172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5729 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  100 
 
 
606 aa  1237    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  52.85 
 
 
603 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  46.54 
 
 
606 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.440749 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  43.52 
 
 
558 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  43.93 
 
 
558 aa  431  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  43.52 
 
 
558 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  37.32 
 
 
552 aa  351  2e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  36.81 
 
 
552 aa  351  2e-95  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  37.32 
 
 
552 aa  350  3e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  37.12 
 
 
552 aa  350  6e-95  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  36.76 
 
 
579 aa  346  8.999999999999999e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  38.6 
 
 
605 aa  324  3e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  36.49 
 
 
609 aa  324  4e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  35.43 
 
 
587 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  37.7 
 
 
557 aa  314  2.9999999999999996e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  37.12 
 
 
565 aa  310  4e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  37.63 
 
 
558 aa  301  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  36.51 
 
 
537 aa  298  3e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  35.9 
 
 
516 aa  297  3e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  27.42 
 
 
576 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  26.73 
 
 
753 aa  108  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  26.8 
 
 
803 aa  107  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  26.44 
 
 
827 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  23.81 
 
 
869 aa  105  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  25.76 
 
 
828 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  23.17 
 
 
897 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  25.3 
 
 
828 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  24.89 
 
 
948 aa  102  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  26.26 
 
 
779 aa  100  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  25.51 
 
 
781 aa  98.6  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  26.54 
 
 
947 aa  98.2  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  25.84 
 
 
1055 aa  95.1  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  26.96 
 
 
915 aa  94.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  25.74 
 
 
922 aa  93.6  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  25.1 
 
 
936 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  28.3 
 
 
910 aa  92.8  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  29.39 
 
 
869 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  29.91 
 
 
834 aa  91.3  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  29.03 
 
 
852 aa  91.3  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  27.41 
 
 
869 aa  90.1  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  28.98 
 
 
931 aa  89.7  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  24.09 
 
 
912 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  25.08 
 
 
920 aa  88.6  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  25.48 
 
 
921 aa  88.6  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  25.67 
 
 
837 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  25.67 
 
 
837 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  25.67 
 
 
837 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  27.42 
 
 
824 aa  87.8  5e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  24.84 
 
 
828 aa  87.8  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  25.15 
 
 
830 aa  87  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  29.3 
 
 
940 aa  87  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  25.3 
 
 
977 aa  86.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  26.23 
 
 
920 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  25.49 
 
 
919 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  29.05 
 
 
849 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  29.75 
 
 
833 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  26.76 
 
 
919 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  26.28 
 
 
830 aa  82.4  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  26.3 
 
 
952 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  30.34 
 
 
800 aa  80.1  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  23.81 
 
 
478 aa  74.7  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  24.71 
 
 
568 aa  70.5  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  24.22 
 
 
877 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  24.4 
 
 
823 aa  70.1  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  24.07 
 
 
800 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  26.28 
 
 
812 aa  69.3  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  24.36 
 
 
875 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  21.62 
 
 
791 aa  68.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  24.67 
 
 
877 aa  67  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  23.75 
 
 
846 aa  65.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  34.57 
 
 
700 aa  65.5  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  22.99 
 
 
833 aa  63.2  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  29.63 
 
 
700 aa  63.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3013  polysaccharide export protein  27.37 
 
 
270 aa  61.2  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2696  polysaccharide export protein  29.48 
 
 
196 aa  60.8  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.975578 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1658  polysaccharide export protein  23.04 
 
 
277 aa  60.8  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00056738  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  27.88 
 
 
473 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  25.64 
 
 
388 aa  59.7  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0827  polysaccharide export protein  31.39 
 
 
456 aa  58.2  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.895511  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  29.45 
 
 
358 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1528  polysaccharide export protein  28.05 
 
 
246 aa  57.4  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  24.41 
 
 
580 aa  57  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1795  polysaccharide export outer membrane protein  27.92 
 
 
264 aa  57  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4708  polysaccharide export protein  29.19 
 
 
219 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655126  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2513  polysaccharide export protein  28.44 
 
 
454 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  29.38 
 
 
703 aa  55.8  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3593  polysaccharide export protein  28.44 
 
 
384 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5320  polysaccharide export protein  28.22 
 
 
213 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.884665  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2026  polysaccharide export protein  26.19 
 
 
270 aa  54.7  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4418  polysaccharide export protein  27.92 
 
 
220 aa  54.3  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1538  periplasmic polysaccharide export protein  22.69 
 
 
268 aa  53.9  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2010  polysaccharide export protein  26.4 
 
 
422 aa  53.9  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.054742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2582  polysaccharide export protein  25.88 
 
 
205 aa  53.9  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  23.54 
 
 
508 aa  53.9  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2909  polysaccharide export protein  28.37 
 
 
446 aa  53.5  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.723004  hitchhiker  0.000339784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1728  putative capsular polysaccharide transport outermembrane protein  26.72 
 
 
352 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0503982  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3319  polysaccharide export protein  23.46 
 
 
351 aa  53.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.211792 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  27.07 
 
 
425 aa  52.4  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  25.13 
 
 
387 aa  52  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2586  polysaccharide export protein  26.83 
 
 
184 aa  50.8  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.693737  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>