More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2404 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  100 
 
 		 339 aa  687    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  69.88 
 
 		 340 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  69.88 
 
 		 340 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  69.58 
 
 		 340 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  71.43 
 
 		 334 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  68.88 
 
 		 339 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  67.77 
 
 		 339 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3759  transketolase central region  72.21 
 
 		 334 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5139  acetoin/2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit  71.73 
 
 		 334 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0912103  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  71.43 
 
 		 334 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5919  Transketolase central region  70.78 
 
 		 334 aa  474  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0314  acetoin dehydrogenase, beta subunit  70.96 
 
 		 334 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  71.43 
 
 		 334 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1435  transketolase central region  71.73 
 
 		 334 aa  474  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  68.88 
 
 		 339 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1749  transketolase central region  71.73 
 
 		 334 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.374866  normal  0.0546828 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  71.43 
 
 		 334 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  67.47 
 
 		 333 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  67.47 
 
 		 333 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  69.82 
 
 		 341 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4984  transketolase, central region  67.67 
 
 		 335 aa  449  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.670882 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4044  transketolase central region  69.09 
 
 		 340 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.378362  normal  0.0657441 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  65.57 
 
 		 337 aa  444  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  66.27 
 
 		 338 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  65.86 
 
 		 340 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  66.57 
 
 		 342 aa  436  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  68.18 
 
 		 338 aa  430  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  66.16 
 
 		 336 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1601  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  64.55 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.42 
 
 		 344 aa  419  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.72 
 
 		 344 aa  420  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  61.42 
 
 		 344 aa  419  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  61.72 
 
 		 344 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.42 
 
 		 344 aa  419  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.72 
 
 		 344 aa  420  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.72 
 
 		 344 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  61.13 
 
 		 344 aa  419  1e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.13 
 
 		 344 aa  418  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  60.83 
 
 		 344 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  62.69 
 
 		 344 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  62.16 
 
 		 335 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  59.76 
 
 		 336 aa  381  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  54.6 
 
 		 346 aa  374  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  57.4 
 
 		 337 aa  366  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  56.76 
 
 		 324 aa  364  1e-99  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  51.37 
 
 		 327 aa  318  6e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  51.37 
 
 		 327 aa  318  6e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  52.12 
 
 		 320 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  47.21 
 
 		 341 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3049  transketolase-like protein  47.34 
 
 		 330 aa  301  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  49.24 
 
 		 328 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  49.86 
 
 		 346 aa  295  7e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  48.18 
 
 		 328 aa  294  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  47.93 
 
 		 348 aa  293  3e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  46.97 
 
 		 327 aa  292  5e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  49.09 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  49.09 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.79 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  48.78 
 
 		 330 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1034  Transketolase central region  49.54 
 
 		 332 aa  287  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  47.88 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1750  transketolase central region  48.1 
 
 		 348 aa  286  4e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  46.51 
 
 		 350 aa  286  4e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  45.92 
 
 		 325 aa  286  5e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  49.25 
 
 		 339 aa  285  8e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  46.08 
 
 		 328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  48.94 
 
 		 320 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  46.34 
 
 		 324 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5071  Transketolase central region  49.55 
 
 		 325 aa  283  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.067721  normal  0.167078 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  45.45 
 
 		 347 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  45.45 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  45.15 
 
 		 328 aa  281  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  45.76 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  44.71 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1438  Transketolase central region  50.15 
 
 		 335 aa  278  7e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  48.18 
 
 		 328 aa  277  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  42.77 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3051  TPP-dependent acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.25 
 
 		 338 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0710212  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  43.5 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  45.54 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1212  transketolase, central region  45.05 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  44.71 
 
 		 325 aa  276  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  45.26 
 
 		 325 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  42.77 
 
 		 327 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1605  Transketolase central region  47.37 
 
 		 348 aa  275  7e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  46.53 
 
 		 328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2932  transketolase central region  44.81 
 
 		 337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.911971 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3081  dehydrogenase, E1 component  46.85 
 
 		 675 aa  273  3e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0845423  normal  0.132557 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  44.11 
 
 		 327 aa  272  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  43.81 
 
 		 325 aa  272  6e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2655  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.94 
 
 		 320 aa  268  7e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  42.6 
 
 		 327 aa  268  8e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  45.54 
 
 		 324 aa  267  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  43.45 
 
 		 332 aa  268  1e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  45.48 
 
 		 336 aa  267  2e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  47.43 
 
 		 320 aa  267  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  48.63 
 
 		 340 aa  267  2e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  46.11 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  47.43 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  44.51 
 
 		 342 aa  266  2.9999999999999995e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>