226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2568 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  100 
 
 
812 aa  1625    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  45.79 
 
 
846 aa  654    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  41.49 
 
 
823 aa  561  1e-158  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  41.48 
 
 
800 aa  523  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  38.12 
 
 
830 aa  493  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  38.1 
 
 
830 aa  449  1.0000000000000001e-124  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  37.54 
 
 
791 aa  439  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  32.37 
 
 
824 aa  435  1e-120  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  31.04 
 
 
827 aa  294  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  29.72 
 
 
828 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  30.18 
 
 
828 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  28.95 
 
 
833 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  28.35 
 
 
834 aa  281  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  29.82 
 
 
837 aa  271  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  29.82 
 
 
837 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  28.38 
 
 
948 aa  269  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  29.71 
 
 
936 aa  267  5e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  30.68 
 
 
828 aa  267  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  29.33 
 
 
952 aa  267  5.999999999999999e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  29.64 
 
 
837 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  28.61 
 
 
1055 aa  264  6e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  28.41 
 
 
781 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  28.71 
 
 
833 aa  252  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  26.99 
 
 
852 aa  237  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  27.63 
 
 
940 aa  236  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  28.34 
 
 
977 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  24.94 
 
 
869 aa  224  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.27 
 
 
920 aa  224  7e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  28.68 
 
 
919 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  27.74 
 
 
919 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  28.47 
 
 
912 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  28.49 
 
 
920 aa  221  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  28.85 
 
 
921 aa  221  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  27.85 
 
 
922 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  28.51 
 
 
915 aa  217  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  29.42 
 
 
931 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  28.1 
 
 
910 aa  212  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  28.12 
 
 
947 aa  209  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  27.48 
 
 
869 aa  201  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  27.38 
 
 
869 aa  193  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  29.27 
 
 
568 aa  178  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  29.85 
 
 
897 aa  177  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  34.18 
 
 
753 aa  173  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  25.28 
 
 
849 aa  170  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  29.92 
 
 
779 aa  168  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  31.14 
 
 
877 aa  139  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  31.14 
 
 
800 aa  138  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  28.53 
 
 
576 aa  137  7.000000000000001e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  30.84 
 
 
875 aa  137  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  30.84 
 
 
877 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  33.1 
 
 
803 aa  127  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  23.32 
 
 
579 aa  99.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  24.84 
 
 
587 aa  96.3  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  24.22 
 
 
605 aa  92.8  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  24.09 
 
 
580 aa  91.3  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  22.75 
 
 
609 aa  87.4  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  25.52 
 
 
537 aa  84  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  36.77 
 
 
425 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  23.8 
 
 
473 aa  82.4  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0289  polysaccharide export protein  24.04 
 
 
992 aa  81.3  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  24.24 
 
 
478 aa  79.7  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.28 
 
 
552 aa  76.3  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  28.71 
 
 
552 aa  76.6  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  21.79 
 
 
703 aa  76.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.28 
 
 
552 aa  75.9  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  25.38 
 
 
552 aa  75.1  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  30.05 
 
 
557 aa  74.7  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  28.47 
 
 
347 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2624  polysaccharide export protein  25.53 
 
 
573 aa  73.9  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.145558  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  27.78 
 
 
603 aa  73.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  25.96 
 
 
508 aa  73.2  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  27.57 
 
 
558 aa  70.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0290  polysaccharide export protein  23.85 
 
 
992 aa  70.5  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  27.03 
 
 
558 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  25 
 
 
606 aa  69.3  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  27.03 
 
 
558 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  30 
 
 
606 aa  69.3  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  21.86 
 
 
700 aa  68.6  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2365  polysaccharide export protein  25.19 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  28.21 
 
 
358 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  27.3 
 
 
558 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1538  periplasmic polysaccharide export protein  25.32 
 
 
268 aa  65.5  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  21.62 
 
 
700 aa  64.3  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0689  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  29.03 
 
 
268 aa  63.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.659999 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  25.64 
 
 
516 aa  62.8  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1985  outer membrane protein, putative  24.16 
 
 
282 aa  62  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  27.12 
 
 
373 aa  62  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  26.7 
 
 
565 aa  61.6  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2513  polysaccharide export protein  25.29 
 
 
454 aa  61.6  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  28.22 
 
 
392 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1118  polysaccharide export protein  27.37 
 
 
426 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3593  polysaccharide export protein  25.29 
 
 
384 aa  61.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  27.06 
 
 
317 aa  61.2  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2300  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.53 
 
 
348 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.631767  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4169  polysaccharide export protein  28.51 
 
 
423 aa  60.8  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.95415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4197  polysaccharide export protein  28.51 
 
 
423 aa  60.8  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2243  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.53 
 
 
348 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3319  polysaccharide export protein  28.51 
 
 
383 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00116836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2351  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.53 
 
 
351 aa  60.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2458  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.53 
 
 
379 aa  60.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0550214 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>