56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5010 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 224 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  44.78 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  42.78 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  45.62 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  45.32 
 
 		 177 aa  118  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  42.59 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  39.46 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  41.67 
 
 		 217 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  40.94 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  41.26 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  41.26 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  41.26 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  44.12 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  40.22 
 
 		 262 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  40.56 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  39.63 
 
 		 238 aa  104  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  39.63 
 
 		 238 aa  104  8e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  40 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  40.56 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  35.96 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  38 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  39.86 
 
 		 267 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5089  transport secretion system IV, VirB1 protein  37.02 
 
 		 220 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  36.96 
 
 		 169 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  39.26 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  39.26 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  38.85 
 
 		 217 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  34.66 
 
 		 203 aa  95.5  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4928  transport secretion system IV protein, VirB1  42.52 
 
 		 220 aa  95.1  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  42.36 
 
 		 216 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6492  transport secretion system IV protein, VirB1  48.54 
 
 		 220 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733642  normal  0.924712 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  35.44 
 
 		 194 aa  86.3  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  38.36 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0674  virB1 type IV secretion protein  45.1 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  30.94 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  30.52 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  31.45 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  30.07 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  27.19 
 
 		 215 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  29.37 
 
 		 200 aa  72  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 164 aa  70.9  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  31.41 
 
 		 218 aa  67.8  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  31.41 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  29.61 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  30.12 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  32.11 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0258  Type IV secretory pathway AvhB1 protein  26.16 
 
 		 189 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1591  conjugal transfer protein  26.11 
 
 		 173 aa  52.4  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0975326  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  30.17 
 
 		 168 aa  48.9  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  26.74 
 
 		 168 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3939  lytic transglycosylase, catalytic  36.05 
 
 		 178 aa  45.8  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  27.33 
 
 		 404 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  26.74 
 
 		 407 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  26.63 
 
 		 438 aa  42.4  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0154763 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>