More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3140 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.03 
 
 
460 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.88 
 
 
464 aa  634    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.53 
 
 
465 aa  654    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  100 
 
 
467 aa  949    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.8 
 
 
463 aa  638    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.8 
 
 
463 aa  639    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.53 
 
 
480 aa  641    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.45 
 
 
467 aa  646    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.31 
 
 
463 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.09 
 
 
465 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.78 
 
 
497 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.31 
 
 
469 aa  640    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.98 
 
 
482 aa  643    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.88 
 
 
461 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.68 
 
 
459 aa  637    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.08 
 
 
483 aa  645    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.67 
 
 
461 aa  632  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.88 
 
 
474 aa  633  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.59 
 
 
469 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.23 
 
 
480 aa  627  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.74 
 
 
465 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.02 
 
 
456 aa  627  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.66 
 
 
466 aa  624  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.74 
 
 
454 aa  626  1e-178  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.67 
 
 
451 aa  624  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.96 
 
 
456 aa  619  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.32 
 
 
465 aa  620  1e-176  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.24 
 
 
456 aa  620  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.88 
 
 
469 aa  616  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.67 
 
 
464 aa  616  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.67 
 
 
461 aa  616  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.52 
 
 
466 aa  611  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.1 
 
 
458 aa  610  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.99 
 
 
448 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.17 
 
 
466 aa  588  1e-167  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.52 
 
 
456 aa  590  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.79 
 
 
468 aa  587  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.1 
 
 
458 aa  583  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.01 
 
 
454 aa  577  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.39 
 
 
461 aa  565  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.2 
 
 
449 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.87 
 
 
448 aa  539  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.77 
 
 
332 aa  464  1e-129  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.14 
 
 
332 aa  458  1e-127  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.85 
 
 
332 aa  451  1e-125  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  63.69 
 
 
327 aa  442  1e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.61 
 
 
332 aa  425  1e-118  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  61.04 
 
 
389 aa  418  1e-116  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  61.56 
 
 
328 aa  411  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  58.75 
 
 
325 aa  410  1e-113  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  59.01 
 
 
324 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  59.2 
 
 
360 aa  405  1e-111  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  58.31 
 
 
327 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  60 
 
 
394 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  59.06 
 
 
326 aa  400  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  57.94 
 
 
326 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  60.57 
 
 
375 aa  396  1e-109  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  60.56 
 
 
327 aa  397  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  56.25 
 
 
326 aa  392  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  58.93 
 
 
327 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  55.56 
 
 
325 aa  379  1e-104  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  55.25 
 
 
325 aa  372  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  55.94 
 
 
325 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  53.29 
 
 
332 aa  364  1e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  53.37 
 
 
328 aa  356  5e-97  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  53.44 
 
 
332 aa  355  6.999999999999999e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  52.05 
 
 
328 aa  349  7e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  51.74 
 
 
328 aa  348  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  50.93 
 
 
330 aa  347  2e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  53 
 
 
331 aa  345  1e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  53.75 
 
 
343 aa  343  2.9999999999999997e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  52.48 
 
 
337 aa  339  5e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  52.98 
 
 
328 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  50.78 
 
 
328 aa  335  7.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  52.06 
 
 
328 aa  334  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  53.68 
 
 
331 aa  332  8e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  50.76 
 
 
356 aa  320  3e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  50.32 
 
 
325 aa  320  3.9999999999999996e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  47.95 
 
 
322 aa  316  4e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  50.16 
 
 
327 aa  315  9e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  50.16 
 
 
327 aa  315  9e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  47.63 
 
 
322 aa  315  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  46.25 
 
 
325 aa  313  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  46.25 
 
 
325 aa  313  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  46.25 
 
 
325 aa  313  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  45.89 
 
 
324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  46.39 
 
 
327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  46.82 
 
 
327 aa  310  5e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  47.77 
 
 
326 aa  308  1.0000000000000001e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16211  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  46.08 
 
 
327 aa  308  2.0000000000000002e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.220601 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  48.75 
 
 
324 aa  307  3e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1190  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.15 
 
 
327 aa  307  3e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.407117  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1280  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.45 
 
 
327 aa  306  4.0000000000000004e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0281  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  46.2 
 
 
329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09511  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  46.2 
 
 
329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.789221  normal  0.154301 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  46.18 
 
 
327 aa  303  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  46.18 
 
 
327 aa  303  6.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  45.54 
 
 
327 aa  303  6.000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09301  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  46.82 
 
 
327 aa  303  6.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  43.93 
 
 
327 aa  301  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>