45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0035 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  100 
 
 		 206 aa  424  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  54.69 
 
 		 215 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  48.74 
 
 		 215 aa  208  6e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  47.64 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  37.91 
 
 		 203 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  34.52 
 
 		 215 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  34.52 
 
 		 215 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  36.42 
 
 		 217 aa  98.2  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  30.41 
 
 		 262 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  33.33 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  35.76 
 
 		 262 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  33.33 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  35.76 
 
 		 262 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  35.76 
 
 		 262 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  36.26 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  35.1 
 
 		 267 aa  95.1  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  33.53 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  30.36 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  30.89 
 
 		 267 aa  92  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  31.33 
 
 		 225 aa  91.7  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  30.37 
 
 		 267 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  31.9 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  31.9 
 
 		 316 aa  87.8  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  32.9 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  32.45 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  32.26 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  30.51 
 
 		 169 aa  82  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  30.86 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  31.36 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  31.85 
 
 		 177 aa  71.6  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  27.89 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  31.68 
 
 		 228 aa  62  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  30.25 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  27.67 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  29.32 
 
 		 203 aa  58.2  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  25.52 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  25.52 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  28.39 
 
 		 238 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  26.21 
 
 		 225 aa  52  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  30.33 
 
 		 270 aa  51.2  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  30.12 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  30.61 
 
 		 180 aa  49.3  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 164 aa  47.8  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  25.19 
 
 		 224 aa  42  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4187  lytic transglycosylase, catalytic  26.21 
 
 		 166 aa  41.2  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>