More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1576 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  100 
 
 
833 aa  1692    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  41.31 
 
 
827 aa  628  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  38.93 
 
 
828 aa  598  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  38.5 
 
 
828 aa  598  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  39.43 
 
 
837 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  39.66 
 
 
837 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  39.29 
 
 
837 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  38.95 
 
 
828 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  35.52 
 
 
869 aa  537  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  36.47 
 
 
852 aa  535  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  35.61 
 
 
869 aa  525  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  34.01 
 
 
921 aa  393  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  32.9 
 
 
833 aa  394  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  33.88 
 
 
915 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  32.66 
 
 
834 aa  389  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  33.16 
 
 
912 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  34.68 
 
 
931 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  35 
 
 
922 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  32.03 
 
 
919 aa  379  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  31.25 
 
 
1055 aa  377  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  35.73 
 
 
919 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  31.01 
 
 
920 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  31.27 
 
 
910 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  34.55 
 
 
940 aa  366  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  31.48 
 
 
897 aa  364  4e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  35.78 
 
 
920 aa  362  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  32.15 
 
 
948 aa  360  7e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  32.07 
 
 
869 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  33.15 
 
 
936 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  31.32 
 
 
781 aa  351  4e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  32.7 
 
 
952 aa  346  1e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  31.06 
 
 
977 aa  335  2e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  29.72 
 
 
849 aa  295  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  28.2 
 
 
824 aa  291  3e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  28.84 
 
 
823 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  28.61 
 
 
830 aa  281  5e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  29.74 
 
 
812 aa  278  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  30.5 
 
 
846 aa  263  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  27.33 
 
 
791 aa  246  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  27.53 
 
 
800 aa  235  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  31.58 
 
 
753 aa  232  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  26.56 
 
 
830 aa  230  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  27.74 
 
 
947 aa  230  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  30.77 
 
 
779 aa  226  9e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  29.93 
 
 
568 aa  225  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  30.93 
 
 
803 aa  208  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  29.12 
 
 
877 aa  194  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  28.97 
 
 
877 aa  188  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  28.63 
 
 
800 aa  187  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  28.43 
 
 
875 aa  187  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  33.33 
 
 
576 aa  176  1.9999999999999998e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  27.13 
 
 
580 aa  143  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  29.55 
 
 
478 aa  129  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  35.67 
 
 
425 aa  112  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  25.76 
 
 
605 aa  103  9e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  24.77 
 
 
558 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  24.77 
 
 
558 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  27.05 
 
 
473 aa  98.6  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  24.77 
 
 
558 aa  98.2  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  29.72 
 
 
347 aa  94.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  26.77 
 
 
700 aa  94.4  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  27.03 
 
 
700 aa  92.8  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  23.14 
 
 
516 aa  92.4  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  23.76 
 
 
579 aa  92.4  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  32.88 
 
 
508 aa  92  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  28.84 
 
 
552 aa  90.1  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  23.45 
 
 
552 aa  89.7  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  26.54 
 
 
565 aa  88.2  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  26.96 
 
 
587 aa  87.8  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  22.8 
 
 
552 aa  87.8  8e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3319  polysaccharide export protein  27.2 
 
 
351 aa  87  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.211792 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  22.89 
 
 
552 aa  86.3  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  23.13 
 
 
703 aa  85.1  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  28.18 
 
 
358 aa  84.7  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  27.66 
 
 
557 aa  84.3  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  22.15 
 
 
603 aa  80.9  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4309  polysaccharide export protein  27.78 
 
 
495 aa  80.5  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  24.69 
 
 
495 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1924  polysaccharide export protein  23.86 
 
 
551 aa  80.5  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0359634 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  24.38 
 
 
495 aa  79.7  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0148  capsular polysaccharide export protein, putative  28.25 
 
 
277 aa  79  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2026  polysaccharide export protein  26.13 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  29.17 
 
 
317 aa  77.4  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  22.99 
 
 
606 aa  77  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  27.78 
 
 
373 aa  77  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1795  polysaccharide export outer membrane protein  28.34 
 
 
264 aa  76.6  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  27.14 
 
 
537 aa  76.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0290  polysaccharide export protein  25.6 
 
 
992 aa  75.5  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  27.94 
 
 
558 aa  75.1  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0242  polysaccharide export protein  27.07 
 
 
264 aa  74.7  0.000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  28.83 
 
 
396 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1695  polysaccharide export protein  25.37 
 
 
356 aa  72.8  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.24357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  28.83 
 
 
391 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1061  polysaccharide export protein  25.23 
 
 
478 aa  72.8  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167243  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  28.83 
 
 
391 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  31.48 
 
 
609 aa  72.4  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  28.7 
 
 
396 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1877  polysaccharide export protein  28.5 
 
 
281 aa  72  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  26.57 
 
 
388 aa  72  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13851  hypothetical protein  29.89 
 
 
365 aa  71.2  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>