88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0104 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  100 
 
 		 215 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  52.2 
 
 		 220 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  52.48 
 
 		 215 aa  222  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  54.69 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  37.08 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  37.08 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  33.17 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  34.76 
 
 		 215 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  38.89 
 
 		 203 aa  108  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  34.64 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  36.26 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  36.26 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  36.26 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 267 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  37.13 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  35.58 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  32.83 
 
 		 267 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  35.58 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  32.82 
 
 		 267 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  34.97 
 
 		 215 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  34.18 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  30.93 
 
 		 215 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  37.32 
 
 		 327 aa  94  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  33.95 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  33.88 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  32.72 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  33.13 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  32.34 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  31.48 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  32.43 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  31.61 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  30.26 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  31.9 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  34.11 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  31.11 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  26.06 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  33.61 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4187  lytic transglycosylase, catalytic  35.9 
 
 		 166 aa  62  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  31.75 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  29.61 
 
 		 179 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6296  lytic transglycosylase, catalytic  44.26 
 
 		 140 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  29.17 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  32.04 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  32.04 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  32.8 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5089  transport secretion system IV, VirB1 protein  30.65 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  29.25 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0674  virB1 type IV secretion protein  31.36 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  27.64 
 
 		 168 aa  52  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 		 168 aa  50.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  27.91 
 
 		 175 aa  50.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  30.61 
 
 		 164 aa  50.8  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4928  transport secretion system IV protein, VirB1  26.02 
 
 		 220 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5548  lytic transglycosylase catalytic  30.59 
 
 		 268 aa  49.3  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00871042 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6298  hypothetical protein  31.76 
 
 		 265 aa  48.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.192208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4054  lytic transglycosylase, catalytic  30.7 
 
 		 370 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0915  lytic transglycosylase catalytic  29.82 
 
 		 378 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.423978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0953  lytic transglycosylase, catalytic  29.82 
 
 		 378 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1529  hypothetical protein  26.19 
 
 		 257 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5194  type IV secretory pathway, putative lytic transglycosylase; putative exported protein  26.19 
 
 		 257 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0474  lytic transglycosylase, catalytic  29.82 
 
 		 378 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3720  transglycosylase SLT domain-containing protein  29.9 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6568  lytic transglycosylase catalytic  27.56 
 
 		 269 aa  45.1  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0812  lytic transglycosylase, catalytic  31.36 
 
 		 372 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0823  lytic transglycosylase catalytic  31.36 
 
 		 372 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0379  invasion protein  31.25 
 
 		 146 aa  44.7  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2444  lytic transglycosylase catalytic  41.94 
 
 		 374 aa  44.3  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0964  Lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 		 153 aa  44.3  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6492  transport secretion system IV protein, VirB1  27.59 
 
 		 220 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733642  normal  0.924712 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  26.61 
 
 		 183 aa  42.7  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0615  lytic transglycosylase catalytic  29.73 
 
 		 404 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0195  lytic transglycosylase catalytic protein  27.05 
 
 		 239 aa  42.4  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2121  transglycosylase SLT domain-containing protein  33.85 
 
 		 168 aa  42.4  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1661  lytic transglycosylase, catalytic  25.64 
 
 		 260 aa  42.4  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1098  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 213 aa  42  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.891571  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6789  lytic transglycosylase, catalytic  27.71 
 
 		 165 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0630  lytic transglycosylase, catalytic  35.09 
 
 		 187 aa  42  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3105  Lytic transglycosylase catalytic  29.75 
 
 		 393 aa  42  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2906  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 		 306 aa  42  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0327296  normal  0.0416217 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2592  Slt family transglycosylase  37.5 
 
 		 319 aa  41.6  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3021  Slt family transglycosylase  37.5 
 
 		 370 aa  42  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.734248  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1527  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.5 
 
 		 367 aa  41.6  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.165503  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3105  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.5 
 
 		 370 aa  41.6  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3074  Slt family transglycosylase  37.5 
 
 		 370 aa  41.6  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2149  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.5 
 
 		 370 aa  41.6  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  34.85 
 
 		 404 aa  41.6  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0759  Slt family transglycosylase  37.5 
 
 		 337 aa  41.6  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.404866  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2021  Slt family transglycosylase  37.5 
 
 		 337 aa  41.6  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>