64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6162 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  100 
 
 		 235 aa  482  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  60 
 
 		 238 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  45.45 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  39.11 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  43.07 
 
 		 177 aa  105  9e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  35.14 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  35.14 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  35.14 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  39.6 
 
 		 267 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  38.36 
 
 		 194 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  38.82 
 
 		 215 aa  95.1  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  37.58 
 
 		 267 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  38.51 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  36.91 
 
 		 267 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  40.26 
 
 		 169 aa  89.7  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  37.5 
 
 		 223 aa  88.6  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  37.33 
 
 		 215 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  36.75 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  36.13 
 
 		 225 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  35.62 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  34.18 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  34.64 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5089  transport secretion system IV, VirB1 protein  34.62 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  36.91 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  34.18 
 
 		 203 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  33.33 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  33.33 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  33.99 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  33.99 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  31.18 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  36.05 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  34.15 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  31.14 
 
 		 216 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  32.89 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  31.9 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  32.81 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6492  transport secretion system IV protein, VirB1  33.33 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733642  normal  0.924712 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  32.09 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0674  virB1 type IV secretion protein  32.12 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  30.25 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4928  transport secretion system IV protein, VirB1  31.74 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  34.69 
 
 		 327 aa  55.8  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  27.07 
 
 		 270 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  28.42 
 
 		 200 aa  49.3  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  34.78 
 
 		 180 aa  48.1  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  32.18 
 
 		 164 aa  48.5  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1531  Lytic transglycosylase catalytic  31.96 
 
 		 158 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  27.51 
 
 		 316 aa  46.6  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 404 aa  46.2  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5196  Lytic transglycosylase catalytic  31.96 
 
 		 158 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  28.75 
 
 		 438 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  29.19 
 
 		 407 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2896  hypothetical protein  30.83 
 
 		 170 aa  45.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  29.19 
 
 		 404 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  28.21 
 
 		 408 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1800  lytic transglycosylase, catalytic  25.42 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.474073  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  28.21 
 
 		 408 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  27.78 
 
 		 599 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0195  lytic transglycosylase catalytic protein  32.77 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4766  Lytic transglycosylase catalytic  31.97 
 
 		 161 aa  43.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  31.31 
 
 		 175 aa  42.7  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0177  Lytic transglycosylase catalytic  28.66 
 
 		 239 aa  42.7  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000012846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0064  lytic transglycosylase catalytic  28.77 
 
 		 148 aa  42.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>