More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4052 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 203 aa  413  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.17 
 
 		 199 aa  277  9e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.18 
 
 		 204 aa  276  2e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  68.88 
 
 		 195 aa  275  5e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  69.43 
 
 		 197 aa  274  7e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  66.16 
 
 		 197 aa  273  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.82 
 
 		 195 aa  268  2.9999999999999997e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  66.32 
 
 		 195 aa  267  5.9999999999999995e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  64.65 
 
 		 197 aa  268  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  64.65 
 
 		 197 aa  268  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  66.5 
 
 		 212 aa  267  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  64.14 
 
 		 197 aa  267  1e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.66 
 
 		 198 aa  266  1e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2136  isopropylmalate isomerase small subunit  65.15 
 
 		 197 aa  263  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.65 
 
 		 222 aa  261  4e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  64.14 
 
 		 200 aa  261  4.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  68.39 
 
 		 195 aa  261  4.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.97 
 
 		 197 aa  259  2e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  63.64 
 
 		 200 aa  259  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.13 
 
 		 212 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.64 
 
 		 213 aa  256  1e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  62.63 
 
 		 197 aa  251  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  62.44 
 
 		 198 aa  251  7e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.25 
 
 		 195 aa  250  1e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.21 
 
 		 200 aa  250  1e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  65.82 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.4 
 
 		 202 aa  245  3e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13002  isopropylmalate isomerase small subunit  59.6 
 
 		 198 aa  242  3e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  64.25 
 
 		 195 aa  242  3e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.21 
 
 		 201 aa  241  6e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.62 
 
 		 195 aa  239  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  63.21 
 
 		 195 aa  236  1e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.71 
 
 		 201 aa  236  2e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  60.62 
 
 		 195 aa  236  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1597  isopropylmalate isomerase small subunit  54.19 
 
 		 230 aa  215  2.9999999999999998e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.59 
 
 		 195 aa  210  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.37 
 
 		 216 aa  206  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.08 
 
 		 202 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.74 
 
 		 197 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.97 
 
 		 195 aa  194  8.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  48.39 
 
 		 217 aa  192  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 200 aa  191  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  47.22 
 
 		 216 aa  189  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  51 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  47.6 
 
 		 216 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  47.6 
 
 		 216 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  47.6 
 
 		 216 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.34 
 
 		 213 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.69 
 
 		 216 aa  186  3e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 218 aa  185  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  49.04 
 
 		 214 aa  184  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  46.76 
 
 		 216 aa  184  6e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  46.76 
 
 		 216 aa  184  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  184  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 		 201 aa  184  9e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  46.26 
 
 		 217 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  49.28 
 
 		 214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.25 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 		 214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.12 
 
 		 215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  49.04 
 
 		 215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  48.8 
 
 		 214 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 		 216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  47.24 
 
 		 200 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 		 200 aa  181  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  46.8 
 
 		 212 aa  181  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  46.73 
 
 		 200 aa  181  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 214 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.49 
 
 		 240 aa  181  8.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  45.96 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  49.74 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  49.74 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  49.25 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  48.57 
 
 		 217 aa  179  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 216 aa  179  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  49.75 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  46.73 
 
 		 200 aa  179  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  49.75 
 
 		 201 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  45.18 
 
 		 201 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.56 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  47.2 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  50.52 
 
 		 209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  47.2 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 		 215 aa  178  4e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  49.74 
 
 		 200 aa  178  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 214 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  50.78 
 
 		 201 aa  178  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  47.78 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>