More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3509 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  100 
 
 		 326 aa  665    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  77.91 
 
 		 326 aa  543  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  76.69 
 
 		 326 aa  535  1e-151  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  74.54 
 
 		 325 aa  521  1e-147  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  76 
 
 		 328 aa  521  1e-147  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  68.92 
 
 		 327 aa  481  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  71.47 
 
 		 325 aa  480  1e-134  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  70.25 
 
 		 325 aa  476  1e-133  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  69.94 
 
 		 325 aa  472  1e-132  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.16 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.16 
 
 		 463 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.16 
 
 		 463 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.16 
 
 		 464 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.02 
 
 		 480 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.26 
 
 		 468 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.5 
 
 		 497 aa  408  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.55 
 
 		 482 aa  408  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.55 
 
 		 461 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  59.82 
 
 		 327 aa  405  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.94 
 
 		 483 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.24 
 
 		 469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.63 
 
 		 464 aa  404  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  58.41 
 
 		 465 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  58.28 
 
 		 465 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.2 
 
 		 456 aa  402  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  60.12 
 
 		 327 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.67 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.94 
 
 		 467 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.24 
 
 		 451 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.02 
 
 		 460 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.55 
 
 		 456 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.01 
 
 		 459 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.67 
 
 		 448 aa  397  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.49 
 
 		 469 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  58.33 
 
 		 449 aa  395  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.63 
 
 		 480 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.49 
 
 		 454 aa  390  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.63 
 
 		 458 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.63 
 
 		 456 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  58.07 
 
 		 467 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.19 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.96 
 
 		 465 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.27 
 
 		 474 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  58.88 
 
 		 466 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  59.33 
 
 		 461 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.78 
 
 		 466 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.11 
 
 		 448 aa  374  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.32 
 
 		 456 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.27 
 
 		 454 aa  371  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.66 
 
 		 465 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.64 
 
 		 332 aa  372  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.78 
 
 		 332 aa  371  1e-101  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  53.54 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.52 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.88 
 
 		 469 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  53.61 
 
 		 324 aa  360  2e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.27 
 
 		 466 aa  359  3e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  51.4 
 
 		 328 aa  356  2.9999999999999997e-97  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  52.78 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  57.94 
 
 		 461 aa  349  3e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  52.31 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  51.98 
 
 		 389 aa  348  7e-95  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  51.85 
 
 		 332 aa  343  2e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  52.34 
 
 		 327 aa  338  7e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  52.34 
 
 		 327 aa  338  7e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  49.24 
 
 		 360 aa  337  1.9999999999999998e-91  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  50.91 
 
 		 394 aa  336  2.9999999999999997e-91  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  49.85 
 
 		 328 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  51.48 
 
 		 375 aa  331  1e-89  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  50.15 
 
 		 331 aa  330  2e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  49.85 
 
 		 328 aa  325  7e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  47.5 
 
 		 330 aa  322  8e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  49.54 
 
 		 328 aa  320  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  49.85 
 
 		 328 aa  320  3e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  51.08 
 
 		 328 aa  316  3e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  47.22 
 
 		 322 aa  315  8e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  50.31 
 
 		 324 aa  315  9e-85  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  47.88 
 
 		 337 aa  315  9e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  46.3 
 
 		 322 aa  312  5.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50 
 
 		 331 aa  309  2.9999999999999997e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  47.52 
 
 		 343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  46.91 
 
 		 327 aa  307  2.0000000000000002e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  45.79 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  45.79 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  45.79 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  46.3 
 
 		 327 aa  305  7e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  45.09 
 
 		 327 aa  305  8.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  47.84 
 
 		 326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  45.06 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  45.68 
 
 		 327 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  45.68 
 
 		 327 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  47.71 
 
 		 356 aa  299  4e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5078  transketolase, central region  43.83 
 
 		 327 aa  298  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  46.15 
 
 		 327 aa  295  6e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  48.62 
 
 		 332 aa  293  3e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  43.73 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  47.63 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1409  transketolase, central region  47.37 
 
 		 325 aa  290  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  44.44 
 
 		 330 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>