More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3108 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  100 
 
 		 326 aa  650    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  84.05 
 
 		 326 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  72.31 
 
 		 326 aa  482  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  72.19 
 
 		 326 aa  465  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  69.57 
 
 		 325 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  64.72 
 
 		 326 aa  447  1.0000000000000001e-124  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  64.72 
 
 		 326 aa  445  1.0000000000000001e-124  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  67.3 
 
 		 324 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  66.98 
 
 		 324 aa  438  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  68.32 
 
 		 326 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  66.77 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  69.94 
 
 		 334 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0238  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  67.19 
 
 		 326 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26153  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3747  Transketolase central region  67.63 
 
 		 355 aa  427  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  68.35 
 
 		 333 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  68.67 
 
 		 328 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  67.72 
 
 		 333 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1798  putative pyruvate decarboxylase E1 (Beta subunit) oxidoreductase protein  67.81 
 
 		 326 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.044195 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001584  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta subunit  59.38 
 
 		 327 aa  394  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05554  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit  59.06 
 
 		 327 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  55.42 
 
 		 342 aa  368  1e-101  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  58.07 
 
 		 327 aa  363  3e-99  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  56.97 
 
 		 346 aa  358  6e-98  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  55.42 
 
 		 336 aa  358  7e-98  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  54.29 
 
 		 326 aa  352  4e-96  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  52.62 
 
 		 325 aa  352  4e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  53.75 
 
 		 320 aa  352  5e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  56.92 
 
 		 320 aa  348  7e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  53.99 
 
 		 326 aa  347  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  54.18 
 
 		 328 aa  347  2e-94  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  56.29 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2655  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  56.29 
 
 		 320 aa  342  4e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  54.09 
 
 		 320 aa  342  5e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  54.69 
 
 		 324 aa  339  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  54.69 
 
 		 324 aa  339  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  55 
 
 		 324 aa  340  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  53.54 
 
 		 324 aa  338  5.9999999999999996e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  56.6 
 
 		 325 aa  338  8e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2899  transketolase, central region  56.6 
 
 		 320 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  54.29 
 
 		 332 aa  335  5.999999999999999e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  50.46 
 
 		 327 aa  330  1e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  48.31 
 
 		 325 aa  324  1e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  50.93 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  48.62 
 
 		 325 aa  323  3e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.31 
 
 		 325 aa  320  9.999999999999999e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  48 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  52.19 
 
 		 324 aa  315  6e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  54.11 
 
 		 702 aa  315  8e-85  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  50.32 
 
 		 326 aa  312  4.999999999999999e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  45.23 
 
 		 325 aa  312  5.999999999999999e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  45.23 
 
 		 325 aa  312  5.999999999999999e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  52.34 
 
 		 323 aa  311  6.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.69 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4398  Transketolase central region  51.77 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  51.88 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.69 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  47.69 
 
 		 325 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1562  transketolase, central region  52.63 
 
 		 334 aa  310  2.9999999999999997e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.386983  normal  0.558748 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.38 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  49.39 
 
 		 325 aa  308  6.999999999999999e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  49.08 
 
 		 325 aa  308  9e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  49.08 
 
 		 325 aa  308  9e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  49.08 
 
 		 325 aa  308  9e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5002  Transketolase central region  53.9 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00992852  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2852  Transketolase central region  48.61 
 
 		 331 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2245  transketolase central region  47.55 
 
 		 325 aa  305  6e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.38248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  48.77 
 
 		 325 aa  305  7e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2200  transketolase central region  48.47 
 
 		 325 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.670418  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2234  Transketolase central region  48.47 
 
 		 325 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0388155  hitchhiker  0.0000275487 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4507  hypothetical protein  48.47 
 
 		 325 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2221  transketolase central region  48.47 
 
 		 325 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  47.55 
 
 		 325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1886  transketolase, central region  48.77 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1787  transketolase, central region  47.85 
 
 		 325 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.172502  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2340  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  48.16 
 
 		 325 aa  301  9e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  49.24 
 
 		 327 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  48.28 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1710  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  48.47 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0237639 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.48 
 
 		 337 aa  300  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  47.77 
 
 		 337 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.34 
 
 		 337 aa  299  4e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  47.56 
 
 		 328 aa  299  5e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.48 
 
 		 337 aa  298  7e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  49.36 
 
 		 322 aa  297  1e-79  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  46.63 
 
 		 325 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2328  transketolase, central region  46.63 
 
 		 325 aa  296  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  48.73 
 
 		 339 aa  297  2e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1382  transketolase, central region  49.09 
 
 		 336 aa  297  2e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.409709  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1926  transketolase, central region  46.93 
 
 		 325 aa  296  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2565  transketolase, central region  48.91 
 
 		 354 aa  296  3e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.430096  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4857  Transketolase central region  51.76 
 
 		 326 aa  295  6e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  48.32 
 
 		 327 aa  295  7e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0181  putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 beta subunit  52.05 
 
 		 327 aa  295  7e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  47.02 
 
 		 338 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>