More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3966 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  100 
 
 		 346 aa  706    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  65.37 
 
 		 348 aa  455  1e-127  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  61.86 
 
 		 347 aa  442  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  61.79 
 
 		 341 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1750  transketolase central region  61.98 
 
 		 348 aa  430  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  64.86 
 
 		 339 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  59.64 
 
 		 350 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1605  Transketolase central region  61.63 
 
 		 348 aa  410  1e-113  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3051  TPP-dependent acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  54.57 
 
 		 338 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0710212  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4030  Transketolase central region  61.63 
 
 		 342 aa  407  1.0000000000000001e-112  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2932  transketolase central region  55.72 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.911971 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  55.72 
 
 		 324 aa  372  1e-102  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1212  transketolase, central region  55.8 
 
 		 332 aa  371  1e-102  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  50.44 
 
 		 333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  50.15 
 
 		 333 aa  335  5e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  48.13 
 
 		 339 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  51.76 
 
 		 336 aa  323  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  50.88 
 
 		 334 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1601  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.01 
 
 		 337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  48.26 
 
 		 340 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  48.26 
 
 		 340 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  48.7 
 
 		 339 aa  319  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  48.26 
 
 		 340 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  49.28 
 
 		 342 aa  318  7.999999999999999e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4984  transketolase, central region  49.42 
 
 		 335 aa  318  7.999999999999999e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.670882 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  52.19 
 
 		 338 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  47.84 
 
 		 339 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2771  Transketolase central region  50.6 
 
 		 339 aa  313  2.9999999999999996e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.031926 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  50.15 
 
 		 338 aa  311  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  47.76 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  47.76 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  47.55 
 
 		 341 aa  310  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3759  transketolase central region  51.76 
 
 		 334 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  48.27 
 
 		 340 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  49.27 
 
 		 344 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  47.11 
 
 		 344 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  47.11 
 
 		 344 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  47.11 
 
 		 344 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  47.11 
 
 		 344 aa  301  8.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1749  transketolase central region  50.59 
 
 		 334 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.374866  normal  0.0546828 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  46.82 
 
 		 344 aa  300  2e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  46.82 
 
 		 344 aa  300  2e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  46.82 
 
 		 344 aa  300  2e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  50 
 
 		 339 aa  300  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  49.7 
 
 		 332 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  46.82 
 
 		 344 aa  300  4e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  46.82 
 
 		 344 aa  299  4e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  46.82 
 
 		 344 aa  299  5e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  47.62 
 
 		 337 aa  298  6e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  47.16 
 
 		 327 aa  298  9e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  50 
 
 		 334 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5139  acetoin/2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit  49.71 
 
 		 334 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0912103  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0314  acetoin dehydrogenase, beta subunit  48.97 
 
 		 334 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5919  Transketolase central region  48.97 
 
 		 334 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1435  transketolase central region  49.71 
 
 		 334 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464869 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  47.42 
 
 		 330 aa  296  4e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  50 
 
 		 334 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  50 
 
 		 334 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  45.51 
 
 		 331 aa  295  7e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  48.94 
 
 		 320 aa  295  1e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  47.15 
 
 		 328 aa  292  6e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  44.11 
 
 		 324 aa  292  6e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  46.87 
 
 		 325 aa  291  8e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  46.15 
 
 		 332 aa  290  3e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  45.95 
 
 		 337 aa  288  7e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  44.94 
 
 		 328 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  48.66 
 
 		 330 aa  286  5e-76  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4044  transketolase central region  47.41 
 
 		 340 aa  285  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.378362  normal  0.0657441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  43.84 
 
 		 332 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  46.49 
 
 		 336 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3081  dehydrogenase, E1 component  46.08 
 
 		 675 aa  281  9e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0845423  normal  0.132557 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.48 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  45.05 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2229  transketolase, central region  47.9 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  46.71 
 
 		 324 aa  281  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  45.95 
 
 		 327 aa  280  3e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  42.56 
 
 		 326 aa  279  6e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.2 
 
 		 469 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  44.31 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3049  transketolase-like protein  44.25 
 
 		 330 aa  278  1e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  44.61 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  43.55 
 
 		 346 aa  276  3e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.73 
 
 		 467 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  43.81 
 
 		 322 aa  275  9e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  43.07 
 
 		 328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  43.07 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  43.5 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  42.69 
 
 		 791 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.55 
 
 		 459 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  46.38 
 
 		 337 aa  273  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.43 
 
 		 465 aa  272  6e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  43.24 
 
 		 325 aa  271  8.000000000000001e-72  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  43.07 
 
 		 326 aa  272  8.000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  44.38 
 
 		 330 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.98 
 
 		 465 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.24 
 
 		 332 aa  271  2e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  43.62 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  45.03 
 
 		 335 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.31 
 
 		 449 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.38 
 
 		 448 aa  271  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>