More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3354 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0838  aminotransferase, class V  64.24 
 
 		 778 aa  1027    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0677783  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0566  aminotransferase class V  70.52 
 
 		 771 aa  1122    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0544  aminotransferase class V  66.49 
 
 		 761 aa  1041    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3354  aminotransferase, class V  100 
 
 		 759 aa  1568    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1506  cysteine desulfurase  58.23 
 
 		 753 aa  866    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0988  cysteine desulfurase  33.51 
 
 		 384 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00170746  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1142  cysteine desulfurase  33.51 
 
 		 384 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.165458  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3079  cysteine desulfurase  35.51 
 
 		 396 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2363  aminotransferase, class V  33.33 
 
 		 398 aa  213  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197402  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1356  cysteine desulfurase NifS  35.73 
 
 		 402 aa  211  4e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4479  aminotransferase class V  34.67 
 
 		 380 aa  206  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3914  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  34.65 
 
 		 400 aa  205  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0624  aminotransferase, class V  34.72 
 
 		 385 aa  205  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292698 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0502  aminotransferase, class V  35.64 
 
 		 382 aa  205  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000217795  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0097  aminotransferase class V  34.43 
 
 		 377 aa  203  9e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  35.4 
 
 		 404 aa  203  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1075  cysteine desulfurase NifS  33.86 
 
 		 384 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4757  aminotransferase, class V  34.67 
 
 		 380 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1860  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  33.6 
 
 		 396 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2179  cysteine desulfurase  34.72 
 
 		 373 aa  202  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3320  aminotransferase class V  33.86 
 
 		 380 aa  201  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0050  cysteine desulfurase  34.29 
 
 		 407 aa  201  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0478  aminotransferase, class V  34.4 
 
 		 380 aa  201  5e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000122406 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2175  aminotransferase class V  33.69 
 
 		 398 aa  201  6e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.670004  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0100  cysteine desulfurase NifS  34.15 
 
 		 400 aa  200  7.999999999999999e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.873822 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1684  aminotransferase class V  33.07 
 
 		 387 aa  200  7.999999999999999e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2275  aminotransferase, class V  34.29 
 
 		 386 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  32.27 
 
 		 398 aa  199  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4766  aminotransferase, class V  34.3 
 
 		 380 aa  199  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4783  aminotransferase, class V  34.13 
 
 		 380 aa  198  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4785  aminotransferase, class V  34.13 
 
 		 380 aa  198  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4546  aminotransferase, class V  34.13 
 
 		 380 aa  198  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4382  cysteine desulfhydrase, aminotransferase, class V  34.13 
 
 		 380 aa  198  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4900  aminotransferase, class V  34.13 
 
 		 380 aa  198  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4392  cysteine desulfhydrase, aminotransferase, class V  34.13 
 
 		 380 aa  198  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0206  IscS protein  32.11 
 
 		 397 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264012  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  34.76 
 
 		 379 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1273  cysteine desulfhydrase  34.37 
 
 		 380 aa  197  6e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000190468  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1331  aminotransferase, class V  34.37 
 
 		 380 aa  197  6e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000957833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5849  aminotransferase class V  36.32 
 
 		 391 aa  197  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0450  aminotransferase (class V), putative  32.45 
 
 		 381 aa  197  9e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0570589  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2002  aminotransferase class V  32.33 
 
 		 401 aa  196  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.557544 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2025  aminotransferase, class V  33.33 
 
 		 383 aa  196  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2232  aminotransferase class V  32.01 
 
 		 401 aa  194  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0235  IscS protein  32.58 
 
 		 398 aa  194  4e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5110  aminotransferase class V  36.84 
 
 		 391 aa  194  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400085 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3007  aminotransferase, class V  34.95 
 
 		 378 aa  194  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4245  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  36.75 
 
 		 398 aa  194  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4344  aminotransferase class V  37.74 
 
