More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0460 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  100 
 
 		 320 aa  642    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  96.88 
 
 		 320 aa  627  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  78.44 
 
 		 320 aa  528  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2899  transketolase, central region  77.5 
 
 		 320 aa  499  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2655  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  76.88 
 
 		 320 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  59.75 
 
 		 342 aa  400  9.999999999999999e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  59.44 
 
 		 327 aa  400  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  57.85 
 
 		 324 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  58.82 
 
 		 346 aa  382  1e-105  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  56.83 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  57.85 
 
 		 324 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  57.85 
 
 		 324 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  55.38 
 
 		 325 aa  381  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  58.15 
 
 		 324 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  59.88 
 
 		 326 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  58.15 
 
 		 326 aa  377  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  54.69 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  56.44 
 
 		 326 aa  372  1e-102  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  54.01 
 
 		 324 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  53.7 
 
 		 324 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  58.64 
 
 		 326 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  55.52 
 
 		 326 aa  362  6e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  51.08 
 
 		 326 aa  360  2e-98  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  56.39 
 
 		 327 aa  360  3e-98  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  52.92 
 
 		 326 aa  359  4e-98  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  55.73 
 
 		 334 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  52.62 
 
 		 326 aa  357  9.999999999999999e-98  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  55.56 
 
 		 325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  57.46 
 
 		 326 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  57.28 
 
 		 328 aa  355  7.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  53.87 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  54.18 
 
 		 335 aa  353  2e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  56.35 
 
 		 333 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  55.42 
 
 		 332 aa  352  5.9999999999999994e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  56.66 
 
 		 333 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  55.25 
 
 		 325 aa  350  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  56.92 
 
 		 326 aa  348  7e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2852  Transketolase central region  53.25 
 
 		 331 aa  346  2e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  55.87 
 
 		 326 aa  343  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  55.35 
 
 		 322 aa  342  4e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.5 
 
 		 341 aa  342  4e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  51.11 
 
 		 325 aa  341  8e-93  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  51.93 
 
 		 337 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  50.15 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  56.21 
 
 		 330 aa  338  5e-92  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  53.01 
 
 		 332 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.92 
 
 		 325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  49.85 
 
 		 325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0238  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  57.41 
 
 		 326 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26153  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  51.81 
 
 		 332 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1798  putative pyruvate decarboxylase E1 (Beta subunit) oxidoreductase protein  58.02 
 
 		 326 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.044195 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  48 
 
 		 325 aa  333  3e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  48 
 
 		 325 aa  332  4e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  47.69 
 
 		 325 aa  332  4e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  47.69 
 
 		 325 aa  332  4e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  51.34 
 
 		 337 aa  330  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  50.45 
 
 		 337 aa  330  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  50.45 
 
 		 337 aa  329  5.0000000000000004e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3747  Transketolase central region  54.17 
 
 		 355 aa  328  8e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.04 
 
 		 351 aa  328  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  53.63 
 
 		 702 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  50.61 
 
 		 328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1562  transketolase, central region  55.11 
 
 		 334 aa  325  6e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.386983  normal  0.558748 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  53.87 
 
 		 323 aa  325  6e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.93 
 
 		 337 aa  325  9e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  50.3 
 
 		 343 aa  323  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4398  Transketolase central region  53.21 
 
 		 325 aa  323  3e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001584  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta subunit  50.31 
 
 		 327 aa  322  5e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  48.93 
 
 		 327 aa  321  8e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  49.85 
 
 		 337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  50.45 
 
 		 338 aa  318  6e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05554  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit  50 
 
 		 327 aa  318  1e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.37 
 
 		 337 aa  315  9e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  52.15 
 
 		 324 aa  312  3.9999999999999997e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1871  transketolase central region  48.07 
 
 		 337 aa  312  4.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2479  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  50 
 
 		 328 aa  311  5.999999999999999e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  47.77 
 
 		 350 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  47.77 
 
 		 350 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  48.5 
 
 		 345 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  47.09 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  48.62 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  49.54 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  309  5e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  50.92 
 
 		 324 aa  308  5.9999999999999995e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  48.74 
 
 		 325 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  48.16 
 
 		 325 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  49.84 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  49.84 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  49.84 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  47.24 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  46.48 
 
 		 327 aa  305  7e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  49.84 
 
 		 325 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>