More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2777 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  100 
 
 		 337 aa  695    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  81.55 
 
 		 337 aa  580  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  80.65 
 
 		 337 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  80.36 
 
 		 337 aa  574  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  77.38 
 
 		 337 aa  560  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  77.98 
 
 		 338 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  76.74 
 
 		 332 aa  547  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  77.34 
 
 		 332 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  74.18 
 
 		 337 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4402  2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit  77.18 
 
 		 339 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1452  transketolase, central region  76.97 
 
 		 352 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3963  transketolase central region  76.97 
 
 		 352 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  74.55 
 
 		 345 aa  531  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0274  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  73.95 
 
 		 336 aa  531  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.724855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  74.11 
 
 		 350 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  74.11 
 
 		 350 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3743  transketolase central region  76.06 
 
 		 352 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.530888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  75.45 
 
 		 352 aa  524  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1135  transketolase central region  74.77 
 
 		 347 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.770864  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1124  transketolase, central region  74.77 
 
 		 347 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  74.17 
 
 		 346 aa  522  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  74.47 
 
 		 346 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  74.47 
 
 		 346 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  74.47 
 
 		 346 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2012  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1410  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 334 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  73.65 
 
 		 347 aa  520  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1035  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2301  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3066  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3192  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 347 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.55833  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1321  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  73.35 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  70.66 
 
 		 341 aa  509  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  70.66 
 
 		 351 aa  501  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  69.16 
 
 		 343 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  67.86 
 
 		 337 aa  486  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1871  transketolase central region  65.88 
 
 		 337 aa  475  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  63.1 
 
 		 337 aa  463  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  56.21 
 
 		 324 aa  378  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  56.21 
 
 		 324 aa  378  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  55.92 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  54.73 
 
 		 324 aa  371  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  51.62 
 
 		 325 aa  351  8e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  53.25 
 
 		 342 aa  350  3e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  51.49 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  52.35 
 
 		 325 aa  348  8e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2328  transketolase, central region  50.88 
 
 		 325 aa  347  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2279  transketolase central region  50.89 
 
 		 325 aa  346  4e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0946351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  50.6 
 
 		 325 aa  345  8e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  50.6 
 
 		 325 aa  345  8e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  50.6 
 
 		 325 aa  345  8e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2340  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.3 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1926  transketolase, central region  50.59 
 
 		 325 aa  343  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2245  transketolase central region  50 
 
 		 325 aa  342  4e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.38248  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  50.44 
 
 		 325 aa  342  5e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1886  transketolase, central region  50.6 
 
 		 325 aa  341  9e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  52.8 
 
 		 325 aa  341  1e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2234  Transketolase central region  50.3 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0388155  hitchhiker  0.0000275487 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2221  transketolase central region  50.3 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188148  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4507  hypothetical protein  50.3 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  50.6 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2200  transketolase central region  50.3 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.670418  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1710  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.3 
 
 		 325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0237639 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1787  transketolase, central region  51.03 
 
 		 325 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.172502  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1583  2-oxoisovalerate dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.44 
 
 		 325 aa  335  9e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  50.6 
 
 		 320 aa  334  1e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  50.89 
 
 		 332 aa  333  2e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  51.63 
 
 		 346 aa  332  4e-90  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  50.45 
 
 		 335 aa  332  7.000000000000001e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  51.61 
 
 		 325 aa  331  8e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  50.89 
 
 		 336 aa  329  4e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  50.74 
 
 		 324 aa  328  1.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  50.89 
 
 		 327 aa  326  3e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  51.03 
 
 		 324 aa  326  4.0000000000000003e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  51.93 
 
 		 320 aa  325  9e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  51.49 
 
 		 327 aa  325  9e-88  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  51.34 
 
 		 320 aa  324  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  49.12 
 
 		 325 aa  324  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  48.82 
 
 		 326 aa  323  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  49.85 
 
 		 340 aa  320  1.9999999999999998e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  51.04 
 
 		 327 aa  319  5e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4085  transketolase, central region  50.45 
 
 		 351 aa  318  7.999999999999999e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.331436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  49.41 
 
 		 326 aa  317  2e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  49.12 
 
 		 326 aa  315  7e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3236  Transketolase central region  50.15 
 
 		 324 aa  315  9e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.257002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  50.74 
 
 		 320 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  47.77 
 
 		 327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  48.52 
 
 		 328 aa  313  1.9999999999999998e-84  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2098  transketolase, central region  49.27 
 
 		 334 aa  312  5.999999999999999e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0340316  normal  0.234627 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  48.67 
 
 		 325 aa  311  6.999999999999999e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  46.78 
 
 		 327 aa  311  9e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  48.53 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  51.1 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  47.65 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3331  transketolase central region  49.26 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.438418 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.08 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.08 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.08 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  47.06 
 
 		 324 aa  309  5e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  48.08 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>