More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4233 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 201 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  94.53 
 
 		 201 aa  400  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  94.53 
 
 		 201 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  95 
 
 		 201 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  88.5 
 
 		 201 aa  378  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  87.56 
 
 		 201 aa  373  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  87.56 
 
 		 201 aa  373  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  87.56 
 
 		 201 aa  373  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  87.06 
 
 		 201 aa  370  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  82.09 
 
 		 201 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  81.91 
 
 		 201 aa  347  5e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  80.1 
 
 		 201 aa  345  3e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  81 
 
 		 201 aa  345  3e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  80.5 
 
 		 201 aa  345  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  79.4 
 
 		 201 aa  337  5.9999999999999996e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0396  isopropylmalate isomerase small subunit  79 
 
 		 201 aa  337  8e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184497 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  64.68 
 
 		 200 aa  275  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  64.18 
 
 		 200 aa  272  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  63.18 
 
 		 200 aa  272  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  64.82 
 
 		 200 aa  270  9e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  64.18 
 
 		 200 aa  269  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  62.81 
 
 		 200 aa  269  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  64.82 
 
 		 200 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  63.82 
 
 		 200 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  62.69 
 
 		 200 aa  265  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  60.2 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  59.7 
 
 		 200 aa  253  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  60.5 
 
 		 201 aa  252  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  59.7 
 
 		 200 aa  253  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  60 
 
 		 201 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  60.5 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  60 
 
 		 201 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  60 
 
 		 201 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  58.5 
 
 		 201 aa  246  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  58.46 
 
 		 200 aa  245  3e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  58.59 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.59 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  58.59 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  58.59 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  58.59 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  58.59 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  58.59 
 
 		 201 aa  244  8e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  58 
 
 		 201 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  58.08 
 
 		 201 aa  243  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  59.09 
 
 		 201 aa  241  3.9999999999999997e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  58 
 
 		 215 aa  235  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.42 
 
 		 216 aa  234  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 216 aa  231  5e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  52.71 
 
 		 216 aa  229  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.95 
 
 		 212 aa  229  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.5 
 
 		 198 aa  228  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  53.2 
 
 		 216 aa  229  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3271  isopropylmalate isomerase small subunit  54.55 
 
 		 208 aa  228  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  55.94 
 
 		 215 aa  228  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  57.5 
 
 		 212 aa  227  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 218 aa  227  9e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  55.17 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  55.45 
 
 		 214 aa  225  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  51.72 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  55.45 
 
 		 214 aa  225  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  54.5 
 
 		 212 aa  224  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  55.94 
 
 		 214 aa  224  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 212 aa  224  8e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.46 
 
 		 216 aa  223  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 214 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  222  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  55.45 
 
 		 214 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  222  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  52.48 
 
 		 215 aa  222  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  53.5 
 
 		 212 aa  222  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  55.45 
 
 		 215 aa  221  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  53.2 
 
 		 217 aa  221  6e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  221  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 213 aa  221  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  52.48 
 
 		 215 aa  220  9e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  220  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  52.48 
 
 		 216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 215 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 217 aa  219  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  50.99 
 
 		 216 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.47 
 
 		 213 aa  218  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  54.73 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.26 
 
 		 204 aa  218  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.49 
 
 		 215 aa  217  7.999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 214 aa  217  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  55.22 
 
 		 212 aa  217  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2590  isopropylmalate isomerase small subunit  52.82 
 
 		 197 aa  217  8.999999999999998e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000283256  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  216  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 215 aa  217  1e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.09 
 
 		 202 aa  216  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>