More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0469 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0469  pentapeptide repeat-containing protein  100 
 
 		 223 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0713462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0639  hypothetical protein  59.45 
 
 		 218 aa  270  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3692  pentapeptide repeat-containing protein  64.02 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.413415  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3671  pentapeptide repeat-containing protein  53.17 
 
 		 218 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06906  hypothetical protein  52.91 
 
 		 216 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1590  quinolone resistance determinant QnrC  52.94 
 
 		 218 aa  227  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0160927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0649  hypothetical protein  52.94 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000904  hypothetical protein  52.45 
 
 		 216 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2102  hypothetical protein  51.46 
 
 		 217 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2059  pentapeptide repeat-containing protein  43.08 
 
 		 214 aa  151  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0911  pentapeptide repeat protein  42.33 
 
 		 215 aa  147  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.545668 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0044  pentapeptide repeat-containing protein  33.18 
 
 		 245 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1719  pentapeptide repeat-containing protein  31.5 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019044  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0360  pentapeptide repeat protein  31.52 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0710  hypothetical protein  27.88 
 
 		 381 aa  78.6  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.720138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0076  hypothetical protein  28.79 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.440819 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5254  pentapeptide repeat protein  30.37 
 
 		 449 aa  78.6  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.440739 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1946  hypothetical protein  27.84 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1663  pentapeptide repeat protein  32 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3404  pentapeptide repeat protein  26.11 
 
 		 401 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.559073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4783  pentapeptide repeat-containing protein  29.41 
 
 		 198 aa  75.1  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3198  pentapeptide repeat protein  28.77 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00492163 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1254  pentapeptide repeat-containing protein  34.83 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2699  pentapeptide repeat protein  26.13 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5145  pentapeptide repeat-containing protein  30.25 
 
 		 456 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3402  pentapeptide repeat protein  27.23 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3834  pentapeptide repeat-containing protein  28.95 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2701  pentapeptide repeat protein  27.23 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3417  pentapeptide repeat-containing protein  31.61 
 
 		 448 aa  73.2  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.462451  normal  0.146874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1231  pentapeptide repeat-containing protein  33.14 
 
 		 363 aa  72.4  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.388459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2700  pentapeptide repeat-containing protein  27.27 
 
 		 517 aa  71.6  0.000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0664303 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4586  pentapeptide repeat protein  30.15 
 
 		 453 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.0812819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3321  pentapeptide repeat protein  27.86 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  31.82 
 
 		 870 aa  70.9  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3305  pentapeptide repeat-containing protein  29.95 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0582845  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1785  pentapeptide repeat-containing protein  29.32 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4216  pentapeptide repeat-containing protein  30.14 
 
 		 485 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0428969  normal  0.525681 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3628  pentapeptide repeat protein  31.58 
 
 		 320 aa  68.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4733  pentapeptide repeat protein  29.57 
 
 		 452 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.832203  decreased coverage  0.00416272 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3762  pentapeptide repeat protein  27.94 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0087  hypothetical protein  30.6 
 
 		 600 aa  67.8  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2222  pentapeptide repeat protein  28.23 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.011666  hitchhiker  0.000235255 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3811  pentapeptide repeat protein  27.94 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0677  pentapeptide repeat-containing protein  33.51 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.606696  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4721  pentapeptide repeat protein  28.39 
 
 		 332 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.388862 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1239  pentapeptide repeat-containing protein  27.37 
 
 		 493 aa  67  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.101838  normal  0.0181716 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4774  pentapeptide repeat-containing protein  30.11 
 
 		 266 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4850  pentapeptide repeat-containing protein  30.1 
 
 		 576 aa  66.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626433 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2842  pentapeptide repeat protein  28.57 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713395  normal  0.309994 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4398  pentapeptide repeat-containing protein  27.49 
 
 		 521 aa  66.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0324397  hitchhiker  0.0000237208 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1025  pentapeptide repeat protein  28.89 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00638756 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1058  pentapeptide repeat protein  27.66 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819721  normal  0.059733 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2558  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5006  pentapeptide repeat-containing protein  32.02 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993691  normal  0.304437 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3276  pentapeptide repeat-containing protein  26.98 
 
 		 319 aa  65.5  0.0000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.300085 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1024  pentapeptide repeat-containing protein  28.71 
 
 		 389 aa  65.1  0.0000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.299453  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0025  pentapeptide repeat-containing protein  25.22 
 
 		 348 aa  65.1  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2015  pentapeptide repeat-containing protein  28.37 
 
 		 447 aa  65.1  0.0000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.869172  normal  0.493444 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1201  pentapeptide repeat-containing protein  29.28 
 
 		 515 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0514272  normal  0.288763 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4910  pentapeptide repeat-containing protein  29.27 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.186605 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0977  pentapeptide repeat-containing protein  27.96 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1294  hypothetical protein  28.1 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10056 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2216  pentapeptide repeat protein  26.29 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000619186  normal  0.061553 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2093  pentapeptide repeat-containing protein  25.4 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.391868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3601  pentapeptide repeat-containing protein  26.39 
 
 		 199 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6261  pentapeptide repeat-containing protein  33.08 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.559875 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0605  pentapeptide repeat-containing protein  29.51 
 
 		 727 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000848072  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3347  pentapeptide repeat-containing protein  24.88 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5010  pentapeptide repeat protein  31.25 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5310  pentapeptide repeat protein  30.94 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4191  pentapeptide repeat-containing protein  32.63 
 
 		 844 aa  63.2  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2490  pentapeptide repeat-containing protein  25.7 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2697  pentapeptide repeat protein  31.29 
 
 		 336 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.836174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3419  pentapeptide repeat protein  31.29 
 
 		 336 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4412  pentapeptide repeat-containing protein  32.64 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4536  pentapeptide repeat protein  31.4 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.339065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2404  pentapeptide repeat-containing protein  28.27 
 
 		 254 aa  62  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1089  pentapeptide repeat-containing protein  27.66 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.820792 
 
 
-
 
NC_002978  WD0440  pentapeptide repeat-containing protein  25.51 
 
 		 601 aa  60.8  0.00000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.203481  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1486  hypothetical protein  28.73 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2868  pentapeptide repeat protein  25.47 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6493  pentapeptide repeat protein  30.49 
 
 		 204 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364584  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1275  pentapeptide repeat protein  27.46 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0563  pentapeptide repeat-containing protein  26.54 
 
 		 386 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.643792 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0246  pentapeptide repeat protein  32.03 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.858337  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1681  pentapeptide repeat-containing protein  27.98 
 
 		 880 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4963  pentapeptide repeat-containing protein  24.33 
 
 		 489 aa  60.1  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0542  hypothetical protein  27.98 
 
 		 880 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2344  pentapeptide repeat protein  29.74 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00177045 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4885  pentapeptide repeat-containing protein  27.51 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0039281 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5070  pentapeptide repeat protein  27.67 
 
 		 174 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2382  pentapeptide repeat protein  35.06 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1207  pentapeptide repeat-containing protein  24.75 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00122805  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3400  serine/threonine protein kinase  28.37 
 
 		 567 aa  60.5  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.110331 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0761  pentapeptide repeat-containing protein  31.35 
 
 		 1191 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.515894  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4644  pentapeptide repeat-containing protein  31.82 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0612  pentapeptide repeat-containing protein  27.98 
 
 		 880 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.65281  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1703  pentapeptide repeat protein  33.76 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.279305  normal  0.0241547 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0723  pentapeptide repeat-containing protein  27.98 
 
 		 880 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2891  effector protein pipB2  31.39 
 
 		 350 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>