More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4984 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4984  transketolase, central region  100 
 
 		 335 aa  684    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.670882 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  79.88 
 
 		 340 aa  522  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1601  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  76.12 
 
 		 337 aa  522  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  77.31 
 
 		 338 aa  518  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4044  transketolase central region  73.51 
 
 		 340 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.378362  normal  0.0657441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  70.06 
 
 		 340 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  70.06 
 
 		 340 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  69.76 
 
 		 340 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  69.55 
 
 		 339 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  71.99 
 
 		 334 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  68.96 
 
 		 339 aa  484  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5139  acetoin/2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit  73.19 
 
 		 334 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0912103  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5919  Transketolase central region  72.51 
 
 		 334 aa  478  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0314  acetoin dehydrogenase, beta subunit  72.81 
 
 		 334 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  69.25 
 
 		 339 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1749  transketolase central region  72.29 
 
 		 334 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.374866  normal  0.0546828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3759  transketolase central region  70.78 
 
 		 334 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1435  transketolase central region  72.29 
 
 		 334 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  72.29 
 
 		 334 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  71.99 
 
 		 334 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  71.99 
 
 		 334 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  67.67 
 
 		 339 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  68.1 
 
 		 341 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  63.94 
 
 		 333 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  63.36 
 
 		 333 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  67.99 
 
 		 338 aa  434  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  63.86 
 
 		 342 aa  425  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  59.46 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  58.46 
 
 		 337 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  60.78 
 
 		 344 aa  397  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  61.52 
 
 		 335 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  59.52 
 
 		 344 aa  391  1e-107  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  59.52 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  59.52 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  59.52 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  59.52 
 
 		 344 aa  391  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  59.23 
 
 		 344 aa  389  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  59.52 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  59.52 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  58.93 
 
 		 344 aa  388  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  58.63 
 
 		 344 aa  387  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  58.31 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  56.72 
 
 		 337 aa  357  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  53.07 
 
 		 346 aa  355  7.999999999999999e-97  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  51.81 
 
 		 324 aa  338  7e-92  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  322  7e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  322  7e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  49.42 
 
 		 346 aa  317  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  46.08 
 
 		 324 aa  302  5.000000000000001e-81  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  45.95 
 
 		 350 aa  296  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  46.32 
 
 		 327 aa  291  8e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  46.53 
 
 		 330 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  45.32 
 
 		 328 aa  290  3e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  47.71 
 
 		 320 aa  288  6e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  46.46 
 
 		 325 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  48.95 
 
 		 330 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  42.47 
 
 		 325 aa  286  4e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  42.57 
 
 		 341 aa  286  5e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  42.64 
 
 		 328 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  44.74 
 
 		 328 aa  282  7.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  45.95 
 
 		 339 aa  281  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  42.47 
 
 		 325 aa  281  2e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  42.11 
 
 		 347 aa  279  4e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  44.01 
 
 		 326 aa  279  4e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  46.3 
 
 		 324 aa  279  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1212  transketolase, central region  41.76 
 
 		 332 aa  279  5e-74  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  42.17 
 
 		 325 aa  279  5e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  46.79 
 
 		 325 aa  279  5e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1605  Transketolase central region  46.75 
 
 		 348 aa  279  5e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2932  transketolase central region  44.91 
 
 		 337 aa  278  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.911971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  42.17 
 
 		 327 aa  278  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  44.11 
 
 		 322 aa  278  9e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  45.29 
 
 		 320 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  43.5 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  44.44 
 
 		 791 aa  277  2e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  43.77 
 
 		 327 aa  277  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  42.17 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4030  Transketolase central region  45.86 
 
 		 342 aa  276  5e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  42.17 
 
 		 332 aa  275  6e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  43.2 
 
 		 328 aa  275  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  46.55 
 
 		 322 aa  275  6e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0856  putative 2-oxo acid dehydrogenase beta subunit  46.67 
 
 		 324 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.389429  normal  0.709595 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  44.51 
 
 		 330 aa  275  9e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  42.17 
 
 		 326 aa  275  9e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3051  TPP-dependent acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  43.15 
 
 		 338 aa  274  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0710212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.34 
 
 		 467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.9 
 
 		 448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  42.15 
 
 		 348 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.9 
 
 		 461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  41.27 
 
 		 325 aa  273  2.0000000000000002e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  44.88 
 
 		 337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  43.2 
 
 		 322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.43 
 
 		 465 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  46.69 
 
 		 320 aa  272  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  44.71 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  45.76 
 
 		 332 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  42.77 
 
 		 325 aa  271  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  44.62 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3049  transketolase-like protein  45.85 
 
 		 330 aa  271  1e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.81 
 
 		 456 aa  270  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>