 		 390 aa  194  7e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  33.67 
 
 		 393 aa  194  7e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4456  aminotransferase class V  37.77 
 
 		 390 aa  193  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259181  normal  0.127944 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0188  aminotransferase class V  34.99 
 
 		 382 aa  193  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.431625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2362  cysteine desulfurase NifS  35.53 
 
 		 399 aa  193  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  32.99 
 
 		 400 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  35.9 
 
 		 387 aa  193  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1186  aminotransferase, class V  33.51 
 
 		 380 aa  192  2e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2011  cysteine desulfurase  33.68 
 
 		 391 aa  191  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.079673  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0379  cysteine desulfurase  32.9 
 
 		 373 aa  191  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1568  cysteine desulfurase  32.9 
 
 		 373 aa  191  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  34.27 
 
 		 405 aa  191  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0304  aminotransferase, class V  34.18 
 
 		 395 aa  191  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1225  cysteine desulfurase  32.56 
 
 		 414 aa  191  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.738138  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0422  cysteine desulfurase  32.9 
 
 		 373 aa  191  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1755  cysteine desulfurase  32.9 
 
 		 373 aa  191  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.983783  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  33.5 
 
 		 403 aa  191  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2865  cysteine desulfurase  32.82 
 
 		 373 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2296  aminotransferase, class V  35.45 
 
 		 394 aa  191  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0108  aminotransferase class V  34.56 
 
 		 400 aa  190  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.702313 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1403  aminotransferase, class V  30.77 
 
 		 381 aa  190  7e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.862736  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2015  aminotransferase, class V  35.01 
 
 		 391 aa  190  9e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0118596  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0199  aminotransferase, class V  32.72 
 
 		 382 aa  190  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  31.41 
 
 		 392 aa  189  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1667  aminotransferase, class V  31.28 
 
 		 381 aa  189  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22050  aminotransferase class V  31.85 
 
 		 381 aa  188  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.718227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1569  cysteine desulfurase NifS  33.51 
 
 		 389 aa  188  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00349258  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  31.52 
 
 		 382 aa  188  4e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0365  aminotransferase class V  31.58 
 
 		 401 aa  187  5e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0437125  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1371  aminotransferase class V  33.07 
 
 		 387 aa  187  5e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00447816  normal  0.862029 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  34.99 
 
 		 388 aa  187  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  34.99 
 
 		 387 aa  187  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1068  aminotransferase, class V  33.94 
 
 		 393 aa  187  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0344653  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1558  cysteine desulfurase NifS  35.34 
 
 		 400 aa  187  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal  0.890663 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0992  cysteine desulfurase  32.11 
 
 		 391 aa  187  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00026474  normal  0.256714 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4134  aminotransferase, class V  34.63 
 
 		 400 aa  187  8e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0486971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2647  cysteine desulfurase NifS  33.16 
 
 		 389 aa  187  8e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311085 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2352  aminotransferase class V  32.9 
 
 		 388 aa  186  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1001  aminotransferase, class V  31.9 
 
 		 508 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1228  cysteine desulfurase  35.01 
 
 		 396 aa  186  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.72712  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1277  cysteine desulfurase  35.01 
 
 		 396 aa  186  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2122  cysteine desulfurase NifS  34.28 
 
 		 401 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31758 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2719  aminotransferase class V  31.79 
 
 		 380 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1297  aminotransferase class V  31.23 
 
 		 403 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.216598  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  33.42 
 
 		 389 aa  185  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0872  cysteine desulfurase  34.13 
 
 		 380 aa  185  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0149083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3627  cysteine desulfurase  34.1 
 
 		 404 aa  185  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0168495  normal  0.888851 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0356  aminotransferase, class V  32.49 
 
 		 390 aa  185  3e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2808  aminotransferase, class V  32.13 
 
 		 379 aa  185  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  30.53 
 
 		 381 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  31.14 
 
 		 403 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0534  aminotransferase class V  32.27 
 
 		 394 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>