More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4854 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  54.9 
 
 		 832 aa  838    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  77.45 
 
 		 824 aa  1276    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  61.18 
 
 		 833 aa  939    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  54.16 
 
 		 818 aa  828    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  62.54 
 
 		 850 aa  918    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  44.24 
 
 		 840 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  61.02 
 
 		 821 aa  843    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  46.27 
 
 		 844 aa  636    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  63.35 
 
 		 823 aa  882    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  54.7 
 
 		 825 aa  866    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  77.1 
 
 		 872 aa  1267    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  48.78 
 
 		 814 aa  652    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  52.12 
 
 		 821 aa  779    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  46.82 
 
 		 827 aa  681    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  78.48 
 
 		 825 aa  1266    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  82.53 
 
 		 870 aa  1345    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 877 aa  1710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  47.14 
 
 		 838 aa  644    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  80.78 
 
 		 825 aa  1328    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  77.91 
 
 		 829 aa  1269    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  46.56 
 
 		 828 aa  669    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  48.36 
 
 		 917 aa  648    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  50.87 
 
 		 821 aa  697    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  45.27 
 
 		 842 aa  651    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  46.21 
 
 		 842 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  61.14 
 
 		 826 aa  909    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  61.14 
 
 		 854 aa  902    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  52.35 
 
 		 821 aa  786    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  50.69 
 
 		 820 aa  773    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  47.43 
 
 		 838 aa  635    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  62.07 
 
 		 837 aa  944    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  54.99 
 
 		 825 aa  805    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  44.47 
 
 		 822 aa  645    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  52.03 
 
 		 821 aa  790    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  45.84 
 
 		 824 aa  640    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  45.67 
 
 		 839 aa  634  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  45.61 
 
 		 846 aa  630  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  45.43 
 
 		 830 aa  630  1e-179  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  46.4 
 
 		 842 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  46.29 
 
 		 842 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0516  ATP-dependent helicase HrpB  44.51 
 
 		 822 aa  619  1e-176  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.355693 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  43.84 
 
 		 844 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  45.34 
 
 		 847 aa  609  1e-173  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  45.16 
 
 		 844 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  43.57 
 
 		 842 aa  607  9.999999999999999e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  43.44 
 
 		 844 aa  599  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  44.41 
 
 		 842 aa  600  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  46.41 
 
 		 841 aa  600  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  43.4 
 
 		 809 aa  597  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  43.4 
 
 		 809 aa  597  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.4 
 
 		 824 aa  598  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  43.9 
 
 		 900 aa  596  1e-169  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.07 
 
 		 824 aa  596  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  45.31 
 
 		 848 aa  598  1e-169  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  43.3 
 
 		 824 aa  593  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.17 
 
 		 809 aa  595  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  46.5 
 
 		 834 aa  594  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.06 
 
 		 824 aa  595  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.04 
 
 		 809 aa  595  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  45.79 
 
 		 826 aa  590  1e-167  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.92 
 
 		 809 aa  590  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  44.97 
 
 		 832 aa  589  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  46.51 
 
 		 860 aa  586  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.84 
 
 		 809 aa  583  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.33 
 
 		 820 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  44.76 
 
 		 830 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  44.11 
 
 		 829 aa  573  1.0000000000000001e-162  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.73 
 
 		 814 aa  568  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  39 
 
 		 826 aa  569  1e-160  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1355  ATP-dependent helicase HrpB  45.29 
 
 		 817 aa  565  1.0000000000000001e-159  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.166416  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  45.49 
 
 		 798 aa  562  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  40.21 
 
 		 833 aa  561  1e-158  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.52 
 
 		 833 aa  562  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  47.07 
 
 		 802 aa  562  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  41.64 
 
 		 823 aa  556  1e-157  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  41.33 
 
 		 864 aa  554  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.72 
 
 		 820 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  37.64 
 
 		 848 aa  549  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.68 
 
 		 825 aa  551  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  42.58 
 
 		 837 aa  548  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4194  ATP-dependent helicase HrpB  36.65 
 
 		 823 aa  538  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0585  ATP-dependent helicase HrpB  35.64 
 
 		 835 aa  526  1e-148  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  37.83 
 
 		 835 aa  514  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  37.54 
 
 		 835 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07780  ATP-dependent helicase HrpB  43.01 
 
 		 830 aa  509  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  37.89 
 
 		 835 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  37.66 
 
 		 835 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0704  ATP-dependent helicase HrpB  36.69 
 
 		 869 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  38.31 
 
 		 843 aa  497  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2322  ATP-dependent helicase HrpB  37.73 
 
 		 834 aa  491  1e-137  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.334263 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41641  predicted protein  40.8 
 
 		 936 aa  491  1e-137  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000692526 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  35.49 
 
 		 846 aa  491  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3165  ATP-dependent helicase HrpB  36.42 
 
 		 850 aa  489  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3271  ATP-dependent helicase HrpB  37.28 
 
 		 848 aa  479  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3895  ATP-dependent helicase HrpB  35.33 
 
 		 855 aa  481  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4786  ATP-dependent helicase HrpB  43.03 
 
 		 697 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1990  ATP-dependent helicase HrpB  41.05 
 
 		 843 aa  464  1e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00135733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3793  ATP-dependent helicase HrpB  35.03 
 
 		 842 aa  463  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000841118 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4745  ATP-dependent helicase HrpB, putative  43 
 
 		 689 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.455139  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1727  ATP-dependent helicase HrpB  39.82 
 
 		 856 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.69515  normal  0.01898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>