More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3165 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3895  ATP-dependent helicase HrpB  57.89 
 
 		 855 aa  976    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  61.52 
 
 		 835 aa  1012    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3793  ATP-dependent helicase HrpB  58.88 
 
 		 842 aa  993    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000841118 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3686  ATP-dependent helicase HrpB  60.91 
 
 		 856 aa  1025    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  61.34 
 
 		 846 aa  1031    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3743  ATP-dependent helicase HrpB  61.14 
 
 		 856 aa  1028    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3165  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 850 aa  1726    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  61.5 
 
 		 849 aa  1033    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  61.44 
 
 		 835 aa  1009    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  56.32 
 
 		 843 aa  886    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  61.56 
 
 		 835 aa  1015    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3271  ATP-dependent helicase HrpB  63.2 
 
 		 848 aa  1080    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0582  ATP-dependent helicase HrpB  60.94 
 
 		 854 aa  1028    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  61.44 
 
 		 835 aa  1008    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2972  ATP-dependent helicase HrpB  58.61 
 
 		 838 aa  953    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0704  ATP-dependent helicase HrpB  58.69 
 
 		 869 aa  967    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  42.52 
 
 		 822 aa  627  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.93 
 
 		 833 aa  627  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.05 
 
 		 821 aa  613  9.999999999999999e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.72 
 
 		 809 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.03 
 
 		 812 aa  602  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  42.6 
 
 		 824 aa  599  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.99 
 
 		 820 aa  600  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.87 
 
 		 814 aa  602  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.72 
 
 		 824 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.3 
 
 		 820 aa  601  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.72 
 
 		 809 aa  600  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  42.72 
 
 		 809 aa  598  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.13 
 
 		 824 aa  596  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  42.72 
 
 		 809 aa  598  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.49 
 
 		 809 aa  597  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.25 
 
 		 824 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.62 
 
 		 824 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.38 
 
 		 824 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.62 
 
 		 812 aa  585  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.2 
 
 		 809 aa  579  1e-164  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.45 
 
 		 824 aa  582  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.45 
 
 		 824 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.5 
 
 		 824 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.43 
 
 		 853 aa  576  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.43 
 
 		 834 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.43 
 
 		 829 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  42.99 
 
 		 838 aa  566  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  41.71 
 
 		 844 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  42.17 
 
 		 838 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.47 
 
 		 825 aa  562  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  39.91 
 
 		 864 aa  560  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  40.48 
 
 		 842 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  41.58 
 
 		 844 aa  551  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  40.53 
 
 		 839 aa  547  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  40.78 
 
 		 842 aa  546  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0488  ATP-dependent helicase HrpB  38.36 
 
 		 823 aa  547  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.531683  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  41.12 
 
 		 842 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  41.01 
 
 		 842 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  40.42 
 
 		 824 aa  544  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  39.82 
 
 		 840 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  39.98 
 
 		 832 aa  536  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  39.63 
 
 		 844 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  38.69 
 
 		 842 aa  535  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  39.33 
 
 		 828 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  38.11 
 
 		 826 aa  527  1e-148  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  40.21 
 
 		 848 aa  525  1e-147  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  37.7 
 
 		 846 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  39.76 
 
 		 827 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  38.66 
 
 		 818 aa  520  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  40.16 
 
 		 841 aa  514  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  37.57 
 
 		 872 aa  511  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  40.79 
 
 		 832 aa  512  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  37.94 
 
 		 825 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  37.53 
 
 		 829 aa  508  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  38.22 
 
 		 848 aa  503  1e-141  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  39.17 
 
 		 830 aa  503  1e-141  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  38.97 
 
 		 820 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  36.88 
 
 		 870 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  41.06 
 
 		 830 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0585  ATP-dependent helicase HrpB  35.37 
 
 		 835 aa  500  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  41.18 
 
 		 829 aa  498  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  38.8 
 
 		 798 aa  496  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  37.25 
 
 		 833 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  38.59 
 
 		 821 aa  495  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  37.99 
 
 		 842 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  39.06 
 
 		 847 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  38.01 
 
 		 825 aa  491  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4302  ATP-dependent helicase HrpB  37.11 
 
 		 845 aa  492  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  39.39 
 
 		 823 aa  492  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  38.91 
 
 		 826 aa  489  1e-137  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  37.5 
 
 		 824 aa  489  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  35.81 
 
 		 837 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  37.29 
 
 		 821 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  36.42 
 
 		 877 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  38 
 
 		 826 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  37.25 
 
 		 833 aa  485  1e-135  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  38.46 
 
 		 834 aa  476  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  37.17 
 
 		 854 aa  477  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  36.98 
 
 		 825 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  37.02 
 
 		 833 aa  476  1e-133  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  37.32 
 
 		 821 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  38.43 
 
 		 850 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  35.39 
 
 		 844 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  37.78 
 
 		 837 aa  469  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>