115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2896 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2896  hypothetical protein  100 
 
 		 170 aa  349  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2772  Lytic transglycosylase catalytic  89.43 
 
 		 157 aa  238  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.806121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3138  Lytic transglycosylase catalytic  84.51 
 
 		 157 aa  236  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.82617  normal  0.443685 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3673  lytic transglycosylase catalytic  72.34 
 
 		 164 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.25232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2361  lytic transglycosylase, catalytic  74.79 
 
 		 155 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4766  Lytic transglycosylase catalytic  58.64 
 
 		 161 aa  191  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0064  lytic transglycosylase catalytic  54 
 
 		 148 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3245  lytic transglycosylase  51.97 
 
 		 149 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0053  lytic transglycosylase, catalytic  50.32 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0007  lytic transglycosylase, catalytic  52.7 
 
 		 164 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37161  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0063  lytic transglycosylase, catalytic  52.7 
 
 		 164 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0082  lytic transglycosylase catalytic  52.7 
 
 		 161 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0063  lytic transglycosylase catalytic  55.81 
 
 		 149 aa  159  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3519  putative ipgF protein  49.4 
 
 		 216 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3069  lytic transglycosylase catalytic  56.69 
 
 		 147 aa  158  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0145622 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0219  HpaH precursor  55.91 
 
 		 161 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4502  hypothetical protein  52.11 
 
 		 148 aa  156  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0006  putative invasion protein  55.91 
 
 		 161 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0006  putative invasion protein  55.91 
 
 		 161 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.435281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5894  lytic transglycosylase catalytic  52.55 
 
 		 161 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431421  normal  0.0993718 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3935  Lytic transglycosylase catalytic  52.11 
 
 		 148 aa  156  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2787  ipgF protein, putative  55.91 
 
 		 152 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.062319  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1891  putative ipgF protein  55.91 
 
 		 152 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.65052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2661  putative ipgF protein  55.91 
 
 		 152 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0006  BapC protein  53.85 
 
 		 149 aa  155  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5666  lytic transglycosylase catalytic  60.87 
 
 		 155 aa  150  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326026  hitchhiker  0.0069947 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5883  lytic transglycosylase, catalytic  60.34 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.161206  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05356  putative lipoprotein  49.6 
 
 		 232 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.592846  normal  0.453874 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0847  BapC protein  46.67 
 
 		 182 aa  127  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0565  BapC protein  44.93 
 
 		 187 aa  124  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.146526  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03391  Hpa2  54.81 
 
 		 108 aa  123  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2156  BapC protein  46.83 
 
 		 187 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1524  BapC protein  47.9 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2079  BapC protein  47.9 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.22209  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2068  BapC protein  47.9 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0527025  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0760  BapC protein  47.9 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.832936  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5033  Lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 		 145 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5422  Lytic transglycosylase catalytic  44.78 
 
 		 183 aa  117  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984316  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5439  Lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 		 145 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5017  Lytic transglycosylase catalytic  44.03 
 
 		 183 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  43.06 
 
 		 408 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  43.06 
 
 		 408 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5550  lytic transglycosylase catalytic  41.43 
 
 		 141 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0239978 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  46.67 
 
 		 404 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5233  lytic transglycosylase, catalytic  48.74 
 
 		 203 aa  114  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00145184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  42.18 
 
 		 599 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  43.38 
 
 		 407 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5196  Lytic transglycosylase catalytic  46.85 
 
 		 158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  42.65 
 
 		 404 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1531  Lytic transglycosylase catalytic  46.85 
 
 		 158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6566  lytic transglycosylase catalytic  42.25 
 
 		 140 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0379  invasion protein  41.74 
 
 		 146 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  42.64 
 
 		 168 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0195  lytic transglycosylase catalytic protein  44.63 
 
 		 239 aa  104  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5437  lytic transglycosylase, catalytic  42.15 
 
 		 179 aa  103  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.43825  normal  0.56373 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0177  Lytic transglycosylase catalytic  43.8 
 
 		 239 aa  103  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000012846 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  40.77 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7409  Lytic transglycosylase catalytic  43.8 
 
 		 226 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2121  transglycosylase SLT domain-containing protein  38.06 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4488  lytic transglycosylase, catalytic  42.28 
 
 		 248 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6296  lytic transglycosylase, catalytic  37.1 
 
 		 140 aa  98.6  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1098  Lytic transglycosylase catalytic  41.54 
 
 		 213 aa  99  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.891571  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_23  transglycosylase PilT  40.43 
 
 		 145 aa  97.4  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.846222  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2099  lytic transglycosylase, catalytic  39.85 
 
 		 210 aa  95.9  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462435  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  44.07 
 
 		 179 aa  95.5  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5072  transglycosylase SLT domain protein  36.36 
 
 		 152 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.110513 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4243  lytic transglycosylase, catalytic  44.95 
 
 		 178 aa  92.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.547585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0043  lytic transglycosylase  41.18 
 
 		 215 aa  92  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0964  Lytic transglycosylase catalytic  39.53 
 
 		 153 aa  91.3  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1431  lytic transglycosylase, catalytic  39.29 
 
 		 170 aa  89  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  42.99 
 
 		 175 aa  88.6  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4187  lytic transglycosylase, catalytic  38.41 
 
 		 166 aa  86.7  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6789  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 165 aa  85.5  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0042  pilT protein  38.73 
 
 		 163 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2644  lytic transglycosylase, catalytic  43 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0049  pilT protein, putative  38.64 
 
 		 150 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3082  cell invasion protein  35.43 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000116628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3066  invasion protein IagB  35.43 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.490533 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2999  invasion protein IagB  35.43 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3187  cell invasion protein  35.43 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.927975 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3030  invasion protein IagB  35.43 
 
 		 160 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0325324 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4280  lytic transglycosylase, catalytic  31.93 
 
 		 157 aa  75.9  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0011  conjugal transfer protein  31.06 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0168  protein IpgF  33.33 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00546577  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0111  lytic transglycosylase PilT  32.28 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0014  conserved hypothetical protein, SLT family  34.78 
 
 		 192 aa  67.4  0.00000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4125  lytic transglycosylase PilT  27.03 
 
 		 167 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476698 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6234  lytic transglycosylase catalytic  34.75 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0060  hypothetical protein  38.2 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816784 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  32.62 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0125  putative conjugal transfer protein TrbN  31.25 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.268051  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0005  transglycosylase SLT domain-containing protein  30.36 
 
 		 168 aa  62  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0163  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 		 145 aa  62  0.000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0042056  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4262  lytic transglycosylase, catalytic  30.51 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1529  Lytic transglycosylase catalytic  33.06 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.425819 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0882  lytic transglycosylase, catalytic  34.19 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6514  conjugal transfer protein TrbN  30.58 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224309  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6623  conjugal transfer protein TrbN  30.58 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>