More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2843 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  42.91 
 
 		 920 aa  733    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  67.14 
 
 		 921 aa  1268    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  66.3 
 
 		 915 aa  1265    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  66.38 
 
 		 920 aa  1289    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  67.43 
 
 		 912 aa  1267    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  62.47 
 
 		 922 aa  1201    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  65.42 
 
 		 931 aa  1268    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  69.1 
 
 		 919 aa  1331    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  100 
 
 		 910 aa  1855    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  40.88 
 
 		 897 aa  668    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  68.04 
 
 		 919 aa  1285    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  44.67 
 
 		 828 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  44.7 
 
 		 827 aa  626  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  37.22 
 
 		 869 aa  625  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  43.79 
 
 		 828 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  38.88 
 
 		 869 aa  618  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  36.34 
 
 		 852 aa  597  1e-169  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  45.45 
 
 		 828 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  43.48 
 
 		 837 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  43.48 
 
 		 837 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  42.87 
 
 		 837 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  31.48 
 
 		 833 aa  349  1e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  26.45 
 
 		 947 aa  258  3e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  34.54 
 
 		 753 aa  253  1e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  31.31 
 
 		 1055 aa  248  3e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  26.33 
 
 		 833 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  34.26 
 
 		 948 aa  240  9e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  26.31 
 
 		 834 aa  237  8e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  27.65 
 
 		 977 aa  226  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  35.07 
 
 		 781 aa  226  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  28.73 
 
 		 869 aa  226  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  28.42 
 
 		 830 aa  223  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  27.69 
 
 		 800 aa  223  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  29.89 
 
 		 952 aa  219  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  32.6 
 
 		 779 aa  213  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  28.1 
 
 		 812 aa  211  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  27.58 
 
 		 846 aa  207  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  26.22 
 
 		 824 aa  206  2e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  39.06 
 
 		 576 aa  206  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  28.37 
 
 		 940 aa  204  7e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  27.27 
 
 		 936 aa  202  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  35.46 
 
 		 849 aa  202  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  32.34 
 
 		 803 aa  197  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  36.04 
 
 		 877 aa  190  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  25.13 
 
 		 823 aa  187  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  36.74 
 
 		 877 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  36.74 
 
 		 800 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  36.42 
 
 		 875 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  26.07 
 
 		 791 aa  184  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  27.05 
 
 		 830 aa  184  6e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  35.16 
 
 		 568 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  29.54 
 
 		 478 aa  123  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  31.51 
 
 		 580 aa  118  6e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  39.72 
 
 		 425 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  27.51 
 
 		 473 aa  112  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  33.2 
 
 		 552 aa  110  2e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  30.54 
 
 		 605 aa  107  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  28.17 
 
 		 495 aa  107  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  27.86 
 
 		 495 aa  106  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  23.56 
 
 		 700 aa  105  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  25.51 
 
 		 603 aa  101  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  31.63 
 
 		 552 aa  100  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.84 
 
 		 552 aa  99.8  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  23.68 
 
 		 700 aa  99.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.84 
 
 		 552 aa  99.8  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4309  polysaccharide export protein  26.02 
 
 		 495 aa  97.4  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  30 
 
 		 587 aa  95.1  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1924  polysaccharide export protein  25.9 
 
 		 551 aa  95.1  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0359634 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  26.25 
 
 		 387 aa  94.4  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  26.83 
 
 		 388 aa  94.4  9e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  30.73 
 
 		 537 aa  93.6  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  28.3 
 
 		 606 aa  93.2  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  27.96 
 
 		 579 aa  92.4  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  26.23 
 
 		 379 aa  90.5  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  30.92 
 
 		 358 aa  89.7  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  26.37 
 
 		 347 aa  89.7  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1985  outer membrane protein, putative  25.95 
 
 		 282 aa  88.2  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  29 
 
 		 508 aa  88.2  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  29.91 
 
 		 606 aa  87.4  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  24.77 
 
 		 362 aa  87  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  28.33 
 
 		 558 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  28.33 
 
 		 558 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  29.95 
 
 		 558 aa  87  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  28.33 
 
 		 558 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  28.85 
 
 		 431 aa  86.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  25.24 
 
 		 609 aa  86.3  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  25.26 
 
 		 703 aa  85.9  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2344  polysaccharide biosynthesis/export protein  26.71 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.675285  normal  0.855008 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2458  polysaccharide biosynthesis/export protein  26.71 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0550214 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2193  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.27 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000597973  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1712  polysaccharide export protein  25.71 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69321  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1060  polysaccharide export protein  30.21 
 
 		 393 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  26.92 
 
 		 373 aa  83.2  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  27.47 
 
 		 516 aa  83.2  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3319  polysaccharide export protein  24.58 
 
 		 351 aa  82.4  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.211792 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0148  capsular polysaccharide export protein, putative  24.89 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  26.17 
 
 		 565 aa  82  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  27.59 
 
 		 557 aa  82  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13851  hypothetical protein  24.92 
 
 		 365 aa  82  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0799  polysaccharide export protein  29.47 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>