More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0476 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  100 
 
 		 320 aa  642    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  96.88 
 
 		 320 aa  627  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  77.81 
 
 		 320 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2899  transketolase, central region  78.12 
 
 		 320 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2655  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  77.19 
 
 		 320 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  59.75 
 
 		 342 aa  402  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  59.13 
 
 		 327 aa  397  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  57.45 
 
 		 336 aa  389  1e-107  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  59.13 
 
 		 346 aa  386  1e-106  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  57.85 
 
 		 324 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  57.85 
 
 		 324 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  57.85 
 
 		 324 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  55.69 
 
 		 325 aa  382  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  58.15 
 
 		 324 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  59.26 
 
 		 326 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  56.92 
 
 		 326 aa  372  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  56.13 
 
 		 326 aa  372  1e-102  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  54.06 
 
 		 320 aa  368  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  58.02 
 
 		 326 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  53.4 
 
 		 324 aa  365  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  53.09 
 
 		 324 aa  364  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  51.38 
 
 		 326 aa  362  4e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  55.9 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  55.42 
 
 		 334 aa  358  8e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  56.83 
 
 		 326 aa  357  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  54.6 
 
 		 326 aa  356  2.9999999999999997e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  55.25 
 
 		 325 aa  355  6.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  52 
 
 		 326 aa  355  7.999999999999999e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  53.87 
 
 		 335 aa  354  1e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  55.11 
 
 		 332 aa  353  1e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  56.97 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  54.94 
 
 		 325 aa  353  2e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  53.56 
 
 		 328 aa  353  2.9999999999999997e-96  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  51.69 
 
 		 326 aa  353  2.9999999999999997e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  56.04 
 
 		 333 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  56.35 
 
 		 333 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  52.06 
 
 		 325 aa  347  2e-94  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  56.29 
 
 		 326 aa  347  2e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2852  Transketolase central region  53.25 
 
 		 331 aa  346  3e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  55.87 
 
 		 326 aa  345  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  55.35 
 
 		 322 aa  343  2e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  50.46 
 
 		 325 aa  342  4e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  49.54 
 
 		 325 aa  342  4e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  50.46 
 
 		 325 aa  342  5e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.5 
 
 		 341 aa  342  5e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  51.63 
 
 		 337 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  48.92 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  52.71 
 
 		 332 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  48.62 
 
 		 325 aa  338  5.9999999999999996e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  55.9 
 
 		 330 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.62 
 
 		 325 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  48.62 
 
 		 325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0238  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  56.79 
 
 		 326 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26153  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  48.62 
 
 		 325 aa  336  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  48.62 
 
 		 325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  51.51 
 
 		 332 aa  334  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1798  putative pyruvate decarboxylase E1 (Beta subunit) oxidoreductase protein  57.41 
 
 		 326 aa  334  1e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.044195 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  50.61 
 
 		 328 aa  327  1.0000000000000001e-88  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3747  Transketolase central region  53.53 
 
 		 355 aa  327  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  50.45 
 
 		 337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  50.15 
 
 		 337 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  50.75 
 
 		 351 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  50.15 
 
 		 337 aa  326  3e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  53.31 
 
 		 702 aa  326  3e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1562  transketolase, central region  54.8 
 
 		 334 aa  325  8.000000000000001e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.386983  normal  0.558748 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001584  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta subunit  50.62 
 
 		 327 aa  325  8.000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.34 
 
 		 337 aa  324  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  48.93 
 
 		 327 aa  323  2e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  53.25 
 
 		 323 aa  322  4e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05554  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit  50.31 
 
 		 327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  49.4 
 
 		 343 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4398  Transketolase central region  51.92 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  49.24 
 
 		 327 aa  315  5e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  48.96 
 
 		 338 aa  315  6e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  52.45 
 
 		 324 aa  315  8e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.96 
 
 		 337 aa  315  8e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2479  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  50.3 
 
 		 328 aa  314  9.999999999999999e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  47.77 
 
 		 350 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  47.77 
 
 		 350 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  48.2 
 
 		 345 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.77 
 
 		 337 aa  312  4.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  51.53 
 
 		 324 aa  312  5.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  311  9e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  48.93 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  48.47 
 
 		 325 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  47.55 
 
 		 325 aa  309  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1871  transketolase central region  47.48 
 
 		 337 aa  308  6.999999999999999e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  48.16 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  48.16 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  48.16 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  50.16 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.43 
 
 		 352 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  47.55 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2234  Transketolase central region  49.84 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0388155  hitchhiker  0.0000275487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>