72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6298 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6298  hypothetical protein  100 
 
 		 265 aa  544  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.192208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5194  type IV secretory pathway, putative lytic transglycosylase; putative exported protein  61.26 
 
 		 257 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1529  hypothetical protein  61.26 
 
 		 257 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5548  lytic transglycosylase catalytic  58.63 
 
 		 268 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00871042 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6568  lytic transglycosylase catalytic  51.49 
 
 		 269 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3707  hypothetical protein  38.27 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0917691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1661  lytic transglycosylase, catalytic  46.96 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0072  invasion protein  46.49 
 
 		 265 aa  95.5  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1708  lytic transglycosylase, catalytic  46.49 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0133415 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1996  lytic transglycosylase catalytic  41.07 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000014768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0630  lytic transglycosylase, catalytic  34.85 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4182  lytic transglycosylase catalytic  44.12 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4099  lytic transglycosylase catalytic  44.12 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2210  lytic transglycosylase, catalytic  35.58 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.31341 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0671  Lytic transglycosylase catalytic  37.78 
 
 		 194 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2378  hypothetical protein  36.05 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.268225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0323  lytic transglycosylase catalytic  43.14 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4167  lytic transglycosylase catalytic  36.64 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.381965  normal  0.719348 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0965  Lytic transglycosylase catalytic  34.36 
 
 		 206 aa  78.2  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3720  transglycosylase SLT domain-containing protein  40 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3010  lytic transglycosylase, catalytic  37.04 
 
 		 171 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3303  lytic transglycosylase catalytic  40.46 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2932  lytic transglycosylase, catalytic  40.46 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2843  Lytic transglycosylase catalytic  38.52 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2614  lytic transglycosylase, catalytic  34.38 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.214877 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0642  Lytic transglycosylase catalytic  36.76 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2898  lytic transglycosylase, catalytic  36.28 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00000087511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3431  Lytic transglycosylase catalytic  40.4 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2334  lytic transglycosylase, catalytic  36.64 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370979  unclonable  0.00000020611 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2978  lytic transglycosylase, catalytic  35.94 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.993204 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1319  invasion protein  35.94 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2548  hypothetical protein  44.44 
 
 		 302 aa  72  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1456  hypothetical protein  36.42 
 
 		 185 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.400951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1197  hypothetical protein  35.11 
 
 		 196 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1177  Lytic transglycosylase catalytic  35.11 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3412  lytic transglycosylase catalytic  34.35 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17107  normal  0.120299 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0529  lytic transglycosylase, catalytic  37.31 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1276  lytic transglycosylase, catalytic  35.11 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.11854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1410  lytic transglycosylase, catalytic  35.11 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.942622 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3939  lytic transglycosylase, catalytic  35.9 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0192  transglycosylase SLT domain-containing protein  34.35 
 
 		 177 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000268096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59660  hypothetical protein  39.39 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000384805  hitchhiker  1.2342600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4498  soluble lytic murein transglycosylase  39.39 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.92102  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0274  lytic transglycosylase catalytic  30 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.624808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0450  putative signal peptide  30.71 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1640  Lytic transglycosylase catalytic  30.53 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0593  hypothetical protein  29.55 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.557269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4195  lytic transglycosylase catalytic  31.13 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1124  transglycosylase  33.02 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0613  Lytic transglycosylase catalytic  36.19 
 
 		 197 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.92837  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0634  lytic transglycosylase catalytic  28.48 
 
 		 179 aa  57  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.308805  normal  0.480639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0645  Lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.176498 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1676  lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660127  normal  0.0250145 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0336  Lytic transglycosylase catalytic  27.36 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3220  lytic transglycosylase catalytic  30.39 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2684  lytic transglycosylase catalytic  28.57 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0040  Lytic transglycosylase catalytic  30.39 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0368  Lytic transglycosylase catalytic  27.36 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.766168 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0281  lytic transglycosylase, catalytic  30.19 
 
 		 182 aa  53.9  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1141  hypothetical protein  27.36 
 
 		 190 aa  52  0.000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  34.09 
 
 		 168 aa  51.2  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1110  lytic transglycosylase, catalytic  31.37 
 
 		 175 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  32.22 
 
 		 168 aa  49.3  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0761  hypothetical protein  27.36 
 
 		 182 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112238  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  31.76 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  30.6 
 
 		 164 aa  47  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1489  Lytic transglycosylase catalytic  34.62 
 
 		 215 aa  46.6  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0014  conserved hypothetical protein, SLT family  33.78 
 
 		 192 aa  45.8  0.0008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  31.46 
 
 		 179 aa  42.7  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2657  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 		 267 aa  42.4  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00887082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  24.64 
 
 		 203 aa  42  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2121  transglycosylase SLT domain-containing protein  32.53 
 
 		 168 aa  42  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>