More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0862 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 201 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 201 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  92.04 
 
 		 201 aa  390  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  85.57 
 
 		 201 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  76.12 
 
 		 201 aa  332  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  74.13 
 
 		 201 aa  323  7e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  72.64 
 
 		 209 aa  317  6e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  73.13 
 
 		 201 aa  315  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  72.14 
 
 		 201 aa  315  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  71.64 
 
 		 201 aa  310  5.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  71.14 
 
 		 201 aa  310  1e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.65 
 
 		 201 aa  308  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  70.65 
 
 		 211 aa  308  4e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.15 
 
 		 201 aa  305  2.0000000000000002e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  69.65 
 
 		 201 aa  305  3e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  70.15 
 
 		 202 aa  304  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  69.65 
 
 		 202 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.66 
 
 		 201 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  66.67 
 
 		 201 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  66.67 
 
 		 201 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  68.66 
 
 		 200 aa  296  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  66.67 
 
 		 201 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  67.16 
 
 		 201 aa  295  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  66.17 
 
 		 207 aa  294  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  64.68 
 
 		 201 aa  288  3e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  67.82 
 
 		 201 aa  287  6e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  66.17 
 
 		 201 aa  287  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  64.18 
 
 		 201 aa  287  8e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  66.17 
 
 		 200 aa  284  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  66.83 
 
 		 201 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  66.83 
 
 		 201 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.52 
 
 		 207 aa  281  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  66.17 
 
 		 200 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  66.17 
 
 		 200 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  63.5 
 
 		 207 aa  271  6e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  60.7 
 
 		 722 aa  256  1e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  57.71 
 
 		 202 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  56.67 
 
 		 215 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.19 
 
 		 216 aa  245  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 215 aa  241  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 215 aa  236  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  52.86 
 
 		 216 aa  235  3e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 212 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.81 
 
 		 215 aa  232  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 214 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.29 
 
 		 213 aa  231  5e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  51.43 
 
 		 214 aa  231  6e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  51.9 
 
 		 212 aa  231  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 215 aa  231  7.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  50.95 
 
 		 216 aa  230  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  51.43 
 
 		 214 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_24772  predicted protein  53.55 
 
 		 801 aa  229  1e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  51.9 
 
 		 216 aa  230  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  51.43 
 
 		 214 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  51.9 
 
 		 216 aa  230  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 216 aa  229  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  50.95 
 
 		 216 aa  229  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.9 
 
 		 216 aa  229  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.86 
 
 		 215 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  53.81 
 
 		 215 aa  228  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  51.43 
 
 		 214 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  53.08 
 
 		 217 aa  228  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  51.9 
 
 		 212 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 215 aa  228  6e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 215 aa  227  8e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  56.37 
 
 		 772 aa  227  9e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  57.35 
 
 		 762 aa  227  1e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 212 aa  227  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  51.43 
 
 		 216 aa  226  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  53.08 
 
 		 217 aa  226  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 212 aa  226  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 215 aa  226  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  52.86 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  51.66 
 
 		 217 aa  226  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  52.86 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  50.48 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  50.48 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  50.48 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  50.95 
 
 		 216 aa  224  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  50.95 
 
 		 216 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  50.48 
 
 		 216 aa  224  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  50.48 
 
 		 216 aa  224  7e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 213 aa  223  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  51.9 
 
 		 216 aa  222  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 		 214 aa  222  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  52.38 
 
 		 216 aa  222  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 212 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  50.48 
 
 		 216 aa  221  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  51.43 
 
 		 215 aa  221  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  51.66 
 
 		 217 aa  221  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 217 aa  221  8e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>