More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2676 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  100 
 
 		 849 aa  1722    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  47.22 
 
 		 779 aa  651    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  43.5 
 
 		 877 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  43.85 
 
 		 800 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  43.72 
 
 		 875 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  43.85 
 
 		 877 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  38.11 
 
 		 803 aa  498  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  39.35 
 
 		 753 aa  490  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  32.53 
 
 		 948 aa  366  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  31.51 
 
 		 869 aa  350  7e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  32.52 
 
 		 1055 aa  349  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  30.74 
 
 		 834 aa  342  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  31.59 
 
 		 781 aa  342  2e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  31.13 
 
 		 952 aa  334  4e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  30.66 
 
 		 833 aa  330  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  32.21 
 
 		 936 aa  311  4e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  29.36 
 
 		 977 aa  306  9.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  31.1 
 
 		 828 aa  303  9e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  30.32 
 
 		 828 aa  295  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  29.81 
 
 		 940 aa  291  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  28.16 
 
 		 837 aa  274  6e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  27.8 
 
 		 837 aa  273  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  27.8 
 
 		 837 aa  273  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  30.75 
 
 		 828 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  29.81 
 
 		 833 aa  268  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  29.88 
 
 		 568 aa  222  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  38.02 
 
 		 915 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  41.84 
 
 		 576 aa  216  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  36.79 
 
 		 922 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  37.58 
 
 		 827 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  35.26 
 
 		 931 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  36.42 
 
 		 920 aa  212  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.43 
 
 		 920 aa  209  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  34.47 
 
 		 912 aa  208  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  36.31 
 
 		 919 aa  206  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  35.63 
 
 		 869 aa  206  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  35.57 
 
 		 921 aa  205  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  35.46 
 
 		 910 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  27.9 
 
 		 823 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  37.34 
 
 		 869 aa  195  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  34.19 
 
 		 919 aa  192  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  32.24 
 
 		 897 aa  176  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  24.82 
 
 		 846 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  26.49 
 
 		 852 aa  175  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  31.2 
 
 		 947 aa  170  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  25.28 
 
 		 812 aa  169  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  29.14 
 
 		 824 aa  165  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  33.02 
 
 		 830 aa  162  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  30.79 
 
 		 830 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  29.88 
 
 		 800 aa  141  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  31.94 
 
 		 791 aa  136  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  44.76 
 
 		 425 aa  134  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  33.49 
 
 		 565 aa  117  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  24.75 
 
 		 478 aa  114  8.000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  31.95 
 
 		 605 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  28.71 
 
 		 579 aa  109  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.62 
 
 		 552 aa  108  5e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.43 
 
 		 552 aa  108  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  30.43 
 
 		 552 aa  107  7e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  28.85 
 
 		 552 aa  105  3e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  29.11 
 
 		 558 aa  101  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  28.64 
 
 		 558 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  28.64 
 
 		 558 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  31.16 
 
 		 587 aa  98.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  29.61 
 
 		 609 aa  95.9  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  23.79 
 
 		 557 aa  95.1  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  26.69 
 
 		 516 aa  92.8  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  26.98 
 
 		 603 aa  90.9  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  27.04 
 
 		 580 aa  86.7  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  29.05 
 
 		 606 aa  85.1  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1985  outer membrane protein, putative  26.72 
 
 		 282 aa  84  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  28.42 
 
 		 606 aa  81.6  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  24.8 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  26.82 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3701  polysaccharide export protein  29.05 
 
 		 392 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  23.11 
 
 		 379 aa  79.7  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  26.53 
 
 		 537 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4916  polysaccharide export protein  29.05 
 
 		 397 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.713407  hitchhiker  0.000554375 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2273  polysaccharide export protein  29.05 
 
 		 392 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.534811  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4540  polysaccharide export protein  29.05 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3823  polysaccharide export protein  29.05 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  24.55 
 
 		 373 aa  78.2  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  24.69 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  27.7 
 
 		 392 aa  77  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5549  polysaccharide export protein  27.7 
 
 		 392 aa  77  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  29.77 
 
 		 558 aa  76.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  25.84 
 
 		 396 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  25.71 
 
 		 387 aa  76.6  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  25.84 
 
 		 391 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  25.84 
 
 		 396 aa  76.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  25.84 
 
 		 391 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1769  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  25.71 
 
 		 268 aa  75.5  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0289  polysaccharide export protein  24.58 
 
 		 992 aa  75.5  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3071  polysaccharide export protein  29.48 
 
 		 268 aa  75.5  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2365  polysaccharide export protein  23.11 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  31.18 
 
 		 358 aa  73.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  25 
 
 		 388 aa  73.9  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6745  polysaccharide export protein  26.89 
 
 		 369 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.274318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2478  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  25.71 
 
 		 268 aa  74.3  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4096  polysaccharide export protein  27.39 
 
 		 407 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.512388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>