More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1267 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  100 
 
 
328 aa  676    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  82.01 
 
 
328 aa  564  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  82.32 
 
 
328 aa  566  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  75 
 
 
328 aa  531  1e-150  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  74.7 
 
 
328 aa  529  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  58.75 
 
 
324 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  56.48 
 
 
332 aa  390  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  56.06 
 
 
337 aa  373  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.8 
 
 
467 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.11 
 
 
469 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  55.52 
 
 
331 aa  369  1e-101  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.49 
 
 
459 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.04 
 
 
465 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.25 
 
 
460 aa  365  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  56 
 
 
356 aa  359  3e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.42 
 
 
449 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  54.66 
 
 
343 aa  355  5.999999999999999e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  55.08 
 
 
327 aa  352  5.9999999999999994e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  54.94 
 
 
331 aa  350  1e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  54.18 
 
 
469 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.87 
 
 
474 aa  348  5e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  51.38 
 
 
326 aa  347  2e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.61 
 
 
456 aa  346  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.31 
 
 
465 aa  345  6e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.98 
 
 
467 aa  344  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  54.49 
 
 
456 aa  344  1e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  50.62 
 
 
325 aa  342  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.73 
 
 
458 aa  342  5.999999999999999e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.7 
 
 
465 aa  341  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  50 
 
 
325 aa  340  2e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  51.83 
 
 
327 aa  339  2.9999999999999998e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  51.83 
 
 
327 aa  339  2.9999999999999998e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.63 
 
 
480 aa  339  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  52.34 
 
 
330 aa  339  5e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.41 
 
 
468 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.35 
 
 
497 aa  338  9e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.08 
 
 
448 aa  338  9e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.01 
 
 
482 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.77 
 
 
461 aa  336  3.9999999999999995e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  50.76 
 
 
332 aa  335  5.999999999999999e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.7 
 
 
469 aa  335  7e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.08 
 
 
483 aa  333  2e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  50.93 
 
 
324 aa  332  4e-90  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.45 
 
 
332 aa  332  5e-90  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.64 
 
 
332 aa  332  8e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  50.15 
 
 
322 aa  331  1e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.64 
 
 
332 aa  330  2e-89  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  50.15 
 
 
322 aa  330  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  50.15 
 
 
327 aa  328  5.0000000000000004e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  47.71 
 
 
326 aa  328  6e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.31 
 
 
454 aa  328  6e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.85 
 
 
465 aa  328  9e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.08 
 
 
451 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  51.08 
 
 
326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  47.22 
 
 
325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  50.76 
 
 
326 aa  326  3e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  48.15 
 
 
325 aa  326  4.0000000000000003e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.16 
 
 
480 aa  325  5e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.85 
 
 
463 aa  325  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  51.08 
 
 
327 aa  325  6e-88  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.72 
 
 
458 aa  325  7e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  48.15 
 
 
327 aa  325  9e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  50.15 
 
 
327 aa  323  3e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  52.81 
 
 
320 aa  321  9.000000000000001e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.69 
 
 
448 aa  321  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  48.26 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  49.54 
 
 
328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.1 
 
 
466 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.54 
 
 
461 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.32 
 
 
454 aa  318  6e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  49.85 
 
 
327 aa  318  7e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1489  Transketolase central region  49.54 
 
 
330 aa  318  7.999999999999999e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1812  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit, putative  49.54 
 
 
330 aa  318  7.999999999999999e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0733461  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.84 
 
 
466 aa  318  7.999999999999999e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.92 
 
 
463 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.92 
 
 
463 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.99 
 
 
464 aa  317  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5078  transketolase, central region  48.62 
 
 
327 aa  317  2e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  50 
 
 
325 aa  317  3e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  49.54 
 
 
327 aa  316  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.84 
 
 
456 aa  316  3e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  47.53 
 
 
327 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  48 
 
 
324 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  49.22 
 
 
328 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  49.54 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  49.54 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.99 
 
 
464 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3069  pyruvate dehydrogenase, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  49.23 
 
 
326 aa  311  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.829686  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2675  Transketolase central region  49.23 
 
 
326 aa  311  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.15 
 
 
332 aa  311  1e-83  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2110  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  47.24 
 
 
326 aa  309  4e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.140374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  50.31 
 
 
324 aa  309  5e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3038  transketolase central region  49.84 
 
 
325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  48.92 
 
 
330 aa  307  2.0000000000000002e-82  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1280  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.65 
 
 
327 aa  306  3e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.38 
 
 
466 aa  306  3e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  47.83 
 
 
325 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  47.83 
 
 
325 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  47.83 
 
 
325 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16211  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  48.26 
 
 
327 aa  305  6e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.220601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>