More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2269 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  100 
 
 		 336 aa  679    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  71.94 
 
 		 337 aa  480  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  57.62 
 
 		 339 aa  384  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  59.76 
 
 		 339 aa  386  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  56.93 
 
 		 340 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  59.52 
 
 		 342 aa  382  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  56.93 
 
 		 340 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  56.63 
 
 		 340 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  58.86 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  59.15 
 
 		 334 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  56.97 
 
 		 339 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  56.27 
 
 		 333 aa  375  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  56.27 
 
 		 333 aa  375  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  56.06 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  57.27 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4984  transketolase, central region  58.31 
 
 		 335 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.670882 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3759  transketolase central region  59.76 
 
 		 334 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1749  transketolase central region  59.45 
 
 		 334 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.374866  normal  0.0546828 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5139  acetoin/2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit  58.54 
 
 		 334 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0912103  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5919  Transketolase central region  57.4 
 
 		 334 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  58.54 
 
 		 334 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0314  acetoin dehydrogenase, beta subunit  57.62 
 
 		 334 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1435  transketolase central region  58.23 
 
 		 334 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464869 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  58.23 
 
 		 334 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  58.23 
 
 		 334 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  56.46 
 
 		 335 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  56.93 
 
 		 338 aa  351  1e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  55.56 
 
 		 338 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  55.42 
 
 		 344 aa  348  6e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1601  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  54.24 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  54.35 
 
 		 337 aa  347  2e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  53.94 
 
 		 340 aa  342  5e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  51.85 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.85 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.85 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.54 
 
 		 344 aa  338  9e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.54 
 
 		 344 aa  338  9e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.54 
 
 		 344 aa  337  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  51.54 
 
 		 344 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.54 
 
 		 344 aa  337  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  51.54 
 
 		 344 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  51.54 
 
 		 344 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4044  transketolase central region  54.38 
 
 		 340 aa  335  7e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.378362  normal  0.0657441 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  48.46 
 
 		 346 aa  322  5e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  47.75 
 
 		 324 aa  309  5e-83  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  45.88 
 
 		 347 aa  296  4e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.57 
 
 		 328 aa  286  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  43.75 
 
 		 327 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  46.49 
 
 		 346 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  43.67 
 
 		 327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  44.78 
 
 		 324 aa  281  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  44.78 
 
 		 324 aa  281  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  46.71 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  46.71 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  43.07 
 
 		 341 aa  280  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  45.76 
 
 		 330 aa  280  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1750  transketolase central region  45.45 
 
 		 348 aa  280  3e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  44.18 
 
 		 324 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  44.14 
 
 		 324 aa  278  8e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5071  Transketolase central region  47.76 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.067721  normal  0.167078 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  45.21 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  46.08 
 
 		 327 aa  276  4e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  47.4 
 
 		 320 aa  276  5e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  44.91 
 
 		 328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  46.53 
 
 		 327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  44.85 
 
 		 348 aa  274  2.0000000000000002e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  43.88 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  45.76 
 
 		 325 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1034  Transketolase central region  46.69 
 
 		 332 aa  272  6e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  43.28 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  44.24 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  42.34 
 
 		 325 aa  269  4e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4233  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4066  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0625977  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3904  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.522905  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3913  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0083543  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4181  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000134341 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4291  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000939544  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4383  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  43.84 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0906911  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0963  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  44.14 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.897177  normal  0.0354317 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  45.21 
 
 		 328 aa  268  8e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4002  transketolase central region  43.84 
 
 		 327 aa  268  1e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.020695  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4271  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.84 
 
 		 327 aa  268  1e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2855  transketolase central region  43.98 
 
 		 327 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.365672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  45.37 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  43.75 
 
 		 331 aa  267  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  44.71 
 
 		 350 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1047  transketolase, central region  46.29 
 
 		 327 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0574878  normal  0.0597249 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  45.1 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  44.82 
 
 		 330 aa  263  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2932  transketolase central region  41.69 
 
 		 337 aa  263  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.911971 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  44.91 
 
 		 322 aa  262  6e-69  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1438  Transketolase central region  47.71 
 
 		 335 aa  261  1e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  43.41 
 
 		 325 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  43.2 
 
 		 342 aa  261  1e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  44.88 
 
 		 339 aa  260  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  43.54 
 
 		 327 aa  259  4e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  40.54 
 
 		 325 aa  259  4e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  41.62 
 
 		 325 aa  258  9e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3051  TPP-dependent acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  42.3 
 
 		 338 aa  258  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0710212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>