47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_p08216 on replicon NC_009777
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  100 
 
 		 200 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  96.5 
 
 		 316 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  36.73 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  39.74 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  39.74 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  38.71 
 
 		 262 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  32.04 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  39.55 
 
 		 262 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  39.55 
 
 		 262 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  39.55 
 
 		 262 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  36.43 
 
 		 217 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  36.3 
 
 		 225 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  36.59 
 
 		 203 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  35.95 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  35.95 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  38.06 
 
 		 267 aa  101  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  38.06 
 
 		 267 aa  101  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  35.29 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  34.94 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  32.58 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  37.31 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  37.14 
 
 		 217 aa  97.1  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  34.84 
 
 		 327 aa  97.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  32.98 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  32.87 
 
 		 215 aa  92.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  31.9 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  29.41 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  33.13 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  31.36 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  31.47 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  38.68 
 
 		 270 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  29.25 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  26.24 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  30.87 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  29.37 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  27.14 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6492  transport secretion system IV protein, VirB1  28.64 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733642  normal  0.924712 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  28.48 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5089  transport secretion system IV, VirB1 protein  27.78 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  24.56 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  24.19 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4928  transport secretion system IV protein, VirB1  27.14 
 
 		 220 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0674  virB1 type IV secretion protein  29.27 
 
 		 229 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  23.81 
 
 		 218 aa  49.3  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  28.42 
 
 		 235 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0258  Type IV secretory pathway AvhB1 protein  26.14 
 
 		 189 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  24.24 
 
 		 238 aa  42.4  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>