More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0681 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  100 
 
 		 325 aa  652    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  91.38 
 
 		 325 aa  612  9.999999999999999e-175  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  91.38 
 
 		 325 aa  612  9.999999999999999e-175  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  74.77 
 
 		 325 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  73.85 
 
 		 325 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  72.92 
 
 		 325 aa  511  1e-144  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  74.46 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  73.23 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  72.92 
 
 		 325 aa  510  1e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  66.35 
 
 		 326 aa  440  9.999999999999999e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0329  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  58.46 
 
 		 326 aa  409  1e-113  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0738  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  59.87 
 
 		 326 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  57.81 
 
 		 320 aa  395  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0050  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  56.31 
 
 		 326 aa  394  1e-108  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  56.92 
 
 		 325 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0632  transketolase domain-containing protein  55.38 
 
 		 325 aa  378  1e-104  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000117768  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  56.17 
 
 		 325 aa  374  1e-102  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  54.91 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  51.99 
 
 		 327 aa  352  7e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  50.46 
 
 		 342 aa  350  2e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  52.06 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  53.35 
 
 		 336 aa  346  3e-94  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  51.08 
 
 		 324 aa  342  4e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  49.54 
 
 		 324 aa  342  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  51.11 
 
 		 320 aa  341  8e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  49.23 
 
 		 324 aa  339  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  49.23 
 
 		 324 aa  339  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  48.92 
 
 		 326 aa  339  4e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  52.02 
 
 		 335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  52.15 
 
 		 326 aa  337  1.9999999999999998e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  52.17 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  50.15 
 
 		 346 aa  335  7.999999999999999e-91  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  50.46 
 
 		 328 aa  332  6e-90  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  50.79 
 
 		 320 aa  330  1e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  46.77 
 
 		 326 aa  330  1e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  46.46 
 
 		 326 aa  329  4e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  47.84 
 
 		 326 aa  326  3e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  46.3 
 
 		 324 aa  325  5e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  45.99 
 
 		 324 aa  325  7e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1562  transketolase, central region  52.32 
 
 		 334 aa  324  1e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.386983  normal  0.558748 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  45.99 
 
 		 325 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  50.31 
 
 		 327 aa  322  4e-87  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2655  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  50.15 
 
 		 320 aa  322  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  46.3 
 
 		 326 aa  322  5e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  52.02 
 
 		 323 aa  322  6e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  48.31 
 
 		 326 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  47.69 
 
 		 326 aa  318  7e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2852  Transketolase central region  48.61 
 
 		 331 aa  317  1e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2899  transketolase, central region  48.92 
 
 		 320 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  45.82 
 
 		 334 aa  316  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1575  transketolase, central region  47.4 
 
 		 327 aa  315  5e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1608  transketolase central region  47.4 
 
 		 327 aa  315  5e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001584  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta subunit  46.3 
 
 		 327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4398  Transketolase central region  49.52 
 
 		 325 aa  313  3.9999999999999997e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  50.46 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  46.13 
 
 		 328 aa  309  5e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  45.37 
 
 		 326 aa  308  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  48.47 
 
 		 339 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  47.24 
 
 		 325 aa  306  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05554  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit  45.37 
 
 		 327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  47.66 
 
 		 322 aa  306  3e-82  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  44.27 
 
 		 333 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  49.05 
 
 		 330 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.7 
 
 		 341 aa  301  7.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2245  transketolase central region  46.93 
 
 		 325 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.38248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  43.65 
 
 		 333 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.99 
 
 		 346 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0238  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.22 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26153  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  48.92 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.1 
 
 		 337 aa  300  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  46.69 
 
 		 327 aa  300  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  46.01 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3747  Transketolase central region  46.47 
 
 		 355 aa  299  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1926  transketolase, central region  45.4 
 
 		 325 aa  298  8e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1077  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  45.26 
 
 		 327 aa  298  9e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  45.4 
 
 		 346 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  45.4 
 
 		 346 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  45.4 
 
 		 346 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1710  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.63 
 
 		 325 aa  298  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0237639 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4233  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4066  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0625977  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3904  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.522905  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3913  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0083543  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  46.01 
 
 		 325 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4383  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0906911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  45.4 
 
 		 325 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4291  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000939544  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4181  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  45.37 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000134341 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  46.08 
 
 		 337 aa  295  5e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2855  transketolase central region  45.68 
 
 		 327 aa  295  6e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.365672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2221  transketolase central region  45.71 
 
 		 325 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188148  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4507  hypothetical protein  45.71 
 
 		 325 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2234  Transketolase central region  45.71 
 
 		 325 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0388155  hitchhiker  0.0000275487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>