53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0873 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0873  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 169 aa  347  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0069  type IV secretion system protein VirB1  50.32 
 
 		 238 aa  154  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0063  type IV secretion system protein VirB1  50.32 
 
 		 238 aa  154  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3753  lytic transglycosylase catalytic  51.72 
 
 		 267 aa  154  6e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468615  hitchhiker  0.00223581 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3525  lytic transglycosylase, catalytic  53.9 
 
 		 262 aa  154  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.69394  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4841  lytic transglycosylase, catalytic  53.9 
 
 		 262 aa  154  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00117575  hitchhiker  0.00476271 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5443  lytic transglycosylase catalytic  53.9 
 
 		 262 aa  154  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297116  normal  0.0393072 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4216  lytic transglycosylase, catalytic  54.19 
 
 		 267 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4738  lytic transglycosylase catalytic  56.08 
 
 		 267 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282263  normal  0.965292 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6321  lytic transglycosylase catalytic  48.8 
 
 		 262 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4203  lytic transglycosylase catalytic  48.77 
 
 		 215 aa  148  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2444  Lytic transglycosylase catalytic  52.7 
 
 		 327 aa  143  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540003 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6507  Lytic transglycosylase catalytic  49.68 
 
 		 215 aa  143  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4854  lytic transglycosylase, catalytic  46.82 
 
 		 215 aa  140  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3312  lytic transglycosylase, catalytic  46.82 
 
 		 215 aa  140  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0160  Lytic transglycosylase catalytic  51.7 
 
 		 225 aa  140  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0447  putative type IV secretion system protein VirB1  47.77 
 
 		 215 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.941196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2658  putative conjugal transfer protein, VirB1/TraA like  48.32 
 
 		 217 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7537  lytic transglycosylase catalytic  46.51 
 
 		 217 aa  135  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.75484  normal  0.0515023 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1753  putative type IV secretion system protein VirB1  44.97 
 
 		 217 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.660532 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  37.13 
 
 		 215 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  40.29 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0106  type IV secretory pathway VirB1 component  39.62 
 
 		 220 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02998  hypothetical protein  35.76 
 
 		 316 aa  101  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08216  conjugal transfer protein TraB  34.94 
 
 		 200 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7344  Lytic transglycosylase catalytic  41.3 
 
 		 270 aa  97.8  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.301149  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4379  lytic transglycosylase, catalytic  41.1 
 
 		 181 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  34.73 
 
 		 215 aa  91.3  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6162  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  40.26 
 
 		 235 aa  89.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1133  Lytic transglycosylase catalytic  40.99 
 
 		 216 aa  88.6  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0033  conjugal transfer protein  37.32 
 
 		 225 aa  88.6  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5010  lytic transglycosylase, catalytic  36.96 
 
 		 224 aa  87.8  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417776  normal  0.129751 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4349  lytic transglycosylase, catalytic  33.71 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0035  pilx1 protein  30.51 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3520  lytic transglycosylase, catalytic  37.33 
 
 		 228 aa  80.9  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.940795  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6492  transport secretion system IV protein, VirB1  37.69 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733642  normal  0.924712 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  35.44 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5089  transport secretion system IV, VirB1 protein  33.33 
 
 		 220 aa  77.4  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0009  conjugal transfer protein  33.96 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.461383  normal  0.692739 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0674  virB1 type IV secretion protein  31.37 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4928  transport secretion system IV protein, VirB1  34.62 
 
 		 220 aa  72  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  33.12 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8227  type IV secretion system lytic transglycosylase VirB1  33.77 
 
 		 238 aa  67.4  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998898  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  35.16 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  32.71 
 
 		 164 aa  62  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0261  Lytic transglycosylase catalytic  32.12 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.385484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1698  conjugal transfer -like protein  34.51 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1397  Lytic transglycosylase catalytic  34.51 
 
 		 218 aa  61.2  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  29.79 
 
 		 175 aa  46.6  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  34.07 
 
 		 183 aa  45.4  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2644  lytic transglycosylase, catalytic  27.34 
 
 		 182 aa  44.3  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  31.76 
 
 		 168 aa  40.8  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6568  lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 		 269 aa  40.4  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>