86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2355 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 203 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  43.66 
 
 		 177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  37.23 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  36.49 
 
 		 225 aa  101  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  35.81 
 
 		 218 aa  95.9  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  35.81 
 
 		 223 aa  95.9  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  42.55 
 
 		 194 aa  95.9  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  35.92 
 
 		 181 aa  92  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  33.53 
 
 		 262 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  33.33 
 
 		 238 aa  90.9  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  34.69 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  34.69 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  43.88 
 
 		 224 aa  86.7  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  31.06 
 
 		 203 aa  86.3  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  34.66 
 
 		 224 aa  84.7  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 267 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  32.77 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  35.44 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  32.96 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  34 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  34.18 
 
 		 235 aa  78.2  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  33.79 
 
 		 217 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  32.67 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  32.67 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  32.43 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  33.09 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5089  transport secretion system IV, VirB1 protein  35.83 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  34.06 
 
 		 267 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  34.45 
 
 		 270 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4928  transport secretion system IV protein, VirB1  38.32 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6492  transport secretion system IV protein, VirB1  39 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733642  normal  0.924712 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  32.65 
 
 		 215 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  30.07 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  32.02 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0674  virB1 type IV secretion protein  35.16 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  31.47 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  30.92 
 
 		 316 aa  67  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  32.09 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  31.61 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  30.87 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  31.43 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  31.47 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  30.08 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  29.32 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  32.17 
 
 		 164 aa  54.3  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2644  lytic transglycosylase, catalytic  32.87 
 
 		 182 aa  53.9  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9599  conjugal transfer protein TraH  27.01 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  29.01 
 
 		 404 aa  51.6  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  30.19 
 
 		 438 aa  50.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3066  invasion protein IagB  29.01 
 
 		 160 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.490533 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3187  cell invasion protein  29.01 
 
 		 160 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.927975 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2999  invasion protein IagB  29.01 
 
 		 160 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3082  cell invasion protein  29.01 
 
 		 160 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000116628 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  32.04 
 
 		 183 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0072  invasion protein  27.33 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  29.01 
 
 		 408 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6296  lytic transglycosylase, catalytic  39.24 
 
 		 140 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  29.01 
 
 		 408 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  26.43 
 
 		 175 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3030  invasion protein IagB  28.4 
 
 		 160 aa  49.7  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0325324 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1708  lytic transglycosylase, catalytic  27.33 
 
 		 265 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0133415 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  29.27 
 
 		 404 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2003  Lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.323498  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  28.93 
 
 		 407 aa  48.5  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1800  lytic transglycosylase, catalytic  23.53 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.474073  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  29.01 
 
 		 599 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  25.47 
 
 		 168 aa  47  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  26.97 
 
 		 168 aa  46.6  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1661  lytic transglycosylase, catalytic  27.59 
 
 		 260 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0761  hypothetical protein  31.37 
 
 		 182 aa  45.1  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112238  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0281  lytic transglycosylase, catalytic  32.35 
 
 		 182 aa  44.3  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1431  lytic transglycosylase, catalytic  38.24 
 
 		 170 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_23  transglycosylase PilT  33.98 
 
 		 145 aa  42.4  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.846222  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0379  invasion protein  30.77 
 
 		 146 aa  42.4  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135493  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5422  Lytic transglycosylase catalytic  27.38 
 
 		 183 aa  42.7  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984316  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1996  lytic transglycosylase catalytic  25 
 
 		 310 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000014768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0613  Lytic transglycosylase catalytic  29.41 
 
 		 197 aa  42.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.92837  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5017  Lytic transglycosylase catalytic  27.5 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6298  hypothetical protein  24.64 
 
 		 265 aa  42  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.192208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1591  conjugal transfer protein  24.32 
 
 		 173 aa  42  0.006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0975326  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3431  Lytic transglycosylase catalytic  28.89 
 
 		 320 aa  41.6  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5439  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 145 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0274  lytic transglycosylase catalytic  32.04 
 
 		 174 aa  41.2  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.624808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>