More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1077 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1077  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  100 
 
 		 327 aa  674    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1575  transketolase, central region  88.99 
 
 		 327 aa  608  1e-173  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1608  transketolase central region  88.99 
 
 		 327 aa  608  1e-173  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  66.97 
 
 		 327 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  66.67 
 
 		 327 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2855  transketolase central region  68.5 
 
 		 327 aa  462  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.365672  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4233  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4066  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0625977  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3904  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.522905  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3913  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0083543  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4383  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0906911  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4181  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000134341 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0963  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  67.89 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.897177  normal  0.0354317 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4291  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  67.58 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000939544  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4271  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  67.58 
 
 		 327 aa  457  1e-127  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4002  transketolase central region  67.28 
 
 		 327 aa  456  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.020695  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  57.8 
 
 		 327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  58.72 
 
 		 327 aa  400  9.999999999999999e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  54.43 
 
 		 327 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  59.41 
 
 		 328 aa  375  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  52.29 
 
 		 327 aa  369  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2479  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.06 
 
 		 328 aa  344  1e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  47.4 
 
 		 325 aa  317  1e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.09 
 
 		 324 aa  315  7e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  50.5 
 
 		 325 aa  315  9e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  49.83 
 
 		 325 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  49.23 
 
 		 327 aa  312  3.9999999999999997e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  312  5.999999999999999e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  46.79 
 
 		 325 aa  311  6.999999999999999e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  46.48 
 
 		 324 aa  311  7.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  46.48 
 
 		 324 aa  311  7.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  46.48 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  46.18 
 
 		 324 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  47.04 
 
 		 335 aa  309  5e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  48.41 
 
 		 337 aa  308  8e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  45.37 
 
 		 342 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  48.6 
 
 		 332 aa  306  2.0000000000000002e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  48.41 
 
 		 337 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0329  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  48.93 
 
 		 326 aa  306  3e-82  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  47.77 
 
 		 337 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  44.25 
 
 		 341 aa  301  8.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  45.87 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  45.87 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  45.26 
 
 		 325 aa  298  9e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  46.65 
 
 		 326 aa  298  9e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  46.3 
 
 		 336 aa  298  1e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.82 
 
 		 351 aa  297  1e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  45.54 
 
 		 346 aa  298  1e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1562  transketolase, central region  49.07 
 
 		 334 aa  297  2e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.386983  normal  0.558748 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  47.13 
 
 		 345 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1583  2-oxoisovalerate dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  47.26 
 
 		 325 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  44.75 
 
 		 328 aa  295  5e-79  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  42.86 
 
 		 332 aa  295  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  43.95 
 
 		 337 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  50.17 
 
 		 322 aa  293  2e-78  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  46.04 
 
 		 325 aa  292  6e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  45.48 
 
 		 320 aa  291  8e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  42.26 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  44.74 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  45.43 
 
 		 325 aa  290  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  42.4 
 
 		 338 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  42.48 
 
 		 346 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  43.73 
 
 		 325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0274  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  44.87 
 
 		 336 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.724855  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  49.66 
 
 		 324 aa  285  5.999999999999999e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  45.37 
 
 		 324 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  41.89 
 
 		 346 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  44.16 
 
 		 352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  46.34 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  41.89 
 
 		 346 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  43.87 
 
 		 325 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  41.89 
 
 		 346 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  47.49 
 
 		 326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  41.52 
 
 		 337 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  42.98 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3767  Transketolase domain protein  47.08 
 
 		 343 aa  282  5.000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4402  2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit  44.09 
 
 		 339 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54169 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0050  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  45.57 
 
 		 326 aa  281  8.000000000000001e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  43.9 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2012  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  42.01 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  43.12 
 
 		 320 aa  280  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3066  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  42.01 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1321  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  42.01 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2301  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  42.01 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  43.03 
 
 		 343 aa  280  2e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1124  transketolase, central region  41 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1035  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  42.01 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1135  transketolase central region  41 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.770864  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1410  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  42.26 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3192  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  42.01 
 
 		 347 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.55833  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0632  transketolase domain-containing protein  44.34 
 
 		 325 aa  280  3e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000117768  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3963  transketolase central region  44.48 
 
 		 352 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  41.72 
 
 		 347 aa  279  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>