More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1712 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 291 aa  591  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  78.12 
 
 		 307 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  67.59 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  53.36 
 
 		 287 aa  322  5e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  50.7 
 
 		 294 aa  298  8e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  41.45 
 
 		 782 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  43.35 
 
 		 843 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  35.77 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  41.2 
 
 		 806 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  40.51 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  37.21 
 
 		 685 aa  163  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  41.8 
 
 		 636 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  42.25 
 
 		 636 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  37.44 
 
 		 862 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  39.06 
 
 		 1117 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  33.09 
 
 		 825 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 795 aa  151  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  32.6 
 
 		 842 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 840 aa  149  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  36.82 
 
 		 753 aa  149  6e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  35.81 
 
 		 637 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  37.27 
 
 		 1105 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  39.2 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 864 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  34.81 
 
 		 796 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 981 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  36.55 
 
 		 816 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  38.14 
 
 		 861 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 1235 aa  144  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  39.8 
 
 		 807 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  33.83 
 
 		 752 aa  143  4e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 435 aa  143  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  37.8 
 
 		 874 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  38.86 
 
 		 784 aa  142  6e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  40.66 
 
 		 560 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  32.68 
 
 		 1118 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  32.68 
 
 		 1120 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  33.64 
 
 		 1144 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 830 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  32.98 
 
 		 832 aa  138  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  31.91 
 
 		 1118 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  31.91 
 
 		 1120 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  31.91 
 
 		 1118 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  31.91 
 
 		 1118 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  31.91 
 
 		 1120 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  33.49 
 
 		 813 aa  137  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  35.65 
 
 		 1098 aa  137  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 845 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  31.94 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  30.08 
 
 		 444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  32.95 
 
 		 1133 aa  133  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 844 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0101  putative AefA  38.02 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000000159695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  35.14 
 
 		 806 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  31.62 
 
 		 1120 aa  132  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  31.62 
 
 		 1120 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 440 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  29.27 
 
 		 451 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  31.62 
 
 		 1120 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  37.57 
 
 		 910 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  32.05 
 
 		 1115 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  33.93 
 
 		 843 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  35.61 
 
 		 807 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  31.43 
 
 		 1110 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 867 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 451 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  32.38 
 
 		 859 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 451 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  36.26 
 
 		 1110 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  30.69 
 
 		 428 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  32.67 
 
 		 439 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 		 833 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  29.35 
 
 		 450 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 1066 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 785 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  34.13 
 
 		 891 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 479 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08271  hypothetical protein  35.65 
 
 		 329 aa  129  8.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1903  MscS Mechanosensitive ion channel  41.18 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  33.01 
 
 		 1068 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.99 
 
 		 450 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 1060 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  28.32 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 460 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  27.86 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  32.26 
 
 		 1067 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 1067 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 460 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  28.99 
 
 		 449 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.99 
 
 		 450 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  34.01 
 
 		 427 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.99 
 
 		 450 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>