More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3246 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  100 
 
 		 334 aa  671    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  88.07 
 
 		 328 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  83.23 
 
 		 333 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  83.53 
 
 		 333 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  69.14 
 
 		 326 aa  462  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  65.11 
 
 		 324 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  64.8 
 
 		 324 aa  445  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  63.58 
 
 		 326 aa  438  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  68.32 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  68.21 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  67.6 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  63.27 
 
 		 326 aa  437  1e-121  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  69.94 
 
 		 326 aa  433  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  65.74 
 
 		 326 aa  430  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  65.22 
 
 		 325 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0238  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  67.28 
 
 		 326 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26153  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3747  Transketolase central region  62.18 
 
 		 355 aa  411  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001584  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta subunit  59.63 
 
 		 327 aa  411  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1798  putative pyruvate decarboxylase E1 (Beta subunit) oxidoreductase protein  68.11 
 
 		 326 aa  408  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.044195 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05554  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit  59.63 
 
 		 327 aa  404  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  55.42 
 
 		 320 aa  358  8e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  55.73 
 
 		 320 aa  357  9.999999999999999e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  54.37 
 
 		 342 aa  355  6.999999999999999e-97  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  55.48 
 
 		 346 aa  352  7e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2655  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  55.73 
 
 		 320 aa  348  8e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  54.32 
 
 		 326 aa  345  8.999999999999999e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  51.08 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  54.18 
 
 		 327 aa  343  2.9999999999999997e-93  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  52.94 
 
 		 320 aa  342  4e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  50.62 
 
 		 328 aa  331  9e-90  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2899  transketolase, central region  53.42 
 
 		 320 aa  330  2e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  49.69 
 
 		 320 aa  330  3e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  329  5.0000000000000004e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  48.91 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  50 
 
 		 326 aa  324  1e-87  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  50.62 
 
 		 324 aa  318  6e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  45.82 
 
 		 325 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  45.2 
 
 		 325 aa  318  1e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  50.62 
 
 		 332 aa  317  2e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  45.82 
 
 		 325 aa  316  3e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  50.31 
 
 		 324 aa  316  4e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  50.31 
 
 		 324 aa  316  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  50.31 
 
 		 324 aa  315  5e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  50.93 
 
 		 325 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  51.25 
 
 		 702 aa  310  2.9999999999999997e-83  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  44.58 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2852  Transketolase central region  47.22 
 
 		 331 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.89 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  44.89 
 
 		 325 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.58 
 
 		 325 aa  305  6e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.58 
 
 		 325 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  42.72 
 
 		 325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  42.72 
 
 		 325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  48.15 
 
 		 339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  49.84 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  45.34 
 
 		 326 aa  302  6.000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  46.97 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0329  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  44.55 
 
 		 326 aa  298  8e-80  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl040  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  44.44 
 
 		 329 aa  291  8e-78  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2565  transketolase, central region  46.06 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.430096  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4398  Transketolase central region  47.57 
 
 		 325 aa  289  5.0000000000000004e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  44.67 
 
 		 337 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.71 
 
 		 351 aa  287  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  43.1 
 
 		 345 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.27 
 
 		 337 aa  287  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  43.79 
 
 		 337 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2467  Transketolase central region  44.98 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.773321  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  46.04 
 
 		 329 aa  285  5e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  43.79 
 
 		 337 aa  285  5.999999999999999e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12518  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit pdhB  45.37 
 
 		 348 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2098  transketolase, central region  49.37 
 
 		 334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0340316  normal  0.234627 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  46.27 
 
 		 330 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.27 
 
 		 341 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  44.75 
 
 		 325 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0226  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  43.83 
 
 		 329 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1562  transketolase, central region  46.11 
 
 		 334 aa  283  4.0000000000000003e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.386983  normal  0.558748 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3222  Transketolase central region  46.44 
 
 		 345 aa  282  5.000000000000001e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  46.58 
 
 		 324 aa  282  6.000000000000001e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  43.95 
 
 		 343 aa  282  7.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  45.96 
 
 		 322 aa  281  1e-74  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0181  putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 beta subunit  46.5 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  46.89 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  44.98 
 
 		 325 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0108  transketolase central region  44.65 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.741994  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  43.82 
 
 		 338 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35860  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  41.4 
 
 		 393 aa  279  5e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.878641  normal  0.147961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.41 
 
 		 352 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0057  transketolase  45.9 
 
 		 353 aa  279  5e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0050  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  42.06 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06810  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  47.68 
 
 		 355 aa  279  5e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.643583  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  44.14 
 
 		 325 aa  279  6e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  42.6 
 
 		 337 aa  278  7e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1124  transketolase, central region  41.79 
 
 		 347 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1135  transketolase central region  41.79 
 
 		 347 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.770864  normal  0.562943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>