More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0318 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  100 
 
 		 336 aa  682    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  69.76 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  70.06 
 
 		 342 aa  478  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  63.22 
 
 		 333 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  63.53 
 
 		 333 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  62.35 
 
 		 339 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  66.16 
 
 		 339 aa  430  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  61.21 
 
 		 340 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  61.7 
 
 		 339 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  61.21 
 
 		 340 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  61.21 
 
 		 340 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  62.01 
 
 		 339 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  67.07 
 
 		 338 aa  411  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  61.21 
 
 		 334 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  62.87 
 
 		 338 aa  401  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  60.48 
 
 		 335 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4984  transketolase, central region  59.46 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.670882 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.44 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.44 
 
 		 344 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.44 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  61.44 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  61.44 
 
 		 344 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.44 
 
 		 344 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.44 
 
 		 344 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.44 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  61.13 
 
 		 344 aa  397  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  60.82 
 
 		 344 aa  395  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3759  transketolase central region  62.88 
 
 		 334 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0314  acetoin dehydrogenase, beta subunit  61.59 
 
 		 334 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5919  Transketolase central region  60.98 
 
 		 334 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1749  transketolase central region  61.82 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.374866  normal  0.0546828 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5139  acetoin/2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit  61.52 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0912103  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  61.21 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  61.21 
 
 		 334 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  61.21 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1601  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  60.06 
 
 		 337 aa  390  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  59.64 
 
 		 337 aa  387  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  59.52 
 
 		 344 aa  385  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1435  transketolase central region  60.91 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4044  transketolase central region  61.66 
 
 		 340 aa  381  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.378362  normal  0.0657441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  58.86 
 
 		 336 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  57.75 
 
 		 340 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  57.78 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  51.1 
 
 		 346 aa  348  8e-95  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  52.58 
 
 		 324 aa  347  2e-94  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  51.76 
 
 		 346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  48.35 
 
 		 327 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  48.35 
 
 		 327 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  50.61 
 
 		 320 aa  308  8e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.06 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  44.64 
 
 		 328 aa  297  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  45.67 
 
 		 325 aa  295  7e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  47.85 
 
 		 330 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  45.99 
 
 		 341 aa  291  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  47.55 
 
 		 350 aa  290  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  46.93 
 
 		 325 aa  290  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  47.08 
 
 		 327 aa  289  4e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3049  transketolase-like protein  46.04 
 
 		 330 aa  289  4e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  43.88 
 
 		 325 aa  288  7e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  45.97 
 
 		 347 aa  288  7e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  45.45 
 
 		 328 aa  288  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  43.54 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  46.53 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  41.87 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  45.21 
 
 		 324 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  45.12 
 
 		 326 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  45.29 
 
 		 348 aa  282  6.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1438  Transketolase central region  49.54 
 
 		 335 aa  282  6.000000000000001e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4030  Transketolase central region  46.59 
 
 		 342 aa  281  1e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  47.83 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  43.5 
 
 		 326 aa  281  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  48.78 
 
 		 339 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  43.2 
 
 		 325 aa  281  2e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  42.55 
 
 		 328 aa  280  3e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  46.29 
 
 		 330 aa  278  8e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  43.9 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2932  transketolase central region  45.4 
 
 		 337 aa  276  4e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.911971 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  43.94 
 
 		 325 aa  275  7e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3051  TPP-dependent acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.63 
 
 		 338 aa  275  8e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0710212  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1212  transketolase, central region  42.23 
 
 		 332 aa  275  8e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  44.48 
 
 		 330 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  43.6 
 
 		 330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  43.71 
 
 		 324 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  43.71 
 
 		 324 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  44.24 
 
 		 331 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  42.09 
 
 		 332 aa  272  7e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0840  transketolase, central region  45.6 
 
 		 327 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.272287 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1605  Transketolase central region  45.83 
 
 		 348 aa  270  2e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.11 
 
 		 324 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1750  transketolase central region  46.08 
 
 		 348 aa  270  4e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  44.35 
 
 		 332 aa  268  8e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.54 
 
 		 469 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  42.34 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1034  Transketolase central region  47.2 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0856  putative 2-oxo acid dehydrogenase beta subunit  44.73 
 
 		 324 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.389429  normal  0.709595 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  41.82 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  41.02 
 
 		 327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.24 
 
 		 459 aa  266  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.24 
 
 		 467 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  42.04 
 
 		 322 aa  266  4e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>