More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0599 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  99.41 
 
 		 340 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  99.12 
 
 		 340 aa  694    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  100 
 
 		 340 aa  700    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  89.68 
 
 		 339 aa  640    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  90.27 
 
 		 339 aa  639    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  89.68 
 
 		 339 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  75.83 
 
 		 334 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5139  acetoin/2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit  77.95 
 
 		 334 aa  530  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0912103  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5919  Transketolase central region  77.11 
 
 		 334 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0314  acetoin dehydrogenase, beta subunit  77.71 
 
 		 334 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  77.95 
 
 		 334 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  77.95 
 
 		 334 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  77.95 
 
 		 334 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3759  transketolase central region  76.13 
 
 		 334 aa  524  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1435  transketolase central region  77.34 
 
 		 334 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464869 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1749  transketolase central region  76.74 
 
 		 334 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.374866  normal  0.0546828 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  71.22 
 
 		 338 aa  481  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  67.87 
 
 		 333 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  67.57 
 
 		 333 aa  483  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  69.58 
 
 		 339 aa  480  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  69.37 
 
 		 340 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4984  transketolase, central region  69.76 
 
 		 335 aa  470  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.670882 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  69.88 
 
 		 341 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4044  transketolase central region  68.82 
 
 		 340 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.378362  normal  0.0657441 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1601  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  67.66 
 
 		 337 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  68.37 
 
 		 342 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  68.36 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  62.2 
 
 		 344 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.9 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.61 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.9 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  61.9 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  62.2 
 
 		 344 aa  414  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  62.2 
 
 		 344 aa  414  1e-114  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.9 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  61.9 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  61.9 
 
 		 344 aa  411  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  61.21 
 
 		 336 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  59.64 
 
 		 337 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  62.57 
 
 		 344 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  60 
 
 		 335 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  56.63 
 
 		 336 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  52.06 
 
 		 346 aa  359  3e-98  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  54.82 
 
 		 337 aa  352  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  51.81 
 
 		 324 aa  347  1e-94  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  50.75 
 
 		 327 aa  326  3e-88  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  50.75 
 
 		 327 aa  326  3e-88  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  44.58 
 
 		 325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  48.33 
 
 		 327 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  47.72 
 
 		 320 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  48.26 
 
 		 346 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  44.58 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  43.98 
 
 		 325 aa  302  6.000000000000001e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  48.8 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  46.36 
 
 		 324 aa  299  4e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  47.48 
 
 		 332 aa  295  7e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  44.58 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  46.53 
 
 		 350 aa  294  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  45.37 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  44.74 
 
 		 348 aa  290  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  44.81 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  46.41 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  45.07 
 
 		 328 aa  290  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  45.78 
 
 		 328 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  44.74 
 
 		 347 aa  288  7e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  46.25 
 
 		 339 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  43.2 
 
 		 327 aa  288  1e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  42.77 
 
 		 325 aa  287  2e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  45.43 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  46.18 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  46.18 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  43.07 
 
 		 326 aa  286  4e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.87 
 
 		 324 aa  285  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  42.99 
 
 		 330 aa  285  8e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.55 
 
 		 454 aa  285  8e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  46.48 
 
 		 324 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  44.28 
 
 		 330 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  40.66 
 
 		 326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  44.55 
 
 		 332 aa  283  3.0000000000000004e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  42.94 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1605  Transketolase central region  47.34 
 
 		 348 aa  282  6.000000000000001e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  47.31 
 
 		 330 aa  281  1e-74  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  42.9 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4030  Transketolase central region  46.47 
 
 		 342 aa  281  1e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  43.9 
 
 		 328 aa  281  1e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  42.99 
 
 		 331 aa  281  1e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  43.98 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  42.9 
 
 		 327 aa  280  3e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  45.18 
 
 		 336 aa  280  3e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.07 
 
 		 459 aa  279  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4402  Transketolase central region  45.32 
 
 		 320 aa  280  4e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.71 
 
 		 461 aa  279  5e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1212  transketolase, central region  42.94 
 
 		 332 aa  279  5e-74  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  43.28 
 
 		 332 aa  279  5e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  45.85 
 
 		 324 aa  279  6e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  43.88 
 
 		 325 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.07 
 
 		 465 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  44.04 
 
 		 320 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.94 
 
 		 448 aa  278  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  46.69 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>