256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0642 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0642  type II secretion system protein  100 
 
 		 287 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0746  type II secretion system protein  85.02 
 
 		 287 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.271129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0710  putative type II secretion system protein F  75.61 
 
 		 287 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4348  type II secretion system protein  45.42 
 
 		 292 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2923  putative type II secretion system protein F  44.29 
 
 		 293 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6878  type II secretion system protein  45.67 
 
 		 293 aa  262  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.465681  normal  0.240753 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2307  Type II secretion system F domain protein  43.94 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2114  type II secretion system protein  42.86 
 
 		 288 aa  226  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2696  type II secretion system protein  43.56 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0581937  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0249  type II secretion system protein  39.05 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1276  type II secretion system protein  34.48 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2314  type II secretion system protein  31.43 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2557  type II secretion system protein  45.78 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.59617  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1850  type II secretion system protein  35.08 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102974  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2118  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.128736  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1680  type II secretion system protein  34.87 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3212  type II secretion system protein  34.41 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.514288 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0793  TadC protein  38.86 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4615  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2698  type II secretion system protein  41.32 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1017  von Willebrand factor type A; type II secretion system protein  42.33 
 
 		 643 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1159  Type II secretion system F domain protein  37.58 
 
 		 320 aa  118  9e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2736  type II secretion system protein  43.11 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1831  type II secretion system protein  40.37 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1107  type II secretion system protein  41.92 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107682  normal  0.160043 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1053  type II secretion system protein  38.98 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3208  type II secretion system protein  39.31 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.544767 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2365  hypothetical protein  38.32 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.195084  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4619  type II secretion system protein  35.75 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340215 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2650  type II secretion system protein  38.22 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4446  type II secretion system protein  35.23 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044747 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2641  type II secretion system protein  36.9 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1754  Flp pilus assembly protein TadC  39.75 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2935  type II secretion system protein  39.35 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0849088  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0806  type II secretion system protein  35.19 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0653  TadC protein  35.24 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2352  type II secretion system protein  40.51 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3118  type II secretion system protein  37.89 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.803425  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1318  type II secretion system protein  36.26 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2276  hypothetical protein  36.07 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0801  type II secretion system protein  35.22 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3093  type II secretion system protein  36.26 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2968  type II secretion system protein  36.26 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1500  type II secretion system protein  36.65 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.34697  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1916  type II secretion system protein  35.63 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.141806  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0639  type II secretion system protein  32.86 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0650  putative tight adherence TadC-related transmembrane protein  35.38 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.640477  normal  0.167986 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3350  type II secretion system protein  31.78 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1043  Type II secretion system F domain protein  33.18 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.809436  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4157  type II secretion system protein  35.62 
 
 		 309 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3420  Type II secretion system F domain protein  36.13 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490118  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2649  type II secretion system protein  36.88 
 
 		 323 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0424  type II secretion system protein  30.53 
 
 		 331 aa  99.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.628499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2911  type II secretion system protein  33.92 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2823  type II secretion system protein  38.1 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1530  type II secretion system protein  34.76 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1125  type II secretion system protein  34.07 
 
 		 347 aa  98.2  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.394553  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0543  type II secretion system protein  35.15 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0603407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0602  type II secretion system protein  31.03 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0897257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3795  type II secretion system protein  34.52 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3011  type II secretion system protein  35.71 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4205  type II secretion system protein  36.14 
 
 		 324 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.125721  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2364  putative putative tight adherence TadC-like transmembrane protein  29.36 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00226483  normal  0.0303282 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5120  type II secretion system protein  35.29 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.229641  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5326  type II secretion system protein  37.37 
 
 		 323 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0355396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3718  type II secretion system protein  35.29 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5490  type II secretion system protein  34.67 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6364  type II secretion system protein  34.67 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6776  type II secretion system protein  34.67 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3964  type II secretion system protein  36.53 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.273183 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1399  type II secretion system protein  27.91 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0535811  hitchhiker  0.000124146 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0586  type II secretion system protein  37.35 
 
 		 320 aa  93.2  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.180812  normal  0.546922 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0300  type II secretion system protein  28.98 
 
 		 323 aa  93.2  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2927  type II secretion system protein  35.93 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0944491  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7193  putative Flp pilus assembly protein TadC  35.32 
 
 		 324 aa  92.4  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.456008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0992  type II secretion system protein  30.72 
 
 		 326 aa  92  9e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236675  normal  0.765371 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0552  type II secretion system protein  29.95 
 
 		 326 aa  92  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4188  type II secretion system protein  32.93 
 
 		 328 aa  91.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1903  putative Flp pilus assembly protein TadC  29.95 
 
 		 326 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2021  type II secretion system protein  32.95 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.477325  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1075  type II secretion system protein  38.27 
 
 		 335 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4864  type II secretion system protein  36.84 
 
 		 330 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2486  type II secretion system protein  28.51 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.766494  hitchhiker  0.000200331 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1779  type II secretion system protein  34.97 
 
 		 324 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708691  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002651  type II/IV secretion system protein TadC associated with Flp pilus assembly  30.41 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0386  type II secretion system protein  35.09 
 
 		 325 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4002  type II secretion system protein  33.73 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0289268  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3525  type II secretion system protein  34.71 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2571  type II secretion system protein  27.36 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2763  type II secretion system protein  31.76 
 
 		 326 aa  89.4  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.613586 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0212  component of type IV pilus  30.95 
 
 		 326 aa  89  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0296  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 325 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0238  type II secretion system protein  32.14 
 
 		 322 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2413  type II secretion system protein  33.73 
 
 		 323 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7036  putative pilus assembly protein  33.33 
 
 		 324 aa  85.9  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.452255 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1124  type II secretion system protein  30.73 
 
 		 331 aa  85.9  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0315206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2485  type II secretion system protein  34.12 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.28616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6300  type II secretion system protein  36.57 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.923016 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2694  type II secretion system protein  30.29 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2708  type II secretion system protein  34.12 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.68845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>