
 		 198 aa  264  5.999999999999999e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  67.18 
 
 		 195 aa  261  4.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  64.06 
 
 		 195 aa  259  3e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  64.58 
 
 		 212 aa  257  7e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.62 
 
 		 198 aa  256  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  63.59 
 
 		 195 aa  254  5e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  61.98 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  61.98 
 
 		 200 aa  251  5.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  66.84 
 
 		 195 aa  251  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.67 
 
 		 202 aa  248  3e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.46 
 
 		 199 aa  248  4e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  62.5 
 
 		 213 aa  248  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.1 
 
 		 201 aa  248  6e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.21 
 
 		 201 aa  244  4e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.98 
 
 		 222 aa  243  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.94 
 
 		 212 aa  242  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.85 
 
 		 200 aa  241  3.9999999999999997e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.1 
 
 		 197 aa  241  5e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.1 
 
 		 204 aa  239  2e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.62 
 
 		 203 aa  236  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.29 
 
 		 195 aa  231  7.000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  59.9 
 
 		 197 aa  228  5e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  60.42 
 
 		 197 aa  227  9e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.81 
 
 		 197 aa  226  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  59.38 
 
 		 197 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  59.38 
 
 		 197 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2136  isopropylmalate isomerase small subunit  59.38 
 
 		 197 aa  224  8e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.25 
 
 		 195 aa  218  7e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13002  isopropylmalate isomerase small subunit  59.38 
 
 		 198 aa  217  7.999999999999999e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1597  isopropylmalate isomerase small subunit  57.65 
 
 		 230 aa  208  4e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.03 
 
 		 195 aa  202  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.57 
 
 		 202 aa  194  5.000000000000001e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  194  8.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  194  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  48.99 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  49.49 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  48.99 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  48.99 
 
 		 201 aa  191  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 		 201 aa  191  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  48.48 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  48.24 
 
 		 200 aa  187  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  49.25 
 
 		 200 aa  187  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  47.85 
 
 		 216 aa  181  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  47.62 
 
 		 215 aa  181  7e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 		 214 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.97 
 
 		 195 aa  179  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  47.24 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  47.24 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  46.73 
 
 		 200 aa  178  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.67 
 
 		 197 aa  178  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  178  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.15 
 
 		 216 aa  178  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 		 214 aa  177  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 		 215 aa  177  8e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 		 214 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 215 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  45.19 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 216 aa  175  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  175  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  175  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 		 215 aa  174  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  174  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 		 216 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 		 216 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  174  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  174  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 214 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2092  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 200 aa  173  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  46.57 
 
 		 216 aa  173  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 215 aa  173  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1886  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 200 aa  172  2.9999999999999996e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.57 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  46.04 
 
 		 201 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  47.69 
 
 		 201 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1960  isopropylmalate isomerase small subunit  45.88 
 
 		 204 aa  171  5e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 		 216 aa  171  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  45.02 
 
 		 217 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5901  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.19 
 
 		 198 aa  171  5.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.399589 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  46.39 
 
 		 201 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  47.47 
 
 		 201 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.83 
 
 		 198 aa  170  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>