More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1670 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
204 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  54.25 
 
 
216 aa  241  5e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  53.55 
 
 
216 aa  234  9e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  51.89 
 
 
214 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  51.64 
 
 
212 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  51.42 
 
 
214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  51.89 
 
 
212 aa  232  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  53.08 
 
 
216 aa  231  6e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  51.42 
 
 
214 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  52.61 
 
 
215 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  51.42 
 
 
214 aa  229  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  53.85 
 
 
201 aa  230  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  51.18 
 
 
215 aa  228  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  50.94 
 
 
214 aa  228  6e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  51.66 
 
 
215 aa  227  9e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.89 
 
 
213 aa  227  9e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  54.59 
 
 
200 aa  227  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.53 
 
 
240 aa  226  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  52.13 
 
 
215 aa  227  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  49.05 
 
 
216 aa  226  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  51.3 
 
 
201 aa  225  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  52.48 
 
 
201 aa  225  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.97 
 
 
201 aa  225  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  53.37 
 
 
201 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  52.55 
 
 
200 aa  224  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  55.38 
 
 
201 aa  224  9e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  50.47 
 
 
214 aa  223  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  53.57 
 
 
200 aa  222  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  50.24 
 
 
212 aa  222  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  52.04 
 
 
200 aa  221  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  53.85 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  49.53 
 
 
212 aa  221  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  52.33 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  54.36 
 
 
201 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  54.36 
 
 
201 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  52.55 
 
 
200 aa  221  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  53.85 
 
 
201 aa  220  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  50.94 
 
 
212 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.55 
 
 
202 aa  220  9.999999999999999e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.23 
 
 
215 aa  220  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  51.5 
 
 
200 aa  220  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  52.76 
 
 
201 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  51.5 
 
 
200 aa  220  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  50.71 
 
 
215 aa  220  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  52.31 
 
 
201 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 
201 aa  219  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  49.76 
 
 
212 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  52.31 
 
 
200 aa  219  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.76 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  51.5 
 
 
200 aa  219  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  48.11 
 
 
218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  48.58 
 
 
214 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  50.71 
 
 
216 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  53.33 
 
 
201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  47.17 
 
 
213 aa  218  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 
201 aa  218  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  49.76 
 
 
215 aa  217  7.999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.64 
 
 
213 aa  217  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.49 
 
 
201 aa  217  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
216 aa  217  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  49.76 
 
 
215 aa  216  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
216 aa  217  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 
201 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0396  isopropylmalate isomerase small subunit  51.28 
 
 
201 aa  217  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000184497 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 
216 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.57 
 
 
215 aa  216  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  52.33 
 
 
200 aa  216  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 
201 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  52.33 
 
 
200 aa  216  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  48.34 
 
 
212 aa  215  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 
201 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  48.57 
 
 
216 aa  215  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  52.82 
 
 
201 aa  215  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.06 
 
 
216 aa  215  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  48.34 
 
 
215 aa  215  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  48.57 
 
 
216 aa  215  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  48.1 
 
 
216 aa  214  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  49.76 
 
 
215 aa  214  5.9999999999999996e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 
201 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 
201 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  49.05 
 
 
217 aa  214  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  51.79 
 
 
200 aa  214  7e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  48.1 
 
 
216 aa  214  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  50.5 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  51.74 
 
 
202 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 
209 aa  213  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  51.79 
 
 
197 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.75 
 
 
203 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 
201 aa  212  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  50.47 
 
 
217 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  50.47 
 
 
217 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  50.47 
 
 
217 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>