More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6005 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 200 aa  407  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  80.2 
 
 		 197 aa  333  1e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  77.32 
 
 		 212 aa  314  7e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  75.77 
 
 		 222 aa  309  2e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  74.74 
 
 		 212 aa  308  2e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  73.71 
 
 		 200 aa  306  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  73.2 
 
 		 200 aa  302  2.0000000000000002e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  73.71 
 
 		 213 aa  301  5.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  74.74 
 
 		 197 aa  301  6.000000000000001e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  72.82 
 
 		 195 aa  301  6.000000000000001e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  72.68 
 
 		 197 aa  296  1e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  71.28 
 
 		 204 aa  295  3e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2136  isopropylmalate isomerase small subunit  72.16 
 
 		 197 aa  295  4e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  73.2 
 
 		 195 aa  293  2e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  71.65 
 
 		 197 aa  291  5e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  71.65 
 
 		 197 aa  291  5e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  71.13 
 
 		 197 aa  290  9e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.7 
 
 		 202 aa  290  1e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.07 
 
 		 201 aa  286  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  71.65 
 
 		 201 aa  285  2.9999999999999996e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13002  isopropylmalate isomerase small subunit  68.69 
 
 		 198 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  66.15 
 
 		 195 aa  278  6e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.01 
 
 		 199 aa  275  3e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  67.53 
 
 		 197 aa  271  5.000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.95 
 
 		 195 aa  269  2e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.99 
 
 		 198 aa  260  8.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  62.89 
 
 		 195 aa  255  4e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.21 
 
 		 203 aa  250  1e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  60.31 
 
 		 198 aa  243  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  58.85 
 
 		 195 aa  241  3.9999999999999997e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  59.79 
 
 		 195 aa  241  5e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  61.34 
 
 		 195 aa  238  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  59.9 
 
 		 195 aa  232  3e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  57.73 
 
 		 195 aa  231  5e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1597  isopropylmalate isomerase small subunit  62.18 
 
 		 230 aa  229  1e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.74 
 
 		 195 aa  191  7e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.4 
 
 		 195 aa  189  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.31 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  45.23 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 200 aa  178  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  44.72 
 
 		 200 aa  178  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  44.95 
 
 		 201 aa  178  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.21 
 
 		 202 aa  177  9e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  43.72 
 
 		 200 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 200 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  44.72 
 
 		 200 aa  175  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.24 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.27 
 
 		 197 aa  175  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  44.23 
 
 		 214 aa  174  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  174  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  45.19 
 
 		 214 aa  174  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 		 214 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  44.95 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 		 214 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  45.23 
 
 		 201 aa  171  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  44.23 
 
 		 214 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  45.23 
 
 		 201 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.77 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  44.23 
 
 		 213 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  42.21 
 
 		 200 aa  169  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  44.72 
 
 		 211 aa  169  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  45.24 
 
 		 215 aa  168  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  47.18 
 
 		 200 aa  168  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  42.71 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  42.71 
 
 		 200 aa  167  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 201 aa  167  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0423  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  47.37 
 
 		 194 aa  167  9e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0497347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.75 
 
 		 213 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  43.27 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  43.27 
 
 		 216 aa  165  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 		 204 aa  165  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.59 
 
 		 207 aa  165  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 201 aa  165  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  42.79 
 
 		 216 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.75 
 
 		 212 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 215 aa  164  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  43.72 
 
 		 201 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  43.22 
 
 		 201 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  43.22 
 
 		 201 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  43.22 
 
 		 201 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40.91 
 
 		 198 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  44.72 
 
 		 202 aa  164  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  41.71 
 
 		 201 aa  164  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  42.5 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  45.41 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>