More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2328 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2328  transketolase, central region  100 
 
 		 325 aa  669    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2279  transketolase central region  93.54 
 
 		 325 aa  644    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0946351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1926  transketolase, central region  90.77 
 
 		 325 aa  627  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  87.38 
 
 		 325 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  87.38 
 
 		 325 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  87.38 
 
 		 325 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2200  transketolase central region  86.46 
 
 		 325 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.670418  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2234  Transketolase central region  86.46 
 
 		 325 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0388155  hitchhiker  0.0000275487 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1886  transketolase, central region  86.77 
 
 		 325 aa  607  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2221  transketolase central region  86.46 
 
 		 325 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188148  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  86.77 
 
 		 325 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4507  hypothetical protein  86.46 
 
 		 325 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2340  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  86.46 
 
 		 325 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2245  transketolase central region  87.08 
 
 		 325 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.38248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1710  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  86.46 
 
 		 325 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0237639 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  82.15 
 
 		 325 aa  580  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1787  transketolase, central region  83.38 
 
 		 325 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.172502  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1583  2-oxoisovalerate dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  76.62 
 
 		 325 aa  528  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  73.85 
 
 		 325 aa  524  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  73.85 
 
 		 325 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  72.31 
 
 		 325 aa  510  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_11021  predicted protein  61.37 
 
 		 323 aa  426  1e-118  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  57.23 
 
 		 324 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  56.31 
 
 		 324 aa  391  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  56 
 
 		 324 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  56 
 
 		 324 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.04 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.18 
 
 		 351 aa  352  7e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  50.88 
 
 		 337 aa  351  1e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  52.76 
 
 		 337 aa  348  7e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  52.76 
 
 		 337 aa  348  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  50.88 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  50 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  50.29 
 
 		 337 aa  345  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  51.4 
 
 		 332 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  49.26 
 
 		 343 aa  339  4e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  48.96 
 
 		 337 aa  339  5e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  50.78 
 
 		 332 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.38 
 
 		 337 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1871  transketolase central region  49.7 
 
 		 337 aa  335  9e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08559  hypothetical protein similar to 2-oxo acid dehydrogenase, E1 component beta subunit (Eurofung)  53.37 
 
 		 386 aa  331  1e-89  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.379742 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  49.85 
 
 		 326 aa  330  1e-89  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  48.82 
 
 		 337 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  47.35 
 
 		 350 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  49.08 
 
 		 325 aa  330  2e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  47.35 
 
 		 350 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  53.99 
 
 		 324 aa  328  1.0000000000000001e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4402  2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit  47.77 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0274  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  49.1 
 
 		 336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.724855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3743  transketolase central region  48.5 
 
 		 352 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.530888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  47.75 
 
 		 345 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.9 
 
 		 352 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  53.07 
 
 		 340 aa  324  1e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  52.31 
 
 		 324 aa  323  2e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1135  transketolase central region  48.05 
 
 		 347 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.770864  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.75 
 
 		 346 aa  324  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3963  transketolase central region  47.9 
 
 		 352 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1124  transketolase, central region  48.05 
 
 		 347 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.16 
 
 		 347 aa  323  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1452  transketolase, central region  47.9 
 
 		 352 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03850  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring), putative  50 
 
 		 447 aa  323  4e-87  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  48.77 
 
 		 327 aa  321  9.999999999999999e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  50.47 
 
 		 325 aa  320  9.999999999999999e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  47.45 
 
 		 346 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  47.45 
 
 		 346 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  47.45 
 
 		 346 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2012  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  46.87 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1321  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  46.87 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3192  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  46.87 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.55833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3066  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  46.87 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2301  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  46.87 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1035  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  46.87 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1410  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.15 
 
 		 334 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  50.47 
 
 		 330 aa  318  6e-86  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  46.75 
 
 		 335 aa  318  7e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  47.84 
 
 		 342 aa  318  7.999999999999999e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  48.29 
 
 		 320 aa  318  1e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  47.84 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  50.15 
 
 		 346 aa  315  9e-85  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  47.68 
 
 		 332 aa  314  1.9999999999999998e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  49.07 
 
 		 322 aa  308  6.999999999999999e-83  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  48.94 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  46.95 
 
 		 327 aa  306  2.0000000000000002e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3236  Transketolase central region  48.31 
 
 		 324 aa  306  4.0000000000000004e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.257002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  48.31 
 
 		 336 aa  304  1.0000000000000001e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  48.77 
 
 		 326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  46.93 
 
 		 325 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  47.24 
 
 		 320 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  46.32 
 
 		 325 aa  301  1e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  47.24 
 
 		 320 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  46.63 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  46.32 
 
 		 326 aa  298  1e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  47.37 
 
 		 327 aa  297  1e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  46.01 
 
 		 320 aa  296  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  46.63 
 
 		 326 aa  296  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  45.26 
 
 		 326 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  46.01 
 
 		 326 aa  296  3e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  47.06 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  44.48 
 
 		 325 aa  296  4e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  44.17 
 
 		 325 aa  295  9e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>