299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0648 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  100 
 
 
779 aa  1557    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  50.66 
 
 
875 aa  644    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  50.81 
 
 
800 aa  645    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  50.28 
 
 
877 aa  656    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  46.95 
 
 
849 aa  662    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  50.95 
 
 
877 aa  645    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  43.78 
 
 
753 aa  544  1e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  43.03 
 
 
803 aa  528  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  32.8 
 
 
948 aa  352  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  33.06 
 
 
869 aa  340  7e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  31.11 
 
 
1055 aa  335  2e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  32.8 
 
 
833 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  30.57 
 
 
952 aa  321  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  32.57 
 
 
834 aa  320  7.999999999999999e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  30.51 
 
 
936 aa  310  5e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  28.3 
 
 
977 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  29.75 
 
 
827 aa  281  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  33.74 
 
 
828 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  33.74 
 
 
828 aa  248  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  34.28 
 
 
781 aa  248  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  28.85 
 
 
837 aa  244  5e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  28.72 
 
 
837 aa  243  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  29.92 
 
 
828 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  33.66 
 
 
920 aa  231  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  45.75 
 
 
576 aa  230  7e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  34.89 
 
 
919 aa  228  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  31.59 
 
 
922 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  32.98 
 
 
915 aa  227  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  32.93 
 
 
837 aa  224  7e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  32.94 
 
 
919 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  34.92 
 
 
912 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  34.48 
 
 
921 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  32.24 
 
 
931 aa  217  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  29.51 
 
 
920 aa  216  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  32.58 
 
 
897 aa  216  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  32.6 
 
 
910 aa  213  7.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  32 
 
 
940 aa  212  3e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  30.77 
 
 
833 aa  209  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  30.62 
 
 
947 aa  208  3e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  28.19 
 
 
869 aa  207  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  29.74 
 
 
568 aa  201  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  31.06 
 
 
823 aa  197  8.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  29.21 
 
 
830 aa  191  5e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  29.13 
 
 
869 aa  191  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  28.11 
 
 
852 aa  184  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  28.26 
 
 
824 aa  181  5.999999999999999e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  25.67 
 
 
791 aa  180  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  28.85 
 
 
830 aa  176  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  28.91 
 
 
800 aa  171  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  29.92 
 
 
812 aa  169  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  29.35 
 
 
846 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  46.81 
 
 
425 aa  140  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  26.93 
 
 
478 aa  136  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  25.52 
 
 
558 aa  117  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  25.29 
 
 
558 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  25.29 
 
 
558 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  25.69 
 
 
605 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  35.79 
 
 
565 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  27.44 
 
 
516 aa  106  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  32.09 
 
 
580 aa  105  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  26.26 
 
 
579 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  26.62 
 
 
587 aa  102  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29 
 
 
552 aa  101  5e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  26.55 
 
 
557 aa  100  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29 
 
 
552 aa  100  7e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  31.58 
 
 
552 aa  100  8e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.26 
 
 
552 aa  100  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  26.26 
 
 
606 aa  100  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  26.42 
 
 
606 aa  99  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  26.33 
 
 
537 aa  95.1  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  24.89 
 
 
603 aa  94.7  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4916  polysaccharide export protein  34.67 
 
 
397 aa  92.8  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.713407  hitchhiker  0.000554375 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  26.82 
 
 
558 aa  92.4  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3701  polysaccharide export protein  34.17 
 
 
392 aa  91.3  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5549  polysaccharide export protein  33.67 
 
 
392 aa  91.3  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3823  polysaccharide export protein  34.17 
 
 
387 aa  91.3  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87104  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4540  polysaccharide export protein  34.17 
 
 
387 aa  91.3  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169971  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  33.67 
 
 
392 aa  91.3  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  34.13 
 
 
609 aa  90.5  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  35.84 
 
 
396 aa  90.5  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  35.84 
 
 
391 aa  90.5  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  35.84 
 
 
391 aa  90.5  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0819  polysaccharide export protein  28.99 
 
 
379 aa  89.7  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2273  polysaccharide export protein  33.67 
 
 
392 aa  89.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.534811  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  35.84 
 
 
396 aa  89.7  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1877  polysaccharide export protein  31.84 
 
 
281 aa  89.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2026  polysaccharide export protein  31.13 
 
 
270 aa  88.2  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3865  putative polysaccharide export protein  29.41 
 
 
379 aa  87.4  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.255792  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1728  putative capsular polysaccharide transport outermembrane protein  30.25 
 
 
352 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0503982  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1958  polysaccharide export protein  35.26 
 
 
407 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.676148  normal  0.565154 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0644  hypothetical protein  69.09 
 
 
68 aa  79  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0242  polysaccharide export protein  30.81 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2864  polysaccharide export protein  31.05 
 
 
389 aa  77  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  25.85 
 
 
373 aa  77  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2257  putative outer membrane polysaccharide exporter  30.42 
 
 
384 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  28.29 
 
 
347 aa  77.4  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  24.88 
 
 
317 aa  76.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2473  polysaccharide export protein  28.22 
 
 
379 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0662836  normal  0.109205 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1060  polysaccharide export protein  31.21 
 
 
393 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0148  capsular polysaccharide export protein, putative  28.06 
 
 
277 aa  74.7  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>